Su madre era una de sus concubinas, Mahidevran Hatun, una mujer proveniente del Cáucaso o Albania.

Manisa, debido a su relativa cercanía con la capital Constantinopla, era uno de los sanjacados más preciados por los pretendientes.

Mustafa tenía un hermano mayor Şehzade Mahmud , , quién era considerado el heredero al trono.

Aunque Mahidevran formaba parte del harén de Solimán en Manisa, esto se amplió al llegar a Estambul, donde conoció a una esclava de origen ruteno, conocida como Roxelana o Hürrem Sultan.

Los otros hijos de Hürrem con el sultán no disputarían al trono: Şehzade Abdullah, fallecido a temprana edad, Mihrimah Sultan, quién era mujer, y Şehzade Cihangir, quien tenía serios problemas de salud y una joroba en la espalda.

Cuando tenía solo nueve años, un embajador veneciano en Constantinopla informó lo siguiente: ”Él [Mustafa] tiene un talento extraordinario; será guerrero, además es muy querido por los jenízaros, y realiza desde ya grandes hazañas."

Esto estableció una gran relación entre ellos y la madre de Mustafá, Mahidevran, a quien Ibrahim siempre protegió.

Tras la muerte de Mehmed, parecía que todas las barreras entre el trono y Mustafa habían desaparecido.

Solimán, ya anciano, decidió iniciar una nueva guerra contra el Imperio safávida de Persia.

Una carta habría llegado al sultán indicando una alianza entre Mustafa y el shah persa Tahmasp I para derrocarlo y eso provocó la decisión de ejecución[1]​ El ejército otomano se encontraba en Ereğli, antes de cruzar los montes Tauro.

Instantáneamente, los verdugos se lanzaron por segunda vez sobre Mustafa, derribándolo y le quitaron rápidamente la vida.

Hoy día es muy recordado en Turquía, sobre todo en Bursa, en donde se le suele rendir tributo a su figura en su mausoleo donde descansan sus restos junto con los de su madre.

El poeta Taşlıcalı Yahya Efendi, que era muy cercano a la familia real, compuso una elegía en su nombre.

Centrada en el ascenso de Roxelana (Hürrem Sultan), la obra publicada en 1561 narra la trágica muerte del Príncipe Mustafa.

A partir de su segunda temporada, Mustafa tuvo un rol protagónico en la telenovela, siendo interpretado por el actor Mehmet Günsür.

Su única consorte conocida era de origen croata y nació en 1523, aunque se desconoce su nombre.