Posteriormente realizó sus estudios de Doctorado en la Albert-Ludwigs-Universität Freiburg (Alemania), con una beca del KAAD.
Su tesis doctoral, que obtuvo la distinción summa cum laude, fue dirigida por Friedrich-Wilhelm von Herrmann, último asistente personal de Heidegger y director general de su obra completa (Gesamtausgabe).
Tras sus estudios doctorales trabajó como Profesor en la Universidad Iberoamericana (Ciudad de México) y el CIDHEM, entre otras instituciones.
En 2006 obtuvo la prestigiosa beca de la Alexander von Humboldt-Stiftung, para realizar su investigación posdoctoral en Alemania.
En 2010 fue galardonado con el O’Gorman Grant por parte de la Columbia University.
Xolocotzi Yáñez propone que el elemento diferenciador de la propuesta metódica del joven Heidegger consiste en una visión del “trato” (Umgang) con el ente como acceso (Zugang) fenomenológico, en contraste con la perspectiva teorética sostenida en la fenomenología trascendental de Husserl.
En esta investigación se esclarecen varios aspectos ocultos de la convulsa vida erótica y política del pensador alemán.
Junto con Carlos Gutiérrez tradujo Cartas a Max Müller y Bernhard Welte (México: Universidad Iberoamericana, 2006).