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Origen de la replicación

Modelos para el inicio de la replicación del ADN bacteriano ( A ) y eucariota ( B ). A ) Los cromosomas bacterianos circulares contienen un elemento que actúa en cis , el replicador, que se encuentra en los orígenes de replicación o cerca de ellos. i ) El replicador recluta proteínas iniciadoras de una manera específica de la secuencia de ADN, lo que resulta en la fusión de la hélice de ADN y la carga de la helicasa replicativa en cada una de las hebras individuales de ADN ( ii ). iii ) Los replisomas ensamblados replican bidireccionalmente el ADN para producir dos copias del cromosoma bacteriano. B ) Los cromosomas eucarióticos lineales contienen muchos orígenes de replicación. La unión del iniciador ( i ) facilita la carga de helicasa replicativa ( ii ) en el ADN dúplex para obtener la licencia de los orígenes. iii ) Se activa un subconjunto de helicasas cargadas para el ensamblaje replicario. La replicación procede bidireccionalmente desde los orígenes y termina cuando se encuentran las bifurcaciones de replicación de orígenes activos adyacentes ( iv ).

El origen de replicación (también llamado origen de replicación ) es una secuencia particular en un genoma en la que se inicia la replicación. [1] La propagación del material genético entre generaciones requiere una duplicación oportuna y precisa del ADN mediante replicación semiconservadora antes de la división celular para garantizar que cada célula hija reciba el complemento completo de cromosomas . [2] Esto puede implicar la replicación del ADN en organismos vivos como procariotas y eucariotas, o la del ADN o ARN en virus, como los virus de ARN bicatenario . [3] La síntesis de cadenas hijas comienza en sitios discretos, denominados orígenes de replicación, y continúa de manera bidireccional hasta que se replica todo el ADN genómico. A pesar de la naturaleza fundamental de estos eventos, los organismos han desarrollado estrategias sorprendentemente divergentes que controlan el inicio de la replicación. [2] Aunque la estructura de organización y el reconocimiento del origen de la replicación específica varían de una especie a otra, se comparten algunas características comunes.

Características

Un requisito previo clave para la replicación del ADN es que debe ocurrir con una fidelidad y eficiencia extremadamente altas exactamente una vez por ciclo celular para evitar la acumulación de alteraciones genéticas con consecuencias potencialmente perjudiciales para la supervivencia celular y la viabilidad del organismo. [4] Los eventos de replicación del ADN incompletos, erróneos o inoportunos pueden dar lugar a mutaciones, poliploidía o aneuploidía cromosómica y variaciones en el número de copias de genes, cada una de las cuales a su vez puede provocar enfermedades, incluido el cáncer. [5] [6] Para garantizar una duplicación completa y precisa de todo el genoma y el flujo correcto de información genética a las células de la progenie, todos los eventos de replicación del ADN no solo están estrechamente regulados con señales del ciclo celular sino que también se coordinan con otros eventos celulares como transcripción y reparación del ADN . [2] [7] [8] [9] Además, las secuencias de origen comúnmente tienen un alto contenido de AT en todos los reinos, ya que las repeticiones de adenina y timina son más fáciles de separar porque sus interacciones de apilamiento de bases no son tan fuertes como las de guanina y citosina. [10]

La replicación del ADN se divide en diferentes etapas. Durante la iniciación, las maquinarias de replicación, denominadas replisomas , se ensamblan en el ADN de forma bidireccional. Estos loci de ensamblaje constituyen los sitios de inicio de la replicación del ADN o los orígenes de replicación. En la fase de elongación, los replisomas viajan en direcciones opuestas con las horquillas de replicación, desenrollando la hélice de ADN y sintetizando hebras de ADN hijas complementarias utilizando ambas hebras parentales como plantillas. Una vez que se completa la replicación, eventos de terminación específicos conducen al desmontaje de los replisomas. Mientras todo el genoma se duplique antes de la división celular, se podría suponer que la ubicación de los sitios de inicio de la replicación no importa; sin embargo, se ha demostrado que muchos organismos utilizan regiones genómicas preferidas como orígenes. [11] [12] La necesidad de regular la ubicación del origen probablemente surge de la necesidad de coordinar la replicación del ADN con otros procesos que actúan sobre la plantilla de cromatina compartida para evitar roturas de cadenas de ADN y daños en el ADN. [2] [6] [9] [13] [14] [15] [16] [17]

modelo de replicón

Hace más de cinco décadas, Jacob , Brenner y Cuzin propusieron la hipótesis del replicón para explicar la regulación de la síntesis de ADN cromosómico en E. coli . [18] El modelo postula que un factor de acción trans difusible , el llamado iniciador, interactúa con un elemento de ADN que actúa en cis , el replicador, para promover el inicio de la replicación en un origen cercano. Una vez unidos a los replicadores, los iniciadores (a menudo con la ayuda de proteínas cocargadoras) depositan helicasas replicativas en el ADN, que posteriormente impulsan el reclutamiento de componentes replisomas adicionales y el ensamblaje de toda la maquinaria de replicación. De este modo, el replicador especifica la ubicación de los eventos de iniciación de la replicación, y la región cromosómica que se replica a partir de un único origen o evento de iniciación se define como el replicón. [2]

Una característica fundamental de la hipótesis del replicón es que se basa en una regulación positiva para controlar el inicio de la replicación del ADN, lo que puede explicar muchas observaciones experimentales en sistemas bacterianos y fagos. [18] Por ejemplo, explica la falla de los ADN extracromosómicos sin orígenes para replicarse cuando se introducen en las células huésped. Racionaliza aún más las incompatibilidades de plásmidos en E. coli, donde ciertos plásmidos desestabilizan la herencia de otros debido a la competencia por la misma maquinaria de iniciación molecular. [19] Por el contrario, un modelo de regulación negativa (análogo al modelo de operador de replicón para la transcripción) no logra explicar los hallazgos anteriores. [18] No obstante, la investigación posterior a la propuesta de Jacob, Brenner y Cuzin del modelo de replicón ha descubierto muchas capas adicionales de control de replicación en bacterias y eucariotas que comprenden elementos reguladores tanto positivos como negativos, destacando tanto la complejidad como la importancia de restringir la replicación del ADN. temporal y espacialmente. [2] [20] [21] [22]

