Al Hakim nació en 1952 en la ciudad de Najaf, en Irak; y era hijo del Ayatolá Muhsin al Hakim, que fue el líder máximo de la rama chiita del Islam durante muchos años.
Recibió una educación religiosa y participó desde joven en la oposición a la dictadura del partido Baaz.
Tuvo que huir al extranjero en 1979, y en 1982 fue uno de los fundadores de la Asamblea Suprema para la Revolución Islámica en Irak desde su exilio en Irán.
Abdul Aziz Al Hakim dirigió el brazo armado del partido, la Brigada Badr; y regresó al país luego de la invasión norteamericana del 2003.
Se convirtió en líder de su partido luego del asesinato de su hermano Mohamed Baqir Al Hakim.