Una vez finalizados sus estudios de medicina, Neto volvió a Angola.

Desde allí dirigió el MPLA, movimiento anticolonialista independentista y marxista angoleño.

Los militares, que llegaron al poder en Lisboa, ofrecieron la independencia a la mayor parte de las colonias portuguesas.

Ya después de la independencia en 1977, hubo una encuesta dirigida a su liderazgo y la línea ideológica que defendía; este movimiento, oficialmente llamado fraccionismo, fue reprimido.

Una de las mayores condecoraciones que entrega Angola lleva su nombre: Orden Agostinho Neto.

[2]​ Un aeropuerto en Santo Antão, lleva su nombre, debido al amado trabajo que realizó allí como médico.

En 1973, durante una de sus pocas visitas no oficiales a Bulgaria, Neto conoció a una mujer con la que tuvo una hija, Mihaela Radkova Marinova, que se crio en orfanatos de Bulgaria.

[3]​ A la muerte de Neto, su cuerpo fue embalsamado en Moscú, para ser instalado en un mausoleo en Luanda.