Nacido en Cochabamba, Villegas comenzó su carrera con Enrique Happ y debutó como profesional con Aurora a los diecisiete años.

Al año siguiente pasó a jugar en el Bolívar, de La Paz.

Sin embargo, sufrió una lesión en la rodilla que lo obligó a su retiro.

Al poco tiempo de retirarse, Villegas se sumó al cuerpo técnico de Rosario Martínez en el Real Potosí.

[3]​ El hermano mayor de Villegas, Eduardo, también fue futbolista y también es entrenador.