[7]​ Documentado desde el año 1025,[1]​ se cree que el despoblado, a caballo de los actuales términos municipales de Zalduendo de Álava y Araya, fue una aldea fundada durante los años oscuros que siguieron a la caída del Imperio Romano y la Alta Edad Media.

El despoblado fue objeto de una excavación arqueológica intensiva entre los años 2004 y 2009 por la Universidad del País Vasco y la University College of London, en los que se encontraron restos de una aldea de los siglos VI y VII d. C., siendo considerado por los arqueólogos el pueblo medieval más antiguo del Norte peninsular.

Junto a estos restos se encontraron otros que datan del neolítico, otros de época romana, así como testimonios del paso de la Ruta Jacobea por el lugar siglos después.

Pertenece a este momento una amplia necrópolis y varias viviendas excavadas en la roca.

En el siglo X se construye la iglesia de San Julián y Santa Basilisa, que es la única edificación, convertida en Ermita de San Julián y Santa Basilisa de Aistra, que se ha conservado hasta nuestros días.