Empezó su carrera en las divisiones inferiores del Club Olimpia de Paraguay.
Su debut en el plantel profesional de Olimpia fue en 1981, donde jugó hasta 1985 ganando varios torneos en la Primera división paraguaya.
Anotó siete goles en la Copa Libertadores 1990 y cuatro más en la disputa de la Supercopa del mismo año.
Fue un jugador con muchas peculiaridades, al punto de que el técnico Luis Cubilla opinaba sobre el jugador por aquellos años: “Samaniego es pura potencia.
Es capaz de errar la conquista más simple y después hacer una jugada increíble para un gol sorprendente.