Durante su primer siglo de existencia, se fundaron seis monasterios y a pesar de que muchos miembros abandonaban la abadía por tal razón, esta tenía setenta monjes y ciento veinte hermanos laicos en 1187.

El lugar estaba sujeto a inundaciones regulares, sin embargo, en 1203 se comenzó una nueva iglesia y monasterio la cual fue dedicada en 1231.

El rey Juan I visitó Waverley en 1209, y Enrique III en 1225.

Para finales del siglo XIII, la abadía comenzó a perder su importancia.

Se ha dicho que el gran espacio abierto formado por la curva del río en un lado y por un lago al otro, fue intencionado para ser una gran trampa para tanques para cualquier ejército alemán que intentara superar las defensas de Londres.