Dado que cada par de bases tiene el mismo tamaño, se forma una estructura regular.
Son las zonas donde las bases nitrogenadas van a ser accesibles desde el exterior.
- La hidratación de los grupos polares del esqueleto azúcar-fosfato con el entorno acuoso.
Así, el azúcar puede presentar forma de sobre o forma E (del inglés envelope) cuando uno de los carbonos queda por fuera del plano, o bien forma de media silla o forma T (del inglés twist) cuando dos de los carbonos quedan por fuera del plano y en lados opuestos.
Tanto el enlace glucosídico como el enlace entre los carbonos 4' y 5' del azúcar presentan libertad de giro, lo que da lugar también a diferentes conformaciones.
En el caso del enlace N-glucosídico puede aparecer la conformación "anti" si la parte más voluminosa de la base queda alejada del azúcar, o la conformación "syn" si el plano de la base nitrogenada está dirigido hacia el azúcar.