Estado Islámico Transicional de Afganistán

El paso a esta segunda etapa requeriría la convocación de una "gran asamblea" afgana tradicional, llamada Loya Jirga.Un tercer posible candidato fue Zahir Shah el rey que gobernó Afganistán hasta 1973 y fue decorado.[1]​ Hamid Karzai, quien se sentó junto a Zahir Shah en la conferencia de prensa, llamó a Zahir Shah el "padre de la nación" y le agradeció la "confianza que su Majestad ha depositado en mí".Para estar en la boleta electoral de la Loya Jirga, un candidato tenía que presentar 150 firmas para su candidatura.Excombatiente de muyahidines, Mohammed Asef Mohsoni presentó una lista con 1.050 nombres para Karzai y también Massouda Jalal, una doctora que trabaja con el Programa Mundial de Alimentos, y Mahfoz Nadai, un oficial del ejército uzbeco, poeta y viceministro del gobierno reunidos suficientes firmas para estar en la boleta electoral.Hamid Karzai fue elegido con una abrumadora mayoría del 83% y permaneció en el cargo como presidente.Después de levantar las manos en apoyo, dijo: "Todos lo han aceptado y estoy contento".Durante y después de la loya jirga, los oficiales del ejército y la policía amenazaron, encarcelaron e incluso mataron a los candidatos para evitar que se postularan para la loya jirga, o para intimidarlos de actuar de manera independiente[4]​ La Alianza del Norte todavía dominaba al gobierno.Los tres vicepresidentes Karzai anunciados en la Loya Jirga, Karim Khalili, Haji Abdul Qadeer y Mohammed Fahim eran todos comandantes de la Alianza del Norte, aunque ninguno de ellos tenían el mismo origen étnico.[4]​ En la Loya Jirga Karzai nombró al ex Rey Zahir Shah el "Padre de la Patria".Sin embargo, algunos de los partidarios del rey pensaron que un título honorario no era suficiente para el rey y más bien lo habían visto en un puesto oficial como presidente, con Karzai en un puesto como primer ministro.Karzai también estaba bajo presión para poner algunos afganos altamente educados en la administración que se habían convertido en refugiados durante el gobierno comunista o el gobierno talibán de Afganistán y habían sido educados por universidades occidentales.Juma Mohammedi quien se convirtió en Ministro de Minas también era un empleado del Banco Mundial.Yunus Qanuni, el exministro del Interior, no estaba contento con el cargo de Ministro de Educación que le habían asignado, ya que esperaba convertirse en algo así como primer ministro.