Su padre tenía tres hijos de otro matrimonio y le gustaba coleccionar objetos extraños e instrumentos musicales.

[2]​ Su madre, Katja Obel, era jurista, pero también una intérprete brillante que acostumbraba a tocar Bartók y Chopin al piano.

[3]​ En una casa rodeada de música, Agnes Obel aprendió desde muy joven a tocar el piano.

[5]​ En 1994 tuvo un pequeño papel, apenas dos escenas en el cortometraje The Boy Who Walked Backwards/Drengen der GIK baglæns producido por Thomas Vinterberg.

[6]​ Agnes asistió al instituto Det frie Gymnasium, una escuela libre donde tuvo la oportunidad de tocar mucha música.

La empresa de telecomunicaciones Deutsche Telekom[8]​ utilizó "Just So" para un anuncio y, tras esta gran oportunidad, fue más sencillo para Obel encontrar un sello discográfico para su primer álbum.

[10]​ Para este primer trabajo la propia Obel escribió, tocó, cantó, grabó y produjo todo el material.

Tuve la oportunidad de hacer que algo se sintiese grande con sólo estos pocos instrumentos.

Citizen of Glass tuvo una gran acogida por la crítica[14]​[15]​ y recibió el Premio IMPALA al Álbum del Año 2016 de la Asociación de Compañías Musicales Independientes, que premia anualmente el mejor álbum lanzado en un sello europeo independiente.

[18]​ Obel escribió sobre su álbum: "Me sorprendió la cantidad de tiempo que terminé dedicando a esto.

Recopilé todas las canciones junto con mi compañero Alex y solo pasamos tiempo escuchando discos, tratando de ver qué encajaría.

[19]​ En febrero de 2018, Agnes Obel firmó un contrato con la compañía discográfica especializada en música clásica, Deutsche Grammophon.