Regresó a Irán cuando en febrero de 1979 estalló la revolución.
El ayatola Jomeini continuó siendo el Líder Supremo de Irán, con la autoridad constitucional para destituir al Presidente.
El ayatolá Jomeiní insistió en que los clérigos no deben competir para posiciones en el gobierno.
[5] Fue destituido en ausencia, ya que se desconocía en su momento su paradero, por el Parlamento iraní, acusado de promover acciones contra el clero.
Rechazó todos los cargos y siempre sostuvo que los hechos fueron un golpe de Estado.