Los guerreros samurái a menudo llevaban ambas consigo, denominándolas en conjunto daishō, literalmente 'la larga y la corta'.
Sin embargo, podía llevar consigo la wakizashi en todo momento, e incluso tenerla cerca mientras dormía para repeler cualquier agresión.
Al ser más corta y manejable, era más indicada para la defensa en espacios cerrados, donde muy probablemente cualquier ataque o guardia de una katana tropezaría con vigas, techos o mobiliario, que entorpecería su movimiento.
La wakizashi tenía por tanto una función análoga a las pistolas en las fuerzas armadas modernas; más efectiva en ámbitos civiles o paramilitares que en combate abierto.
Debido a su tamaño también era utilizada por los ninjas en sustitución del ninjatō, el cual ocupa un lugar intermedio entre la katana y el wakizashi o kodachi.