[1] La región donde se ubica la actual ciudad de Águas Belas fue originalmente habitada por los indios Tupiniquim, quienes tenían su tribu unificada con la tribu Carnijós, quienes vivían cerca de la Serra dos Cavalos.
El pueblo era conocido como Lagoa, debido a una laguna existente en el sitio donde hoy se encuentra la sede de Nossa Senhora da Conceição, luego el pueblo se llamó Ipanema.
Se dice que alrededor del año 1700 apareció en la región el primer hombre blanco (João Rodrigues Cardoso), con el objetivo de unificar las dos tribus existentes en la región.
[2] Las tierras indígenas fueron demarcadas en 1875, aunque los conflictos territoriales no se han resuelto por completo.
En 2010 la FUNAI estuvo en Águas Belas para iniciar el proceso de re-demarcación, sin embargo, el proceso aún se encuentra en fase e identificación.