La entidad tiene su origen en la fusión de dos entidades independientes.
Por sugerencia de Manuel Salvat y Enric Ribas, promovió la celebración del Primer Congreso de Médicos de Lengua Catalana en 1913, presidido por Miguel A. Fargas y que continúa activo y se celebra cada cuatro años, tras incorporar también a los profesionales de la biología.
Al finalizar la Guerra Civil en 1939, cambió el nombre por el de Academia de Ciencias Médicas y en 1967 recuperó su denominación actual.
A comienzos de los años 1980 la biblioteca pasó a llamarse Centro de Documentación Médica (CDM), convirtiéndose en pionero en la teledocumentación biomédica.
El órgano soberano de la entidad es la Asamblea General, integrada por todos los socios.