El concepto de replicador como entidad genética ha demostrado ser muy útil en la búsqueda de identificar secuencias de ADN replicador y proteínas iniciadoras en procariotas , y hasta cierto punto también en eucariotas , aunque la organización y complejidad de los replicadores difieren considerablemente entre los dominios de la vida. [23] [24] Si bien los genomas bacterianos generalmente contienen un único replicador que se especifica mediante elementos de secuencia de ADN consensuados y que controla la replicación de todo el cromosoma, la mayoría de los replicadores eucariotas, con la excepción de la levadura en ciernes, no están definidos a nivel de ADN. secuencia; en cambio, parecen estar especificados combinatoriamente por señales locales estructurales del ADN y de cromatina . [25] [26] [27] [28] [29] [30] [31] [32] [33] [34] Los cromosomas eucarióticos también son mucho más grandes que sus homólogos bacterianos, lo que aumenta la necesidad de iniciar la síntesis de ADN a partir de muchos orígenes simultáneamente para asegurar la replicación oportuna de todo el genoma. Además, se cargan muchas más helicasas replicativas que las activadas para iniciar la replicación en un ciclo celular determinado. La definición de replicadores y la selección de orígenes basada en el contexto sugiere un modelo de replicón relajado en sistemas eucarióticos que permite flexibilidad en el programa de replicación del ADN. [23] Aunque los replicadores y los orígenes pueden estar físicamente separados en los cromosomas, a menudo se localizan o se ubican muy cerca; Para simplificar, nos referiremos a ambos elementos como "orígenes" a lo largo de esta revisión. En conjunto, el descubrimiento y aislamiento de secuencias de origen en varios organismos representa un hito importante hacia la comprensión mecanicista del inicio de la replicación. Además, estos logros tuvieron profundas implicaciones biotecnológicas para el desarrollo de vectores lanzadera que pueden propagarse en células bacterianas, de levadura y de mamíferos. [2] [35] [36] [37]

Bacteriano

Organización y reconocimiento del origen en bacterias. A ) Esquema de la arquitectura de origen E. coli oriC , Thermotoga maritima oriC y el origen bipartito en Helicobacter pylori . El DUE está flanqueado en un lado por varias cajas de DnaA de alta y débil afinidad, como se indica para E. coli oriC . B ) Organización del dominio del iniciador de E. coli DnaA. El círculo magenta indica el sitio de unión del ADN monocatenario. C ) Modelos de reconocimiento de origen y fusión por DnaA. En el modelo de dos estados (panel izquierdo), los protómeros de DnaA pasan de un modo de unión de ADNds (mediado por los dominios HTH que reconocen las cajas de ADNA) a un modo de unión de ADNss (mediado por los dominios AAA+). En el modelo de bucle invertido, el ADN se dobla bruscamente hacia atrás sobre el filamento de ADNA (facilitado por la proteína reguladora IHF) [38] de modo que un único protómero se une a las regiones dúplex y monocatenaria. En cualquier caso, el filamento de DnaA funde el dúplex de ADN y estabiliza la burbuja de iniciación antes de cargar la helicasa replicativa (DnaB en E. coli ). HTH – dominio hélice-giro-hélice, DUE – elemento de desenrollado del ADN, IHF – factor huésped de integración.

La mayoría de los cromosomas bacterianos son circulares y contienen un único origen de replicación cromosómica ( oriC ). Las regiones oriC bacterianas son sorprendentemente diversas en tamaño (que van desde 250 pb a 2 kpb), secuencia y organización; [39] [40] no obstante, su capacidad para impulsar el inicio de la replicación generalmente depende de la lectura específica de la secuencia de los elementos de ADN de consenso por parte del iniciador bacteriano, una proteína llamada DnaA. [41] [42] [43] [44] Los orígenes en las bacterias son continuos o bipartitos y contienen tres elementos funcionales que controlan la actividad del origen: repeticiones de ADN conservadas que son reconocidas específicamente por DnaA (llamadas cajas de DnaA), una proteína rica en AT. Elemento desenrollador del ADN (DUE) y sitios de unión para proteínas que ayudan a regular el inicio de la replicación. [11] [45] [46] Las interacciones de DnaA tanto con las regiones de la caja DnaA bicatenaria (ds) como con el ADN monocatenario (ss) en el DUE son importantes para la activación del origen y están mediadas por diferentes dominios en el Proteína iniciadora: un elemento de unión al ADN de hélice-giro-hélice (HTH) y una ATPasa asociada con diversas actividades celulares ( AAA+ ), respectivamente. [47] [48] [49] [50] [51] [52] [53] Si bien la secuencia, el número y la disposición de las cajas de ADN asociadas al origen varían en todo el reino bacteriano, su posición y espaciado específicos en un determinado Las especies son críticas para la función oriC y para la formación de complejos de iniciación productiva. [2] [39] [40] [54] [55] [56] [57] [58]

Entre las bacterias, E. coli es un sistema modelo particularmente poderoso para estudiar la organización, el reconocimiento y el mecanismo de activación de los orígenes de la replicación. E. coli oriC comprende una región de aproximadamente ~260 pb que contiene cuatro tipos de elementos de unión al iniciador que difieren en sus afinidades por el ADN y sus dependencias del cofactor ATP . Las cajas R1, R2 y R4 de DnaA constituyen sitios de alta afinidad que están unidos por el dominio HTH de DnaA independientemente del estado de unión de nucleótidos del iniciador. [41] [59] [60] [61] [62] [63] Por el contrario, los sitios I, τ y C, que están intercalados entre los sitios R, son cajas de ADNA de baja afinidad y se asocian preferentemente con DnaA unido a ATP, aunque ADP-DnaA puede sustituir al ATP-DnaA bajo ciertas condiciones. [64] [65] [66] [57] La ​​unión de los dominios HTH a los elementos de reconocimiento de DnaA de alta y baja afinidad promueve la oligomerización de orden superior dependiente de ATP de los módulos AAA+ de DnaA en un filamento derecho que envuelve el ADN dúplex. alrededor de su superficie exterior, generando así una torsión superhelicoidal que facilita la fusión del DUE adyacente rico en AT. [47] [67] [68] [69] La separación de las cadenas de ADN se ve favorecida adicionalmente por las interacciones directas del dominio AAA+ ATPasa de DnaA con repeticiones tripletes, los llamados tríos de DnaA, en la región DUE proximal. [70] La unión de segmentos de trinucleótidos monocatenarios por parte del filamento iniciador estira el ADN y estabiliza la burbuja de iniciación evitando el nuevo hibridamiento. [51] El elemento de origen del trío DnaA se conserva en muchas especies bacterianas, lo que indica que es un elemento clave para la función de origen. [70] Después de fundirse, el DUE proporciona un sitio de entrada para la helicasa replicativa DnaB de E. coli , que se deposita en cada una de las hebras individuales de ADN mediante su proteína cargadora DnaC. [2]

