En 1991 un grupo de inversores, encabezado por Juan José Hidalgo, adquirió la compañía.
El presidente es Juan José Hidalgo, su consejero delegado es Jesús Nuño de la Rosa[2] y el ejecutivo Richard Clark, su director general.
La aerolínea se fundó bajo la razón social Air España S.A. y participada por el tour operador inglés ILG (International Leisure Group), también propietario de la aerolínea inglesa Air Europe en 1984.
Comenzó realizando vuelos chárter entre España y Reino Unido en noviembre de 1986.
Tras una crisis económica en la compañía, parte de su flota fue alquilada a Iberia en 1997.
Posteriormente hubo conversaciones para ser vendida a la Compañía estatal, pero no prosperaron.
En 1998, Juan José Hidalgo reagrupa sus empresas, entre ellas Air Europa, en el holding Globalia Corporación Empresarial S.A.
Comienza sus primeros vuelos en código compartido con la compañía Alitalia, desde Madrid y Barcelona a 11 destinos nacionales.
En 2002, llegan los primeros Boeing 737-800 con winglets, que permite un ahorro considerable de combustible y una menor contaminación del medio ambiente.
La compañía utilizó durante varios años una flota compuesta en exclusiva por aviones de Boeing, especialmente 737, 757 y 767.
También en 2005, se convierte en la primera aerolínea española en realizar vuelos directos a China.
En octubre, la división de asistencia aeroportuaria en tierra, Globalia Handling, unifica las empresas que la conforman en una sola marca comercial, Groundforce.
En 2007, inaugura dos nuevas rutas transoceánicas: Buenos Aires y Río de Janeiro.
En la primavera de 2017, Air Europa, devuelve los tres primeros Airbus A330, a su correspondiente lessor, como medida inicial para llegar a una futura flota exclusiva del fabricante americano Boeing.
En diciembre de 2017, inaugura la nueva ruta a Recife, con dos frecuencias semanales.
En junio de 2019, Air Europa anuncia que Air Europa Express deja la operativa de vuelos interinsulares en Canarias, traspasando dichos vuelos, aviones y parte de su tripulación a la compañía Canaryfly, con la que vendrá a compartir código en los vuelos que deja.
Asimismo inaugura nuevas rutas a Panamá y Medellín, ambas operadas por el Boeing 787 Dreamliner.
[14] En los días siguientes se informaría por parte del consejero delegado de IAG Luis Gallego, que el préstamo sería la forma inicial recomendada para la adquisición del 100% de Air Europa, que inicialmente se completaría en los 18 meses siguientes al anuncio.
[20] Air Europa ha experimentado dos graves incidentes de seguridad en sus sistemas informáticos.
[fuente independiente requerida] Los trayectos nacionales de la compañía tienen una clara vocación insular.
Air Europa pertenece a la alianza Skyteam desde 2007, y lleva operando en colaboración desde el 2000, año en que comenzó operaciones de código compartido con la aerolínea italiana Alitalia desde Madrid y Barcelona a 11 ciudades españolas.Se vinculó a la alianza Skyteam de la mano de Air France en 2007 como socio colaborador.
Air Europa opera vuelos en código compartido con varias aerolíneas de la alianza.
Air Europa también opera vuelos en código compartido con otras aerolíneas como Canaryfly en canarias.
Tres terminales convertidas en una plataforma estratégica para las compañías aéreas que demandan agilidad, confort y seguridad en sus operaciones.