En 1845 el obispo de Michoacán Juan Cayetano Gómez de Portugal mandó remodelar la decoración interior del templo al arquitecto italiano Luis Zapari quien sustituyó los retablos barrocos de madera por neoclásicos, conservándose el original órgano barroco sobre la sillería del coro.Esta disposición se conservó hasta finalizar el siglo XIX ya que entre 1897 y 1898 el Segundo Arzobispo de Michoacán Ignacio Arciga mandó remodelar nuevamente el interior de la catedral, encomendando la obra al decorador italiano Claudio Molina quien realizó una trasformación profunda, colocó la decoración neoclásica que hoy lucen las bóvedas y muros, retiró los elementos y mobiliarios antiguos, entre ellos, la sillería del coro que estaba en medio de la nave y el órgano tubular del siglo XVIII.En 1900 durante la época del Porfiriato en México, tomó posesión el Tercer arzobispo de Michoacán Atenógenes Silva quien en 1904 mandó elaborar el nuevo órgano tubular para la Catedral de Morelia.El órgano presenta una enorme fachada ornamental de madera en estilo neobarroco churrigueresco elaborada en 1905, que exhibe flautas doradas, columnas estípites y tallas de ángeles; la cual es escenográfica ya que las flautas reales de metal se ubican en su interior, mientras que los teclados del órgano se hallan frente a su costado este.Recibe el nombre de “Órgano San Gregorio Magno” en homenaje al Papa Gregorio I quien en el siglo VI realizó reformas a la liturgia y música de la Iglesia.
Órgano de la Catedral de Morelia con 4600 flautas.