Aunque las diferentes actividades de unión al ADN de DnaA se han estudiado bioquímicamente extensamente y se han determinado varias estructuras unidas a apo , ssDNA o dsDNA, [50] [51] [52] [68] la arquitectura exacta del DnaA de orden superior - El montaje de iniciación de oriC sigue sin estar claro. Se han propuesto dos modelos para explicar la organización de elementos de origen esenciales y la fusión de oriC mediada por DnaA . El modelo de dos estados supone un filamento de ADNA continuo que cambia de un modo de unión de ADNds (el complejo organizador) a un modo de unión de ADNss en el DUE (el complejo de fusión). [68] [71] Por el contrario, en el modelo de bucle invertido, el ADN se dobla bruscamente en oriC y se pliega hacia el filamento iniciador, de modo que los protómeros de ADNA se acoplan simultáneamente a regiones de ADN de cadena simple y doble. [72] Aclarar cómo exactamente el ADN oriC está organizado por el ADN sigue siendo, por tanto, una tarea importante para estudios futuros. Los conocimientos sobre la arquitectura del complejo de iniciación ayudarán a explicar no sólo cómo se funde el ADN de origen, sino también cómo se carga direccionalmente una helicasa replicativa en cada una de las hebras de ADN individuales expuestas en el DUE desenrollado, y cómo estos eventos se ven favorecidos por las interacciones de la helicasa con el iniciador y las proteínas cargadoras específicas. [2]

Arqueal

Organización y reconocimiento del origen en arqueas. A ) El cromosoma circular de Sulfolobus solfataricus contiene tres orígenes diferentes. B ) Disposición de los sitios de unión del iniciador en dos orígenes de S. solfataricus , oriC1 y oriC2. La asociación de Orc1-1 con elementos ORB se muestra para oriC1. También se indican elementos de reconocimiento para parálogos adicionales de Orc1/Cdc6, mientras que se han omitido los sitios de unión de WhiP. C ) Arquitectura de dominio de los parálogos arqueales de Orc1/Cdc6. La orientación de los elementos ORB en los orígenes conduce a la unión direccional de Orc1 / Cdc6 y la carga de MCM entre ORB opuestos (en B ). (m)ORB – cuadro de reconocimiento de (mini)origen, DUE – elemento de desenrollado del ADN, WH – dominio de hélice alada.

Los orígenes de replicación de las arqueas comparten algunas, pero no todas, las características organizativas de los oriC bacterianos . A diferencia de las bacterias, las Archaea suelen iniciar la replicación desde múltiples orígenes por cromosoma (se han informado de uno a cuatro); [73] [74] [75] [76] [77] [78] [79] [80] [40] sin embargo, los orígenes de las arqueas también tienen regiones de secuencia especializadas que controlan la función del origen. [81] [82] [83] Estos elementos incluyen cajas de reconocimiento de origen específicas de secuencia de ADN (ORB o miniORB) y un DUE rico en AT que está flanqueado por una o varias regiones ORB. [79] [84] Los elementos ORB muestran un grado considerable de diversidad en términos de su número, disposición y secuencia, tanto entre diferentes especies de arqueas como entre diferentes orígenes en una sola especie. [74] [79] [85] El iniciador, Orc1/Cdc6 en las arqueas, introduce un grado adicional de complejidad, que se une a las regiones ORB. Los genomas de arqueas normalmente codifican múltiples parálogos de Orc1/Cdc6 que varían sustancialmente en sus afinidades por distintos elementos ORB y que contribuyen de manera diferencial a las actividades de origen. [79] [86] [87] [88] En Sulfolobus solfataricus , por ejemplo, se han mapeado tres orígenes cromosómicos (oriC1, oriC2 y oriC3), y los estudios bioquímicos han revelado patrones de unión complejos de iniciadores en estos sitios. [79] [80] [89] [90] El iniciador afín de oriC1 es Orc1-1, que se asocia con varios ORB en este origen. [79] [87] OriC2 y oriC3 están unidos tanto por Orc1-1 como por Orc1-3. [79] [87] [90] Por el contrario, un tercer parálogo, Orc1-2, deja huellas en los tres orígenes, pero se ha postulado que regula negativamente el inicio de la replicación. [79] [90] Además, se ha demostrado que la proteína WhiP, un iniciador no relacionado con Orc1/Cdc6, también se une a todos los orígenes e impulsa la actividad de origen de oriC3 en el estrechamente relacionado Sulfolobus islandicus . [87] [89] Debido a que los orígenes de las arqueas a menudo contienen varios elementos ORB adyacentes, se pueden reclutar simultáneamente múltiples parálogos de Orc1/Cdc6 en un origen y oligomerizarse en algunos casos; [88] [91] sin embargo, a diferencia del ADN bacteriano, la formación de un conjunto iniciador de orden superior no parece ser un requisito previo general para la función de origen en el dominio de las arqueas. [2]

Los estudios estructurales han proporcionado información sobre cómo las arqueas Orc1/Cdc6 reconocen elementos ORB y remodelan el ADN de origen. [91] [92] Los parálogos de Orc1/Cdc6 son proteínas de dos dominios y están compuestos por un módulo de ATPasa AAA+ fusionado a un pliegue de hélice alada C-terminal. [93] [94] [95] Las estructuras complejadas con ADN de Orc1/Cdc6 revelaron que los ORB están unidos por un monómero Orc1/Cdc6 a pesar de la presencia de secuencias repetidas invertidas dentro de los elementos ORB. [91] [92] Tanto la ATPasa como las regiones de hélice alada interactúan con el dúplex de ADN, pero contactan asimétricamente con la secuencia de repetición ORB palindrómica, lo que orienta Orc1/Cdc6 en una dirección específica en la repetición. [91] [92] Curiosamente, los elementos ORB o miniORB que flanquean DUE a menudo tienen polaridades opuestas, [74] [79] [88] [96] [97] , lo que predice que los subdominios de tapa AAA+ y los dominios de hélice alada de Orc1/Cdc6 se colocan a cada lado del DUE de manera que estén uno frente al otro. [91] [92] Dado que ambas regiones de Orc1/Cdc6 se asocian con una helicasa replicativa de mantenimiento de minicromosomas (MCM), [98] [99] esta disposición específica de los elementos ORB y Orc1/Cdc6 es probablemente importante para cargar dos complejos MCM simétricamente en el DEBIDO. [79] Sorprendentemente, mientras que la secuencia de ADN ORB determina la direccionalidad de la unión de Orc1/Cdc6, el iniciador hace relativamente pocos contactos específicos de secuencia con el ADN. [91] [92] Sin embargo, Orc1/Cdc6 debilita y dobla gravemente el ADN, lo que sugiere que se basa en una mezcla de secuencias de ADN y características estructurales del ADN dependientes del contexto para reconocer los orígenes. [91] [92] [100] En particular, el emparejamiento de bases se mantiene en el dúplex de ADN distorsionado tras la unión de Orc1/Cdc6 en las estructuras cristalinas, [91] [92] mientras que los estudios bioquímicos han arrojado hallazgos contradictorios en cuanto a si los iniciadores de arqueas pueden fundirse. ADN de manera similar al ADN bacteriano. [87] [88] [101] Aunque el parentesco evolutivo de los iniciadores arqueales y eucariotas y las helicasas replicativas indica que el MCM arqueal probablemente esté cargado en ADN dúplex (consulte la siguiente sección), el orden temporal de la fusión del origen y la carga de helicasa, así como Por lo tanto, el mecanismo de fusión del ADN de origen en los sistemas de arqueas aún no se ha establecido claramente. Del mismo modo, en futuros estudios se deberá abordar cómo se carga exactamente la helicasa MCM en el ADN. [2]

