En el playoff, el Real Unión se cruzó con el UCAM Murcia CF, empatando a cero tanto en Irún como en los 90 minutos disputados en tierras murcianas.
Tras comenzar a diseñar la temporada 2016-17 en las filas del conjunto unionista, Aitor fue reclamado por Imanol Alguacil para ser segundo entrenador de la Real Sociedad B de Segunda División B y sería sustituido por Asier Santana.
Aitor lograría mantener el tercer puesto del Sanse en la clasificación, sino que durante varios minutos de la última jornada el equipo llegó a ser primero.
Luego, en el playoff, el Sanse fue eliminado en la prórroga frente al CF Fuenlabrada pese a empatar los dos partidos (0-0 en la ida y 1-1 en Zubieta).
Cogió al equipo undécimo en la jornada 19 y lograría mantenerlo en la categoría de bronce.