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Clase de plegamiento de proteínas

Un resumen de la anotación funcional de los pliegues de proteínas de traducción más ancestrales

En biología molecular , las clases de plegamiento de proteínas son categorías amplias de topología de estructura terciaria de proteínas . Describen grupos de proteínas que comparten proporciones similares de aminoácidos y estructura secundaria . Cada clase contiene múltiples superfamilias de proteínas independientes (es decir, no necesariamente relacionadas evolutivamente entre sí). [1] [2] [3]

Clases generalmente reconocidas

Cuatro grandes clases de proteínas que son generalmente acordadas por las dos principales bases de datos de clasificación de estructura ( SCOP y CATH ).

todo-α

Las proteínas All-α son una clase de dominios estructurales en los que la estructura secundaria está compuesta enteramente de hélices α , con la posible excepción de unas pocas láminas β aisladas en la periferia.

Los ejemplos comunes incluyen el bromodominio , el pliegue de globina y el s .

todo-β

Las proteínas totalmente β son una clase de dominios estructurales en los que la estructura secundaria está compuesta enteramente de láminas β , con la posible excepción de unas pocas hélices α aisladas en la periferia.

Los ejemplos comunes incluyen el dominio SH3 , el dominio beta-propeller , el pliegue de inmunoglobulina y el dominio de unión al ADN B3 .

α+β

Las proteínas α+β son una clase de dominios estructurales en los que la estructura secundaria está compuesta por hélices α y cadenas β que se encuentran por separado a lo largo de la cadena principal . Por lo tanto, las cadenas β son en su mayoría antiparalelas . [4]

Los ejemplos comunes incluyen el pliegue de ferredoxina , la ribonucleasa A y el dominio SH2 .

α/β

Las proteínas α/β son una clase de dominios estructurales en los que la estructura secundaria está compuesta por hélices α y cadenas β alternadas a lo largo de la cadena principal. Por lo tanto, las cadenas β son en su mayoría paralelas . [4]

Los ejemplos comunes incluyen el pliegue de flavodoxina , el barril TIM y las proteínas de repetición rica en leucina (LRR) como el inhibidor de ribonucleasa .

Clases adicionales

Proteínas de membrana

Las proteínas de membrana interactúan con las membranas biológicas ya sea insertándose en ellas o uniéndose a ellas mediante un lípido unido covalentemente. Son uno de los tipos de proteínas más comunes junto con las proteínas globulares solubles , las proteínas fibrosas y las proteínas desordenadas . [5] Son el objetivo de más del 50% de todos los fármacos modernos. [6] Se estima que entre el 20 y el 30% de todos los genes en la mayoría de los genomas codifican proteínas de membrana. [7]

Proteínas intrínsecamente desordenadas

Las proteínas intrínsecamente desordenadas carecen de una estructura tridimensional fija u ordenada . [8] [9] [10] Las IDP cubren un espectro de estados desde completamente desestructuradas hasta parcialmente estructuradas e incluyen espirales aleatorias , glóbulos (pre) fundidos y grandes proteínas multidominio conectadas por enlaces flexibles. Constituyen uno de los principales tipos de proteínas (junto con las proteínas globulares , fibrosas y de membrana ). [5]

Proteínas en espiral

Las proteínas en espiral forman fibras largas e insolubles que participan en la matriz extracelular . Existen muchas superfamilias de escleroproteínas, entre ellas la queratina , el colágeno , la elastina y la fibroína . Las funciones de estas proteínas incluyen la protección y el soporte, la formación de tejido conectivo , tendones , matrices óseas y fibra muscular .

Proteínas pequeñas

Las proteínas pequeñas suelen tener una estructura terciaria que se mantiene mediante puentes disulfuro ( proteínas ricas en cisteína ), ligandos metálicos ( proteínas que se unen a metales ) y/o cofactores como el hemo .

Proteínas diseñadas

Numerosas estructuras proteicas son el resultado de un diseño racional y no existen en la naturaleza. Las proteínas pueden diseñarse desde cero ( diseño de novo ) o haciendo variaciones calculadas sobre una estructura proteica conocida y su secuencia (conocido como rediseño proteico ). Los enfoques de diseño proteico racional hacen predicciones de secuencias proteicas que se plegarán a estructuras específicas. Estas secuencias predichas pueden luego validarse experimentalmente a través de métodos como la síntesis de péptidos , la mutagénesis dirigida al sitio o la síntesis artificial de genes .

