Fue declarado Lugar de Importancia Comunitaria (LIC) en 2006.
Posteriormente, se declaró Zona Especial de Conservación (ZEC) en 2015, incorporándose así a la Red Natura 2000 y a la Red de Espacios Naturales Protegidos de Andalucía (RENPA).
A ello hay que añadir la sobreexplotación de aguas subterráneas, pérdida y/o simplificación de la vegetación riparia, procesos de erosión y colmatación, que suponen asimismo una amenaza para la conectividad ecológica.
En las inmediaciones del LIC hay numerosos diseminados de viviendas en proliferación, como los que existen en las zonas conocidas como La Muela, Santa Lucía, Naveros o El Soto, estando algunos de ellos fuera de la legalidad urbanística.
Otro factor de alteración y pérdida de hábitats lo constituyen las numerosas infraestructuras viarias, tendidos eléctricos y estaciones eólicas, que han fragmentado el territorio protegido.