Mientras visitaba el monumento en 1666, Aubrey observó cinco cavidades circulares en el suelo y las anotó en sus registros.
Estos rasgos fueron ignorados o no fueron vistos por los anticuarios que investigaron posteriormente el lugar, y no fue hasta la década de 1920, durante los trabajos realizados por el coronel William Hawley, que el ayudante de este, Robert Newall, identificó un anillo de fosas que bautizó en honor a Aubrey y a su primer estudio.
En 1950, Stuart Piggott y Richard Atkinson excavaron otros dos pozos Aubrey que elevaron el total excavado a treinta y cinco, incluido uno que Richard Colt Hoare pudo haber encontrado mientras cavaba bajo la piedra de la matanza caída (llamada así por su coloración rojiza) a principios del siglo XIX.
A partir de esta evidencia estratigráfica, es por tanto probable que los agujeros fueran excavados durante la primera fase del monumento, Stonehenge 1 (alrededor del 3100 a. C.) y que luego fueran reutilizados para enterramientos durante Stonehenge 2 en siglos sucesivos.
Hawley volvió a enterrar las incineraciones humanas que encontró, colocándolas en el agujero rellenado número 7.
Estos restos se volvieron a excavar en agosto de 2008 como parte del proyecto Stonehenge Riverside.
[2] Muchas interpretaciones prefieren una explicación astronómica para el propósito de los agujeros, aunque esto no está en absoluto probado.
Pero la piedra del talón se atribuye ahora a Stonehenge 3 y, por tanto, no era contemporánea de los agujeros.
Los eclipses lunares no siempre son visibles, ya que la luna puede estar por debajo del horizonte mientras se desplaza por el cielo, pero a lo largo de 18 a 19 años (18,61 años para ser precisos) la fecha y la posición de un eclipse visible volverán a su punto de inicio en el horizonte.
El 18,61 no es un número entero, por lo que no se puede utilizar para predecir un eclipse sin un equipo de precisión, sino que solamente se pueden utilizar toscas piedras marcadoras o postes de madera en un círculo.
Yendo más allá, colocando piedras marcadoras en los agujeros noveno, decimoctavo, vigésimo octavo, trigésimo séptimo, cuadragésimo sexto y quincuagésimo sexto, Hawkins dedujo que también se podían predecir otros eclipses lunares intermedios.
En 1966, Sir Fred Hoyle examinó los argumentos a favor de un propósito astronómico para los agujeros y concluyó que el ciclo lunar de 28 días todavía podría haberse indicado moviendo una piedra marcadora que representara la luna en sentido contrario a las agujas del reloj por dos agujeros cada día, terminando con 56 agujeros en total.
Hoyle demostró que esto podría haberse utilizado para producir un método mucho más fiable de predicción de eclipse, ya que siempre que los marcadores de la luna y el sol estén directamente opuestos y las otras dos piedras ocupen esos mismos puntos opuestos, se puede garantizar un eclipse.
Esto también tiene la ventaja adicional de no necesitar que haya ninguna piedra en pie en el lugar.
Plutarco registra además que los Pitagóricos asociaban simbólicamente a Tifón con un polígono de 56 lados, por lo que la conexión de 56 con los eclipses lunares es explícita, al menos para la época helenística.
Esto disminuye la importancia astronómica del número de agujeros de Aubrey y su disposición circular y tiende a sugerir que cualquier propósito astronómico del sitio puede haber sido solo simbólico.