Al inicio del aeropuerto, All Nippon Airways operaba vuelos a Tokio, Osaka y Nagoya y Japan Air System operaba un vuelo diario a Osaka, servicio que se suspendió en septiembre de 2001; por su parte, All Nippon Airways (ANA) suspendió los servicios a Nagoya en febrero de 2003 y a Osaka en enero de 2011.El gobierno prefectural también se embarcó en un esfuerzo promocional dirigido a los operadores extranjeros de bajo costo.[5] En 2004, las horas del aeropuerto se extendieron para permitir el servicio entre la medianoche y las 4 a.m., y ANA comenzó el servicio de carga durante la noche entre Saga y Tokio, inicialmente utilizando aviones de pasajeros, pero cambiando a aviones de carga Boeing 767 en 2006.[4] El vuelo es utilizado por los servicios de entrega durante la noche para enviar paquetes desde y hacia destinos en Kyushu.[7] También ha acogido vuelos charter a varios destinos nacionales e internacionales.
Línea de check-in de Spring Airlines en el aeropuerto de Saga
