Es la fuerza más joven y pequeña del país, contando con unos 2800 efectivos.
En 1993, se convirtió en la primera fuerza aérea latinoamericana que permitió el ingreso de mujeres para convertirse en pilotos militares.
Allí se impartieron cursos teóricos y prácticos, a cargo del piloto e instructor francés Marcel Paillete, para un grupo de 10 oficiales del Ejército Nacional, que se presentaron voluntariamente.
Aquel campo se convirtió entonces en el primer aeródromo regular del país, operando con biplanos Farman.
Entre algunas de estas aeronaves se encontraban aviones Avro 504K, Breguet 14 o Nieuport 27.
Luego, en 1959, se fundó para complementar las operaciones de la aerolínea nacional PLUNA (Primeras Líneas Uruguayas de Navegación Aérea), el Transporte Aéreo Militar Uruguayo (TAMU), que brindó servicios de pasajeros y carga hacia diferentes ciudades ubicadas en el interior del país, para conectarlas con la capital, Montevideo.
Aunque TAMU comenzó funcionando con aviones Douglas C-47 Skytrain, su existencia motivó posteriores adquisiciones, de aviones como Fokker F-27, Fairchild Hiller FH-227D, CASA C-212 Aviocar o Embraer C-95 Bandeirante.
En 2020 el gobierno uruguayo compró a España 2 aviones de reabastecimiento KC-130 Hercules.
Aunque no es estrictamente un Comando, la Dirección Nacional de Aviación Civil e Infraestructura Aeronáutica (DINACIA), autoridad aeronáutica civil (AAC) de Uruguay, es liderada por un Brigadier General, al igual que los Comandos Aéreos.
° Mario Walter Parallada" que se ubica dentro del Aeropuerto Internacional de Santa Bernardina en Durazno, es la base del Escuadrón Aéreo N. ° 2 (Caza), el Escuadrón de Vuelo Avanzado y el Escuadrón de Enlace,[16] mientras que la Brigada Aérea III, asentada en la Base Aérea "Cap.
Juan Manuel Boiso Lanza" en Montevideo, alberga al Escuadrón de Policía Aérea Nacional, a la Compañía de Operaciones Especiales, y a la Policía Militar.
Dentro del predio del museo también se encuentra un hangar, en donde se encuentran aeronaves que prestaron servicios en la Fuerza Aérea Uruguaya y la Armada Nacional, junto a otras que volaron como parte de la aeronáutica civil.