eucariota

Organización y reconocimiento del origen en eucariotas. Los elementos específicos del ADN y las características epigenéticas involucradas en el reclutamiento de ORC y la función de origen se resumen para los orígenes de S. cerevisiae , S. pombe y metazoos . También se muestra un esquema de la arquitectura ORC, destacando la disposición de los dominios AAA+ y de hélice alada en un anillo pentamérico que rodea el ADN de origen. Se incluyen dominios auxiliares de varias subunidades ORC involucradas en dirigir ORC a los orígenes. Otras regiones de las subunidades ORC también pueden participar en el reclutamiento de iniciadores, ya sea asociándose directa o indirectamente con proteínas asociadas. Se enumeran algunos ejemplos. Tenga en cuenta que el dominio BAH en S. cerevisiae Orc1 se une a los nucleosomas [102] pero no reconoce H4K20me2. [103] BAH – dominio de homología bromo-adyacente, WH – dominio de hélice alada, TFIIB – dominio tipo B del factor de transcripción II en Orc6, G4 – G cuádruplex, OGRE – elemento repetido rico en G de origen.

La organización, especificación y activación del origen en eucariotas son más complejas que en los dominios bacterianos o arqueales y se desvían significativamente del paradigma establecido para el inicio de la replicación procariótica. Los grandes tamaños del genoma de las células eucariotas, que van desde 12 Mbp en S. cerevisiae hasta más de 100 Gbp en algunas plantas, requieren que la replicación del ADN comience en varios cientos (en levaduras en ciernes) hasta decenas de miles (en humanos) para completarse. Replicación del ADN de todos los cromosomas durante cada ciclo celular. [21] [30] Con la excepción de S. cerevisiae y especies relacionadas de Saccharomycotina , los orígenes eucariotas no contienen elementos de secuencia de ADN consensuados, pero su ubicación está influenciada por señales contextuales como la topología local del ADN, las características estructurales del ADN y el entorno de cromatina. [23] [29] [31]

La función de origen eucariota se basa en un complejo de proteína iniciadora conservada para cargar helicasas replicativas en el ADN durante las fases tardías M y G1 del ciclo celular, un paso conocido como licencia de origen . [104] A diferencia de sus contrapartes bacterianas, las helicasas replicativas en eucariotas se cargan en el ADN dúplex de origen en una forma inactiva, doble hexamérica y solo un subconjunto de ellas (10-20% en células de mamíferos) se activa durante cualquier fase S determinada. , eventos que se conocen como disparos de origen . [105] [106] [107]

Por lo tanto, la ubicación de los orígenes eucariotas activos se determina al menos en dos niveles diferentes: la concesión de licencias de origen para marcar todos los orígenes potenciales y la activación de orígenes para seleccionar un subconjunto que permita el ensamblaje de la maquinaria de replicación y el inicio de la síntesis de ADN. Los orígenes con licencia adicional sirven como respaldo y se activan solo cuando las bifurcaciones de replicación cercanas se desaceleran o se detienen, lo que garantiza que la replicación del ADN pueda completarse cuando las células enfrentan estrés de replicación. [108] [109] En ausencia de estrés, la activación de orígenes adicionales se suprime mediante un mecanismo de señalización asociado a la replicación. [110] [111] Juntos, el exceso de orígenes autorizados y el estricto control del ciclo celular sobre la concesión de licencias y la activación de orígenes encarnan dos estrategias importantes para evitar la replicación excesiva o insuficiente y para mantener la integridad de los genomas eucariotas. [2]

Los primeros estudios en S. cerevisiae indicaron que los orígenes de la replicación en eucariotas podrían reconocerse de una manera específica de la secuencia de ADN de manera análoga a los de los procariotas. En la levadura en ciernes, la búsqueda de replicadores genéticos conduce a la identificación de secuencias de replicación autónoma (ARS) que respaldan el inicio eficiente de la replicación del ADN extracromosómico. [112] [113] [114] Estas regiones ARS tienen aproximadamente 100-200 pb de largo y exhiben una organización multipartita, que contiene elementos A, B1, B2 y, a veces, B3 que juntos son esenciales para la función de origen. [115] [116] El elemento A abarca la secuencia consenso ARS (ACS) conservada de 11 pb, [117] [118] que, junto con el elemento B1, constituye el sitio de unión principal para el complejo de reconocimiento de origen heterohexámero (ORC) , el iniciador de la replicación eucariota. [119] [120] [121] [122] Dentro de ORC, cinco subunidades se basan en la ATPasa AAA+ conservada y en pliegues de hélice alada y se coensamblan en un anillo pentamérico que rodea el ADN. [122] [123] [124] En el ORC de levadura en ciernes, los elementos de unión al ADN en los dominios ATPasa y de hélice alada, así como regiones de parche básico adyacentes en algunas de las subunidades ORC, se ubican en el poro central del anillo ORC. de modo que ayudan al reconocimiento específico de la secuencia de ADN del SCA de una manera dependiente de ATP. [122] [125] Por el contrario, las funciones de los elementos B2 y B3 son menos claras. La región B2 es similar a la ACS en secuencia y se ha sugerido que funciona como un segundo sitio de unión a ORC bajo ciertas condiciones, o como un sitio de unión para el núcleo de helicasa replicativa. [126] [127] [128] [129] [130] Por el contrario, el elemento B3 recluta el factor de transcripción Abf1, aunque B3 no se encuentra en todos los orígenes de levadura en ciernes y la unión de Abf1 no parece ser estrictamente esencial para la función del origen. [2] [115] [131] [132]

El reconocimiento del origen en eucariotas distintos de S. cerevisiae o sus parientes cercanos no se ajusta a la lectura específica de secuencia de los elementos de ADN de origen conservados. Los intentos de aislar secuencias replicadoras cromosómicas específicas de manera más general en especies eucariotas, ya sea genéticamente o mediante el mapeo de todo el genoma de los sitios de unión del iniciador o de inicio de la replicación, no han logrado identificar secuencias de consenso claras en los orígenes. [133] [134] [135] [136] [137 ] [ 138] [139] [140] [141] [142] [143] [144] Por lo tanto, las interacciones ADN-iniciador específicas de secuencia en levaduras en ciernes significan una modo especializado para el reconocimiento del origen en este sistema en lugar de un modo arquetípico para la especificación del origen en todo el dominio eucariota. No obstante, la replicación del ADN se inicia en sitios discretos que no están distribuidos aleatoriamente entre los genomas eucariotas, argumentando que medios alternativos determinan la ubicación cromosómica de los orígenes en estos sistemas. Estos mecanismos implican una interacción compleja entre la accesibilidad del ADN, la secuencia sesgada de nucleótidos (tanto la riqueza AT como las islas CpG se han relacionado con los orígenes), el posicionamiento de los nucleosomas , las características epigenéticas , la topología del ADN y ciertas características estructurales del ADN (p. ej., motivos G4), así como como proteínas reguladoras e interferencia transcripcional. [11] [12] [28] [29] [31] [145] [146] [138] [147] Es importante destacar que las propiedades de origen varían no solo entre diferentes orígenes en un organismo y entre especies, sino que algunas también pueden cambiar durante Desarrollo y diferenciación celular. El locus corion en las células foliculares de Drosophila constituye un ejemplo bien establecido de control espacial y de desarrollo de los eventos de iniciación. Esta región sufre una amplificación genética dependiente de la replicación del ADN en una etapa definida durante la oogénesis y depende de la activación oportuna y específica de los orígenes del corion, que a su vez está regulada por elementos cis específicos del origen y varios factores proteicos, incluido el complejo Myb. E2F1 y E2F2. [148] [149] [150] [151] [152] Esta especificación combinatoria y regulación multifactorial de los orígenes de los metazoos ha complicado la identificación de características unificadoras que determinan la ubicación de los sitios de inicio de replicación en eucariotas de manera más general. [2]