Véase también

Referencias

  1. ^ Hubbard, Tim JP; Murzin, Alexey G.; Brenner, Steven E.; Chothia, Cyrus (1 de enero de 1997). "SCOP: una base de datos de clasificación estructural de proteínas". Investigación de ácidos nucleicos . 25 (1): 236–239. doi :10.1093/nar/25.1.236. ISSN  0305-1048. PMC  146380 . PMID  9016544.
  2. ^ Greene, Lesley H.; Lewis, Tony E.; Addou, Sarah; Cuff, Alison; Dallman, Tim; Dibley, Mark; Redfern, Oliver; Pearl, Frances; Nambudiry, Rekha (1 de enero de 2007). "La base de datos de la estructura del dominio CATH: nuevos protocolos y niveles de clasificación ofrecen un recurso más completo para explorar la evolución". Nucleic Acids Research . 35 (suppl 1): D291–D297. doi :10.1093/nar/gkl959. ISSN  0305-1048. PMC 1751535 . PMID  17135200. 
  3. ^ Fox, Naomi K.; Brenner, Steven E.; Chandonia, John-Marc (1 de enero de 2014). "SCOPe: Clasificación estructural de proteínas: ampliada, integrando datos SCOP y ASTRAL y clasificación de nuevas estructuras". Investigación de ácidos nucleicos . 42 (D1): D304–D309. doi :10.1093/nar/gkt1240. ISSN  0305-1048. PMC 3965108 . PMID  24304899. 
  4. ^ ab Efimov, Alexander V. (1995). "Similitud estructural entre las proteínas α/β y β de dos capas". Journal of Molecular Biology . 245 (4): 402–415. doi :10.1006/jmbi.1994.0033. PMID  7837272.
  5. ^ ab Andreeva, A (2014). "Prototipo de SCOP2: un nuevo enfoque para la minería de estructuras de proteínas". Nucleic Acids Res . 42 (número de la base de datos): D310–4. doi :10.1093/nar/gkt1242. PMC 3964979 . PMID  24293656. 
  6. ^ Overington JP, Al-Lazikani B, Hopkins AL (diciembre de 2006). "¿Cuántos objetivos farmacológicos existen?". Nat Rev Drug Discov . 5 (12): 993–6. doi :10.1038/nrd2199. PMID  17139284. S2CID  11979420.
  7. ^ Krogh, A. ; Larsson, BR; Von Heijne, G. ; Sonnhammer, ELL (2001). "Predicción de la topología de proteínas transmembrana con un modelo de Markov oculto: aplicación a genomas completos". Journal of Molecular Biology . 305 (3): 567–580. doi :10.1006/jmbi.2000.4315. PMID  11152613. S2CID  15769874.
  8. ^ Dunker, Alaska; Lawson, JD; Marrón, CJ; Williams, RM; Romero, P; Ah, JS; Oldfield, CJ; Campen, AM; Ratliff, CM; Hipps, KW; Ausio, J; Nissen, MS; Reeves, R; Kang, C; Kissinger, CR; Bailey, RW; Griswold, MD; Chiu, W; Garner, CE; Obradovic, Z (2001). "Proteína intrínsecamente desordenada". Revista de modelado y gráficos moleculares . 19 (1): 26–59. CiteSeerX 10.1.1.113.556 . doi :10.1016/s1093-3263(00)00138-8. PMID  11381529. 
  9. ^ Dyson HJ , Wright PE (marzo de 2005). "Proteínas intrínsecamente no estructuradas y sus funciones". Nat. Rev. Mol. Cell Biol . 6 (3): 197–208. doi :10.1038/nrm1589. PMID  15738986. S2CID  18068406.
  10. ^ Dunker AK, Silman I, Uversky VN, Sussman JL (diciembre de 2008). "Función y estructura de proteínas inherentemente desordenadas". Curr. Opin. Struct. Biol . 18 (6): 756–64. doi :10.1016/j.sbi.2008.10.002. PMID  18952168.