(3891) Werner es un asteroide perteneciente al cinturón de asteroides, descubierto el 3 de marzo de 1981 por Schelte John Bus desde el Observatorio de Siding Spring, Nueva Gales del Sur, Australia.
Designado provisionalmente como 1981 EY31.
Fue nombrado Werner en homenaje de “Robert A. Werner”, estudiante de ciencia aeroespacial en la Universidad de Texas en Austin.