Para facilitar el inicio de la replicación y el reconocimiento del origen, los conjuntos ORC de varias especies han desarrollado dominios auxiliares especializados que se cree que ayudan al iniciador a dirigirse a los orígenes cromosómicos o a los cromosomas en general. Por ejemplo, la subunidad Orc4 en S. pombe ORC contiene varios ganchos AT que se unen preferentemente al ADN rico en AT, [153] mientras que en el metazoo ORC se cree que el dominio tipo TFIIB de Orc6 realiza una función similar. [154] Las proteínas metazoarias Orc1 también albergan un dominio de homología bromo-adyacente (BAH) que interactúa con los nucleosomas H4K20me2. [103] Particularmente en células de mamíferos, se ha informado que la metilación de H4K20 es necesaria para el inicio eficiente de la replicación, y el dominio Orc1-BAH facilita la asociación de ORC con los cromosomas y la replicación dependiente del origen del virus de Epstein-Barr. [155] [156] [157] [158] [159] Por lo tanto, es intrigante especular que ambas observaciones están vinculadas mecánicamente al menos en un subconjunto de metazoos, pero esta posibilidad debe explorarse más a fondo en estudios futuros. Además del reconocimiento de ciertos ADN o características epigenéticas, ORC también se asocia directa o indirectamente con varias proteínas asociadas que podrían ayudar al reclutamiento de iniciadores, incluidas LRWD1, PHIP (o DCAF14), HMGA1a, entre otras. [27] [160] [161] [162] [163] [164] [165] [166] Curiosamente, Drosophila ORC, al igual que su contraparte de levadura en ciernes, dobla el ADN y se ha informado que el superenrollamiento negativo mejora la unión de este complejo al ADN. , lo que sugiere que la forma y la maleabilidad del ADN podrían influir en la ubicación de los sitios de unión de ORC en los genomas de los metazoos. [25] [122] [167] [168] [169] Se espera una comprensión molecular de cómo las regiones de unión al ADN de ORC podrían respaldar la lectura de las propiedades estructurales del dúplex de ADN en metazoos en lugar de secuencias de ADN específicas como en S. cerevisiae . Información estructural de alta resolución de conjuntos iniciadores de metazoos unidos al ADN. Del mismo modo, si los diferentes factores epigenéticos contribuyen al reclutamiento de iniciadores en los sistemas de metazoos y cómo contribuyen, está mal definido y es una cuestión importante que debe abordarse con más detalle. [2]

Una vez reclutados en los orígenes, ORC y sus cofactores Cdc6 y Cdt1 impulsan la deposición del complejo de mantenimiento del minicromosoma 2-7 (Mcm2-7) en el ADN. [104] [170] Al igual que el núcleo de helicasa replicativa de arqueas, Mcm2-7 se carga como un hexámero doble cabeza a cabeza en el ADN para licenciar los orígenes. [105] [106] [107] En la fase S, la quinasa dependiente de Dbf4 (DDK) y la quinasa dependiente de ciclina (CDK) fosforilan varias subunidades Mcm2-7 y factores de iniciación adicionales para promover el reclutamiento de los coactivadores de helicasa Cdc45. y GINS, fusión de ADN y, en última instancia, ensamblaje de replicasomas bidireccionales en un subconjunto de los orígenes autorizados. [22] [171] Tanto en levaduras como en metazoos, los orígenes están libres o agotados de nucleosomas, una propiedad que es crucial para la carga de Mcm2-7, lo que indica que el estado de la cromatina en los orígenes regula no solo el reclutamiento del iniciador sino también la carga de helicasa. [139] [172] [173] [174] [175] [176] Un entorno de cromatina permisivo es además importante para la activación del origen y se ha implicado en la regulación tanto de la eficiencia del origen como del momento de activación del origen. Los orígenes eucromaticos generalmente contienen marcas de cromatina activa, se replican temprano y son más eficientes que los orígenes heterocromáticos de replicación tardía , que a la inversa se caracterizan por marcas represivas. [21] [174] [177] No es sorprendente que se haya descubierto que varios remodeladores de la cromatina y enzimas modificadoras de la cromatina se asocian con orígenes y ciertos factores de iniciación, [178] [179] pero sigue siendo en gran medida oscuro cómo sus actividades impactan diferentes eventos de iniciación de la replicación. . Sorprendentemente, recientemente también se han identificado "elementos de control de replicación temprana" (ECRE) que actúan en cis para ayudar a regular el tiempo de replicación e influir en la arquitectura del genoma 3D en células de mamíferos. [180] Comprender los mecanismos moleculares y bioquímicos que orquestan esta compleja interacción entre la organización del genoma 3D, la estructura de la cromatina local y de orden superior y el inicio de la replicación es un tema interesante para futuros estudios. [2]

¿Por qué los orígenes de la replicación de los metazoos se han separado del paradigma de reconocimiento específico de la secuencia de ADN que determina los sitios de inicio de la replicación en procariotas y levaduras en ciernes? Las observaciones de que los orígenes de los metazoos a menudo se localizan con regiones promotoras en Drosophila y células de mamíferos y que los conflictos de replicación-transcripción debido a colisiones de las maquinarias moleculares subyacentes pueden provocar daños en el ADN, sugieren que la coordinación adecuada de la transcripción y la replicación es importante para mantener la estabilidad del genoma. [134] [136] [138] [141] [181] [14] [15] [182] Hallazgos recientes también apuntan a un papel más directo de la transcripción al influir en la ubicación de los orígenes, ya sea inhibiendo la carga de Mcm2-7 o mediante reposicionamiento de Mcm2-7 cargado en los cromosomas. [183] ​​[147] La ​​unión del iniciador al ADN independiente de la secuencia (pero no necesariamente aleatoria) permite además flexibilidad para especificar los sitios de carga de la helicasa y, junto con la interferencia transcripcional y la variabilidad en las eficiencias de activación de los orígenes autorizados, probablemente determina la ubicación del origen y contribuye a la co-regulación de la replicación del ADN y los programas transcripcionales durante el desarrollo y las transiciones del destino celular. El modelado computacional de los eventos de iniciación en S. pombe , así como la identificación de orígenes específicos de tipo celular y regulados por el desarrollo en metazoos, están de acuerdo con esta noción. [135] [143] [184] [185] [186] [187] [188] [147] Sin embargo, también existe un gran grado de flexibilidad en la elección del origen entre diferentes células dentro de una sola población, [138] [144] [185] aunque los mecanismos moleculares que conducen a la heterogeneidad en el uso del origen siguen estando mal definidos. Mapear los orígenes en células individuales en sistemas de metazoos y correlacionar estos eventos de iniciación con la expresión génica unicelular y el estado de la cromatina será importante para dilucidar si la elección del origen es puramente estocástica o está controlada de una manera definida. [2]

