En 2007, dirigió el cortometraje El pan nuestro, que fue nominado a los Premios Goya de ese año.
Ambos dirigieron el documental Asier y yo (titulado originalmente Asier eta biok en euskera), largometraje que trata el conflicto político vasco en paralelo a la amistad entre el propio Aitor Merino y su amigo Asier Aranguren y la evolución de la misma según el transcurso de los años.
En el documental, Aitor trata de explicar a sus amigos de Madrid, ciudad a la que se trasladó por motivos de trabajo, las luces y las sombras del conflicto vasco a través de la figura de su amigo Asier, que fue detenido por pertenencia a ETA en 2003.
Por regla general, el propio Aitor ejerce también de cámara.
El documental fue presentado al público durante el Festival Internacional de Cine de San Sebastián 2013, donde obtuvo el premio Irizar.