[cita requerida] En 1807, comienza a estudiar una dolencia que atacaba al gusano de seda Bombyx mori, conocida como "muscardina" o "mal del segno" en donde la larva se cubría de un polvo blanco y moría; esta enfermedad fue conocida primero en Italia y seguidamente en Francia a partir de 1841 y, hacia 1849, los cultivos prácticamente se abandonaban debido a su devastación.

Reforzando así, la idea de que las enfermedades contagiosas como viruela, tifo exantemático, sífilis y cólera podrían tener origen microbiano.

Debe recordarse que para esa época, aún poseía fuerza teórica e ideológica la "Teoría de la generación espontánea", donde se explicaban los interrogantes a través de suponer que desde "la nada" surgían los organismos vivientes.

Agostino Bassi se adelantó así a Pasteur y Koch en exponer la teoría germinal de las enfermedades infecciosas.

En 1953, el servicio postal italiano emitió un sello en conmemoración del 180° aniversario de su nacimiento.