Viral

genoma HHV-6
Genoma del herpesvirus humano-6 , miembro de la familia Herpesviridae . El origen de la replicación está etiquetado como "OOR".

Los virus suelen poseer un único origen de replicación.

Se ha descrito que diversas proteínas participan en la replicación viral. Por ejemplo, los virus del polioma utilizan ADN polimerasas de la célula huésped , que se unen a un origen de replicación viral si el antígeno T está presente.

Variaciones

Aunque la replicación del ADN es esencial para la herencia genética, los orígenes de replicación definidos y específicos del sitio técnicamente no son un requisito para la duplicación del genoma siempre que todos los cromosomas se copien en su totalidad para mantener el número de copias de genes. Ciertos bacteriófagos y virus, por ejemplo, pueden iniciar la replicación del ADN mediante recombinación homóloga independientemente de los orígenes específicos. [189] Asimismo, la arqueona Haloferax volcanii utiliza la iniciación dependiente de la recombinación para duplicar su genoma cuando se eliminan sus orígenes endógenos. [75] Se han informado eventos de iniciación no canónicos similares a través de replicación inducida por rotura o iniciada por transcripción en E. coli y S. cerevisiae . [190] [191] [192] [193] [194] No obstante, a pesar de la capacidad de las células para mantener la viabilidad en estas circunstancias excepcionales, la iniciación dependiente del origen es una estrategia común adoptada universalmente en diferentes dominios de la vida. [2]

Además, los estudios detallados sobre el inicio de la replicación se han centrado en un número limitado de sistemas modelo. Los hongos y metazoos ampliamente estudiados son miembros del supergrupo de opistocontes y ejemplifican sólo una pequeña fracción del panorama evolutivo en el dominio eucariota. [195] Comparativamente, se han dirigido pocos esfuerzos a otros sistemas modelo eucariotas, como los cinetoplástidos o los tetrahimena . [196] [197] [198] [199] [200] [201] [202] Sorprendentemente, estos estudios han revelado diferencias interesantes tanto en las propiedades de origen como en la composición del iniciador en comparación con la levadura y los metazoos. [2]

Ver también

Referencias

Este artículo fue adaptado de la siguiente fuente bajo una licencia CC BY 4.0 (2019) (informes de los revisores): Babatunde Ekundayo; Franziska Bleichert (12 de septiembre de 2019). "Orígenes de la replicación del ADN". PLOS Genética . 15 (9): e1008320. doi :10.1371/JOURNAL.PGEN.1008320. ISSN  1553-7390. PMC  6742236 . PMID  31513569. Wikidata  Q86320168.{{cite journal}}: Mantenimiento CS1: DOI gratuito sin marcar ( enlace )

