El soporte para aplicaciones de escritorio multiplataforma fue añadido en Flex Builder 3 con la introducción de Adobe AIR.

Este cambio de nombre se aplicó para representar su conexión a otros productos en la plataforma Adobe Flash,[5]​ y para crear una clara distinción entre el framework de código abierto de Flex y el entorno de desarrollo integrado.

[6]​ Además de los editores de código empotrados para MXML y Actionscript, Flash Builder soporta un editor WYSIWYG para modificar aplicaciones y componentes MXML.

Flash Builder incluye un depurador interactivo integrado permitiendo a los desarrolladores pasar a través de la ejecución de código mientras inspeccionan las variables y visualizan las expresiones.

La vista del profiler muestra información estadística acerca de donde y cuanta memoria está siendo consumida además del tiempo de ejecución de llamadas a funciones.