Su película Heremakono fue exhibida en la sección Un Certain Regard en el Festival de Cannes de 2002,[1]​ ganando el Premio FIPRESCI.

Sissako regresó brevemente a Mauritania, la tierra de su madre, en 1980.

Luego se fue a Moscú, donde estudió cine en el Instituto Federal de Cine de 1983 a 1989.

Sissako se estableció en Francia a principios de los años 1990.

Además de su trabajo como director, también oficia como asesor cultural para el Jefe de Estado mauritano Mohamed Ould Abdel Aziz.