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Variante gamma del SARS-CoV-2

La variante Gamma (P.1) [a] fue [6] [7] una de las variantes del SARS-CoV-2 , el virus que causa la COVID-19 . [8] Esta variante del SARS-CoV-2 ha sido denominada linaje P.1 y tiene 17 sustituciones de aminoácidos , diez de las cuales en su proteína de pico, incluidas estas tres designadas como de especial preocupación: N501Y , E484K y K417T. [4] [9] Fue detectada por primera vez por el Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas (NIID) de Japón, el 6 de enero de 2021 en cuatro personas que habían llegado a Tokio tras haber visitado Amazonas , Brasil, cuatro días antes. [4] [10] Posteriormente se declaró que estaba en circulación en Brasil. [4] Según el esquema de nombres simplificado propuesto por la Organización Mundial de la Salud , P.1 fue etiquetada como variante Gamma y se consideró una variante preocupante hasta marzo de 2022, cuando fue desplazada en gran medida por las variantes delta y ómicron . [11]

La variante gamma causó una infección generalizada a principios de 2021 en la ciudad de Manaus , capital de Amazonas, aunque la ciudad ya había experimentado una infección generalizada en mayo de 2020, [12] con un estudio [13] que indica una alta seroprevalencia de anticuerpos para el SARS-CoV-2. [14] Un artículo de investigación publicado en Science Journal indica que las personas infectadas con P.1 tienen mayores posibilidades de transmisibilidad y muerte que las infectadas con B.1.1.28. [15]

La variante Gamma comprende dos subvariantes distintas, 28-AM-1 y 28-AM-2, que presentan las mutaciones K417T, E484K y N501Y, y que se desarrollaron independientemente una de otra dentro de la misma región amazónica brasileña. [16]

La variante Gamma es notablemente diferente de la variante Zeta (linaje P.2) que también circuló con fuerza en Brasil. En particular, Zeta solo tiene la mutación E484K y no tiene ninguna de las otras dos mutaciones preocupantes, N501Y y K417T. [16] [9]

Clasificación

Los informes iniciales afirmaron que tanto P.1 como P.2 eran dos descendientes separados y diferentes del linaje brasileño B.1.1.248. [17] [18] Sin embargo, B.1.1.248 luego perdió su estatus como linaje distinto y fue reclasificado a B.1.1.28. [19] P.1 también se ha llamado B.1.1.28.1, [20] mientras que P.2 ha sido B.1.1.28.2 o VUI-202101/01. [21] Dado que solo se permiten tres subniveles en el sistema de nomenclatura de linaje PANGO , de ahí la designación de B.1.1.28.1 a P.1 y B.1.1.28.2 a P.2. [4] [22]

Tras su detección, los datos genómicos de cuatro muestras de la nueva variante se compartieron con GISAID habiéndoseles asignado el rango de identificación: EPI_ISL_792680a EPI_ISL_792683. [23]

Mutaciones

Variantes del SARS-CoV-2

Además de tener ocho mutaciones (cuatro de estas mutaciones genéticas sinónimas ) en sus marcos de lectura abiertos (ORF1a y ORF1b), una de las cuales es un conjunto de deleciones, Gamma tiene 10 mutaciones definitorias en su proteína de pico , incluidas N501Y y E484K. También tiene dos mutaciones (una de ellas una inserción) en su gen ORF8 y una en su gen N. [4] [24]

Mutaciones de aminoácidos de la variante Gamma del SARS-CoV-2 representadas en un mapa del genoma del SARS-CoV-2 con especial atención a la proteína Spike. [25]

Descendientes y sublinajes

El linaje del coronavirus B.1.1.28 ha originado cuatro linajes conocidos clasificados como variante de interés (VOI) o variante de preocupación (VOC): linajes P.1, P.2, P.3 y P.4.

El linaje P.2 (B.1.1.28.2, variante Zeta), detectado por primera vez en octubre de 2020 en el estado de Río de Janeiro , Brasil, solo comparte una mutación de preocupación con P.1, que es la E484K. [26] Las otras mutaciones de P.2 no son preocupantes y rara vez se encuentran para otras variantes. Las cinco mutaciones específicas de P.2 son: E484K en el gen S, A119S en el gen N, 5'UTR C100U, más L3468V y synC11824U en el gen ORF1ab . Otras mutaciones que se encuentran comúnmente en P.2 son: 3'UTR C29754U, F120F (synC28253U) en ORF8, M234I en el gen N, más L3930F y synA12964G en ORF1ab . [27]

El linaje P.3 ( variante Theta ) se identificó por primera vez en Filipinas el 18 de febrero de 2021 cuando se detectaron dos mutaciones preocupantes en Visayas centrales . [28]

