La Primera Etapa de la Copa Santander Libertadores 2009 se desarrolló del 27 de enero al 5 de febrero.
Doce equipos se clasificaron para esta ronda y cada uno jugará una eliminatoria de ida y vuelta , una en casa y otra fuera. El ganador de cada eliminatoria avanzará a la Segunda Etapa . Los equipos ganarán 3 puntos por victoria, 1 punto por empate y 0 por derrota. El equipo con más puntos avanza. Se utilizarán los siguientes criterios para desempatar en puntos:
El equipo número 1 jugó el partido de ida en casa.
Independiente Medellín avanza por puntos 4-1.
Deportivo Cuenca avanza por diferencia de goles.
Estudiantes avanza gracias a los goles fuera de casa.
Palmeiras avanza por puntos 6-0.
Universidad de Chile avanza por goles de visitante.
Nacional avanza por los puntos 4-1.