El monasterio tenía alguna relación con los cluniacenses, pero parece que esta relación consistía en la introducción de reformas locales basadas en las prácticas de Cluny, más que en la pertenencia a la orden cluniacense y la subordinación a Cluny como tal.Un último incendio tuvo lugar en 1531, poco antes de la Reforma.Nidarholm fue el último bastión católico en Noruega durante la Reforma, bajo Olav Engelbrektsson, arzobispo de Nidaros.Sus hombres fueron asediados en 1537 en Nidarholm por la flota de Jens Splid (1510-1550), y finalmente fueron obligados a rendirse.[4] Después de 1537, los edificios fueron abandonados y se utilizaron como cantera de piedra para construir las fortalezas que más tarde se levantaron en Munkholmen.