Durante aquella época adoptó una mentalidad radical y liberal que rompía con la tradición católica y conservadora que había caracterizado a su familia durante muchos años: los Deucher habían representado los intereses de la abadía de Reichenau, en la orilla sur del lago Inferior, y se habían opuesto a cualquier reforma democrática.

Fue, junto con Fridolin Anderwert, uno de los principales líderes del movimiento democrático en el Parlamento cantonal.

En 1869, el pueblo aprobó la nueva constitución y Häberlin perdió su poder, que hasta entonces había sido prácticamente ilimitado.

[3]​ Deucher se presentó a las elecciones federales de 1869 y consiguió escaño en el Consejo Nacional.

Desde un primer momento, se implicó activamente en el encendido debate que generó la revisión total de la Constitución Federal.

Esta postura radicalmente anticlerical le hizo perder muchas simpatías en la Turgovia más conservadora.

Las divergencias que surgieron en el seno de su grupo parlamentario motivaron su dimisión del Consejo Nacional en 1873.

Aceptó la oferta, pero con la condición de volver a ocupar un escaño en el Consejo Nacional.

En el gobierno cantonal estuvo a cargo del Departamento de Instrucción Pública y Cultos.

En 1887 se incorporó al Departamento de Comercio y Agricultura, en el que consiguió consolidarse: lo dirigió durante casi un cuarto de siglo, período que solo se vio interrumpido por los años presidenciales de 1897, 1903 y 1909, en los que volvió a ser temporalmente jefe del Departamento Político.

Casi diez años más tarde, el pueblo rechazó la ley que instauraba el seguro federal obligatorio de enfermedad y accidentes para todos los trabajadores por cuenta ajena con un 70% de votos en contra.

[12]​ En 1893, durante su mandato, se aprobó la primera ley federal de agricultura.

[13]​ Aunque en un principio se le tenía por una figura controvertida debido a su carácter irascible, fue ganando popularidad con los años y logró ser ratificado en el cargo con resultados cada vez mejores.