El virus derivado B.1.1.28 restante es el linaje P.4. Aunque los investigadores no han identificado su origen preciso, fue secuenciado por primera vez en Itirapina , Brasil, y ya circulaba en varios municipios del estado de São Paulo del mismo país. Lleva una mutación preocupante en la proteína spike llamada L452R que también está presente en el linaje B.1.617 ( variantes Delta y Kappa ) detectada en la India, variante Epsilon (linajes B.1.427 y B.1.429) de California , Estados Unidos. [29] [30] La rama de este linaje es P.4.1 (VUI-NP13L)—se sospecha que surgió en Goiás , Brasil, alrededor de junio-julio de 2020—también se extendió rápidamente al sureste del país, donde por ejemplo Taquara tuvo su primera secuenciación del genoma, y ​​al noreste de la nación. Fue detectado a nivel internacional, con casos reportados en Japón, Países Bajos e Inglaterra. El P.4.1 tiene mutaciones V1176F y D614G en la proteína Spike. [31]

Prevención

Estadística

Historia

El 12 de enero de 2021, el Centro CADDE Brasil-Reino Unido confirmó 13 casos locales del linaje P.1 en Manaus, estado de Amazonas, la ciudad más grande de la selva amazónica. [4] El nuevo linaje estuvo ausente en 27 muestras recolectadas de marzo a noviembre de 2020 en Manaus, pero se identificó para la misma ciudad en el 42% (n = 13/31) de las muestras recolectadas del 15 al 23 de diciembre de 2020, seguido del 52,2% (n = 35/67) durante el 15 al 31 de diciembre de 2020 y el 85,4% (n = 41/48) durante el 1 al 9 de enero de 2021. En particular, el P.2 fue rápidamente superado por el P1 desde la segunda quincena de diciembre hasta el 1 al 9 de enero, donde la participación del linaje P.2 para Manaus disminuyó del 25,4% al 6,3%. [4] [89]

Un estudio de 180 muestras brasileñas secuenciadas recolectadas en el estado de Río de Janeiro durante 2020 identificó la aparición del nuevo linaje P.2 del SARS-CoV-2 (que se originó a partir de B.1.1.28). P.2 se detectó por primera vez mediante secuenciación del genoma en octubre de 2020, pero se estimó que surgió a principios de julio de 2020. [27] A diciembre de 2020, aunque había aumentado significativamente en frecuencia en todo el estado, todavía estaba confinado en gran medida a la capital del estado, Río de Janeiro . En mayo de 2020, los principales linajes detrás de los positivos de COVID-19 fueron B.1.1.33 (70%) y B.1.1.28 (20%), mientras que en septiembre los principales linajes fueron B.1.1.33 (50%) y B.1.1.28 (40%), sin detectarse presencia de P.2, mientras que durante octubre y noviembre P.2 fue el linaje más común con una participación cercana al 50% (según la herramienta Pangolin ). [90] El estudio también encontró que la mutación E484K estaba "ampliamente extendida" en todas las muestras de P.2 analizadas (36 de 38). [90]

Los investigadores de la Fundación Oswaldo Cruz publicaron un estudio de epidemiología genómica preimpreso de 250 genomas recolectados de diferentes lugares de Amazonas y descubrieron que las infecciones por P.1 pueden producir casi 10 veces más carga viral que en otras personas infectadas con COVID-19 que involucran los linajes B.1.1.28 y B.1.195. El linaje también mostró una transmisibilidad 2,2 veces mayor con la misma capacidad de infectar tanto a adultos (18 a 59 años) como a personas mayores (60 años y más), lo que sugiere que P.1 y sus sublinajes tienen más éxito en infectar a humanos más jóvenes sin diferencia de género. [91]

El Centro de Descubrimiento, Diagnóstico, Genómica y Epidemiología de Arbovirus (CADDE) produjo otro artículo de revista de muestras recolectadas en Manaos entre noviembre de 2020 y enero de 2021. El estudio indicó que el linaje P.1 se trata de2,0 veces (50% CrI ,1.7 –2,4 veces ) más transmisible y se demostró que era capaz de evadir aproximadamente32% (50% CrI ,21 –46% ) de inmunidad heredada de enfermedades previas por coronavirus, lo que lleva a la posibilidad de reinfección . Estas estadísticas aumentadas también tuvieron el mismo reflejo en la letalidad, ya que las infecciones por P.1 pueden ser de aproximadamente50% (50% CrI ,20 –90% ) más letal. [92] [93] [94] Como parte de una investigación en curso, los científicos han evaluado la capacidad de la variante para neutralizar los anticuerpos en un trabajo de preimpresión publicado que demuestra que 8 personas inmunizadas con CoronaVac tuvieron una respuesta plasmática sanguínea deficiente contra el linaje P.1. Dado que el estudio solo tuvo un pequeño número de participantes, no fue posible establecer ninguna conclusión estadística ya que sería necesario estudiar a un mayor número de personas vacunadas. [95] Científicos del MIT, Harvard y Cambridge, y médicos de hospitales en Boston, corroboraron que las personas completamente vacunadas con las vacunas Pfizer y Moderna tienen una neutralización significativamente reducida con P.1, en un trabajo de preimpresión. [96]

Extinción

En marzo de 2022, la Organización Mundial de la Salud incluyó las variantes Alfa , Beta y Gamma como circulantes previamente, citando la falta de casos detectados en las semanas y meses anteriores. [11]

Véase también

Notas

  1. ^ Otros nombres incluyen:
    – 20J/501Y.V3
    – Variante de preocupación 202101/02 ( VOC-202101/02 ) [1]
    – Variante brasileña o variante de Brasil [2] [3] [4]

Referencias

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