  1. ^ Wagner EK, Hewlett M, Bloom D, Camerini D, eds. (2008). «Glosario Técnico» (PDF) . Virología básica (3ª ed.). Malden, MA: Blackwell Publishing. ISBN 978-1-4051-4715-6.
  2. ^ abcdefghijklmnopqrst Ekundayo B, Bleichert F (septiembre de 2019). "Orígenes de la replicación del ADN". PLOS Genética . 15 (9): e1008320. doi : 10.1371/journal.pgen.1008320 . PMC 6742236 . PMID  31513569.  El material fue copiado de esta fuente, que está disponible bajo una licencia internacional Creative Commons Attribution 4.0.
  3. ^ Hulo C, de Castro E, Masson P, Bougueleret L, Bairoch A, Xenarios I, Le Mercier P (enero de 2011). "ViralZone: un recurso de conocimiento para comprender la diversidad de virus". Investigación de ácidos nucleicos . 39 (Problema de base de datos): D576-82. doi : 10.1093/nar/gkq901. PMC 3013774 . PMID  20947564. 
  4. ^ O'Donnell M, Langston L, Stillman B (julio de 2013). "Principios y conceptos de replicación del ADN en bacterias, arqueas y eukarya". Perspectivas de Cold Spring Harbor en biología . 5 (7): a010108. doi : 10.1101/cshperspect.a010108. PMC 3685895 . PMID  23818497. 
  5. ^ Abbas T, Keaton MA, Dutta A (marzo de 2013). "Inestabilidad genómica en el cáncer". Perspectivas de Cold Spring Harbor en biología . 5 (3): a012914. doi : 10.1101/cshperspect.a012914. PMC 3578360 . PMID  23335075. 
  6. ^ ab Barlow JH, Nussenzweig A (diciembre de 2014). "Inicio de la replicación e inestabilidad del genoma: una encrucijada para la síntesis de ADN y ARN". Ciencias de la vida celulares y moleculares . 71 (23): 4545–59. doi :10.1007/s00018-014-1721-1. PMC 6289259 . PMID  25238783. 
  7. ^ Siddiqui K, On KF, Diffley JF (septiembre de 2013). "Regulación de la replicación del ADN en eukarya". Perspectivas de Cold Spring Harbor en biología . 5 (9): a012930. doi : 10.1101/cshperspect.a012930. PMC 3753713 . PMID  23838438. 
  8. ^ Sclafani RA, Holzen TM (2007). "Regulación del ciclo celular de la replicación del ADN". Revista Anual de Genética . 41 : 237–80. doi :10.1146/annurev.genet.41.110306.130308. PMC 2292467 . PMID  17630848. 
  9. ^ ab García-Muse T, Aguilera A (septiembre de 2016). "Conflictos de transcripción-replicación: cómo ocurren y cómo se resuelven". Reseñas de la naturaleza. Biología celular molecular . 17 (9): 553–63. doi :10.1038/nrm.2016.88. hdl :11441/101680. PMID  27435505. S2CID  7617164.
  10. ^ Yakovchuk P, Protozanova E, Frank-Kamenetskii MD (2006). "Contribuciones del apilamiento y emparejamiento de bases a la estabilidad térmica de la doble hélice del ADN". Investigación de ácidos nucleicos . 34 (2): 564–74. doi : 10.1093/nar/gkj454. PMC 1360284 . PMID  16449200. 
  11. ^ abc Leonard AC, Méchali M (octubre de 2013). "Orígenes de la replicación del ADN". Perspectivas de Cold Spring Harbor en biología . 5 (10): a010116. doi : 10.1101/cshperspect.a010116. PMC 3783049 . PMID  23838439. 
  12. ^ ab Creager RL, Li Y, MacAlpine DM (abril de 2015). "Instantánea: Orígenes de la replicación del ADN". Celúla . 161 (2): 418–418.e1. doi : 10.1016/j.cell.2015.03.043 . PMID  25860614.
  13. ^ Knott SR, Viggiani CJ, Aparicio OM (agosto de 2009). "Para promover y proteger: coordinar la replicación y transcripción del ADN para la estabilidad del genoma". Epigenética . 4 (6): 362–5. doi : 10.4161/epi.4.6.9712 . PMID  19736523.
  14. ^ ab Deshpande AM, Newlon CS (mayo de 1996). "Los sitios de pausa de la bifurcación de replicación del ADN dependen de la transcripción". Ciencia . 272 (5264): 1030–3. Código Bib : 1996 Ciencia... 272.1030D. doi : 10.1126/ciencia.272.5264.1030. PMID  8638128. S2CID  38817771.
  15. ^ ab Sankar TS, Wastuwidyaningtyas BD, Dong Y, Lewis SA, Wang JD (julio de 2016). "La naturaleza de las mutaciones inducidas por colisiones de replicación-transcripción". Naturaleza . 535 (7610): 178–81. Código Bib :2016Natur.535..178S. doi : 10.1038/naturaleza18316. PMC 4945378 . PMID  27362223. 
  16. ^ Liu B, Alberts BM (febrero de 1995). "Colisión frontal entre un aparato de replicación de ADN y un complejo de transcripción de ARN polimerasa". Ciencia . 267 (5201): 1131–7. Código bibliográfico : 1995 Ciencia... 267.1131L. doi : 10.1126/ciencia.7855590. PMID  7855590. S2CID  6835136.
  17. ^ Azvolinsky A, Giresi PG, Lieb JD, Zakian VA (junio de 2009). "Los genes de la ARN polimerasa II altamente transcritos son impedimentos para la progresión de la horquilla de replicación en Saccharomyces cerevisiae". Célula molecular . 34 (6): 722–34. doi :10.1016/j.molcel.2009.05.022. PMC 2728070 . PMID  19560424. 
  18. ^ abc Jacob F, Brenner S, Cuzin F (1 de enero de 1963). "Sobre la regulación de la replicación del ADN en bacterias". Simposios de Cold Spring Harbor sobre biología cuantitativa . 28 : 329–348. doi :10.1101/sqb.1963.028.01.048. ISSN  0091-7451.
  19. ^ Novick RP (diciembre de 1987). "Incompatibilidad de plásmidos". Revisiones microbiológicas . 51 (4): 381–95. doi :10.1128/MMBR.51.4.381-395.1987. PMC 373122 . PMID  3325793. 
  20. ^ Skarstad K, Katayama T (abril de 2013). "Regulación de la replicación del ADN en bacterias". Perspectivas de Cold Spring Harbor en biología . 5 (4): a012922. doi : 10.1101/cshperspect.a012922. PMC 3683904 . PMID  23471435. 
  21. ^ abc Marks AB, Fu H, Aladjem MI (2017). "Regulación de los orígenes de la replicación". Replicación del ADN . Avances en Medicina y Biología Experimentales. vol. 1042, págs. 43–59. doi :10.1007/978-981-10-6955-0_2. ISBN 978-981-10-6954-3. PMC  6622447 . PMID  29357052.
  22. ^ ab Parker MW, Botchan MR, Berger JM (abril de 2017). "Mecanismos y regulación del inicio de la replicación del ADN en eucariotas". Reseñas críticas en bioquímica y biología molecular . 52 (2): 107–144. doi :10.1080/10409238.2016.1274717. PMC 5545932 . PMID  28094588. 
  23. ^ abc Gilbert DM (octubre de 2004). "En busca del santo replicador". Reseñas de la naturaleza. Biología celular molecular . 5 (10): 848–55. doi :10.1038/nrm1495. PMC 1255919 . PMID  15459665. 
  24. ^ Aladjem MI, Fanning E (julio de 2004). "El replicón revisado: un modelo antiguo aprende nuevos trucos en los cromosomas de metazoos". Informes EMBO . 5 (7): 686–91. doi :10.1038/sj.embor.7400185. PMC 1299096 . PMID  15229645. 
  25. ^ ab Remus D, Beall EL, Botchan MR (febrero de 2004). "La topología del ADN, no la secuencia del ADN, es un determinante crítico para la unión del ADN-ORC de Drosophila". La Revista EMBO . 23 (4): 897–907. doi :10.1038/sj.emboj.7600077. PMC 380993 . PMID  14765124. 
  26. ^ Vashee S, Cvetic C, Lu W, Simancek P, Kelly TJ, Walter JC (agosto de 2003). "Iniciación de replicación y unión de ADN independiente de la secuencia por el complejo de reconocimiento del origen humano". Genes y desarrollo . 17 (15): 1894–908. doi :10.1101/gad.1084203. PMC 196240 . PMID  12897055. 
