[2] En 1944 Khalil fue nombrado miembro del influyente Consejo Asesor para el Norte de Sudán, que era una organización pro-mahdista.
En 1945 ayudó a la fundación del Partido Nacional Umma y se convirtió en su primer secretario general.
[2] Khalil mantuvo una estrecha relación con los administradores coloniales Robert George Howe y J.W.
Robertson, sirviéndoles como asesor para sus puntos de vista sobre la política sudanesa.
[2][3] Fue primer ministro y ministro de Defensa en el nuevo gobierno; alineó a Sudán con Estados Unidos en un momento de tensión con Egipto, que entonces estaba gobernado por Gamal Abdel Nasser.