Después de su graduación Agustín Stahl volvió a Puerto Rico donde ejerció la medicina en su consultorio médico en la ciudad de Bayamón, San Juan, Yabucoa, Manatí y otros pueblos; sin embargo, además de su profesión estaba interesado en varios campos del saber, lo que le condujo a experimentar e investigar en etnología, botánica, y en zoología.
También le interesó la historia e investigar sobre los hechos históricos.
Agustín Stahl murió en la ciudad de Bayamón y sus restos se enterraron en el cementerio municipal de Bayamón.
La ciudad de Bayamón acondicionó su casa en un museo sobre su vida y su obra.
El escultor puertorriqueño Tomás Batista creó un busto en su honor, que se puede ver en la Universidad de Puerto Rico en Cayey.