  27. ^ ab Shen Z, Sathyan KM, Geng Y, Zheng R, Chakraborty A, Freeman B, et al. (octubre de 2010). "Una proteína de repetición WD estabiliza la unión de ORC a la cromatina". Célula molecular . 40 (1): 99-111. doi :10.1016/j.molcel.2010.09.021. PMC 5201136 . PMID  20932478. 
  28. ^ ab Dorn ES, Cook JG (mayo de 2011). "Nucleosomas en la vecindad: nuevas funciones de las modificaciones de la cromatina en el control del origen de la replicación". Epigenética . 6 (5): 552–9. doi :10.4161/epi.6.5.15082. PMC 3230546 . PMID  21364325. 
  29. ^ abc Aladjem MI, Redon CE (febrero de 2017). "Orden del desorden: interacciones selectivas en los orígenes de replicación de los mamíferos". Reseñas de la naturaleza. Genética . 18 (2): 101–116. doi :10.1038/nrg.2016.141. PMC 6596300 . PMID  27867195. 
  30. ^ ab Fragkos M, Ganier O, Coulombe P, Méchali M (junio de 2015). "Activación del origen de replicación del ADN en el espacio y el tiempo". Reseñas de la naturaleza. Biología celular molecular . 16 (6): 360–74. doi :10.1038/nrm4002. PMID  25999062. S2CID  37108355.
  31. ^ abc Prioleau MN, MacAlpine DM (agosto de 2016). "Orígenes de la replicación del ADN: ¿por dónde empezamos?". Genes y desarrollo . 30 (15): 1683–97. doi :10.1101/gad.285114.116. PMC 5002974 . PMID  27542827. 
  32. ^ Cayrou C, Coulombe P, Puy A, Rialle S, Kaplan N, Segal E, Méchali M (febrero de 2012). "Nuevos conocimientos sobre las características del origen de la replicación en metazoos". Ciclo celular . 11 (4): 658–67. doi :10.4161/cc.11.4.19097. PMC 3318102 . PMID  22373526. 
  33. ^ Lombraña R, Almeida R, Álvarez A, Gómez M (2015). "Bucles R e inicio de la replicación del ADN en células humanas: ¿un eslabón perdido?". Fronteras en genética . 6 : 158. doi : 10.3389/fgene.2015.00158 . PMC 4412123 . PMID  25972891. 
  34. ^ Jang SM, Zhang Y, Utani K, Fu H, Redon CE, Marks AB, et al. (julio de 2018). "La proteína determinante de inicio de replicación (RepID) modula la replicación reclutando CUL4 en la cromatina". Comunicaciones de la naturaleza . 9 (1): 2782. Código bibliográfico : 2018NatCo...9.2782J. doi :10.1038/s41467-018-05177-6. PMC 6050238 . PMID  30018425. 
  35. ^ Zakian VA, Scott JF (marzo de 1982). "Construcción, replicación y estructura de cromatina del círculo TRP1 RI, un plásmido sintético de copias múltiples derivado del ADN cromosómico de Saccharomyces cerevisiae". Biología Molecular y Celular . 2 (3): 221–32. doi :10.1128/mcb.2.3.221. PMC 369780 . PMID  6287231. 
  36. ^ Rhodes N, Compañía M, Errede B (marzo de 1990). "Un vector lanzadera de levadura-Escherichia coli que contiene el origen de replicación M13". Plásmido . 23 (2): 159–62. doi :10.1016/0147-619x(90)90036-c. PMID  2194231.
  37. ^ Paululat A, Heinisch JJ (diciembre de 2012). "Nuevos vectores lanzadera triples de levadura / E. coli / Drosophila para la generación eficiente de construcciones de transformación del elemento P de Drosophila". Gen.​ 511 (2): 300–5. doi :10.1016/j.gene.2012.09.058. PMID  23026211.
  38. ^ Ryan VT, Grimwade JE, Camara JE, Crooke E, Leonard AC (marzo de 2004). "El ensamblaje del complejo previo a la replicación de Escherichia coli está regulado por la interacción dinámica entre Fis, IHF y DnaA". Microbiología Molecular . 51 (5): 1347–59. doi : 10.1046/j.1365-2958.2003.03906.x . PMID  14982629. S2CID  22598422.
  39. ^ ab Mackiewicz P, Zakrzewska-Czerwinska J, Zawilak A, Dudek MR, Cebrat S (2004). "¿Dónde comienza la replicación bacteriana? Reglas para predecir la región oriC". Investigación de ácidos nucleicos . 32 (13): 3781–91. doi :10.1093/nar/gkh699. PMC 506792 . PMID  15258248. 
  40. ^ abc Luo H, Gao F (enero de 2019). "DoriC 10.0: una base de datos actualizada de orígenes de replicación en genomas procarióticos, incluidos cromosomas y plásmidos". Investigación de ácidos nucleicos . 47 (D1): D74-D77. doi : 10.1093/nar/gky1014. PMC 6323995 . PMID  30364951. 
  41. ^ ab Fuller RS, Funnell BE, Kornberg A (octubre de 1984). "El complejo de proteína dnaA con el origen de replicación cromosómica de E. coli (oriC) y otros sitios de ADN". Celúla . 38 (3): 889–900. doi :10.1016/0092-8674(84)90284-8. PMID  6091903. S2CID  23316215.
  42. ^ Fuller RS, Kornberg A (octubre de 1983). "Proteína adnA purificada en el inicio de la replicación en el origen de replicación cromosómica de Escherichia coli". Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 80 (19): 5817–21. Código bibliográfico : 1983PNAS...80.5817F. doi : 10.1073/pnas.80.19.5817 . PMC 390166 . PMID  6310593. 
  43. ^ Jakimowicz D, Majka J, Messer W, Speck C, Fernández M, Martin MC, et al. (mayo de 1998). "Elementos estructurales de la región oriC de Streptomyces y sus interacciones con la proteína DnaA". Microbiología . 144 (Parte 5) (5): 1281–90. doi : 10.1099/00221287-144-5-1281 . PMID  9611803.
  44. ^ Tsodikov OV, Biswas T (julio de 2011). "Firmas estructurales y termodinámicas del reconocimiento del ADN por Mycobacterium tuberculosis DnaA". Revista de biología molecular . 410 (3): 461–76. doi :10.1016/j.jmb.2011.05.007. PMID  21620858.
  45. ^ Costa A, Hood IV, Berger JM (2013). "Mecanismos para iniciar la replicación del ADN celular". Revista Anual de Bioquímica . 82 : 25–54. doi :10.1146/annurev-biochem-052610-094414. PMC 4696014 . PMID  23746253. 
  46. ^ Wolański M, Donczew R, Zawilak-Pawlik A, Zakrzewska-Czerwińska J (2014). "Instrucciones codificadas en oriC para el inicio de la replicación de cromosomas bacterianos". Fronteras en Microbiología . 5 : 735. doi : 10.3389/fmicb.2014.00735 . PMC 4285127 . PMID  25610430. 
  47. ^ ab Messer W, Blaesing F, Majka J, Nardmann J, Schaper S, Schmidt A, et al. (1999). "Dominios funcionales de las proteínas DnaA". Bioquimia . 81 (8–9): 819–25. doi :10.1016/s0300-9084(99)00215-1. PMID  10572294.
  48. ^ Sutton MD, Kaguni JM (diciembre de 1997). "El gen dnaA de Escherichia coli: cuatro dominios funcionales". Revista de biología molecular . 274 (4): 546–61. doi :10.1006/jmbi.1997.1425. PMID  9417934.
  49. ^ Speck C, Messer W (marzo de 2001). "Mecanismo de desenrollado del origen: unión secuencial de DnaA a ADN monocatenario y bicatenario". La Revista EMBO . 20 (6): 1469–76. doi :10.1093/emboj/20.6.1469. PMC 145534 . PMID  11250912. 
  50. ^ ab Fujikawa N, Kurumizaka H, ​​Nureki O, Terada T, Shirouzu M, Katayama T, Yokoyama S (abril de 2003). "Base estructural del reconocimiento del origen de la replicación por parte de la proteína DnaA". Investigación de ácidos nucleicos . 31 (8): 2077–86. doi :10.1093/nar/gkg309. PMC 153737 . PMID  12682358. 
  51. ^ abc Duderstadt KE, Chuang K, Berger JM (octubre de 2011). "El estiramiento del ADN por iniciadores bacterianos promueve la apertura del origen de la replicación". Naturaleza . 478 (7368): 209–13. Código Bib :2011Natur.478..209D. doi : 10.1038/naturaleza10455. PMC 3192921 . PMID  21964332. 
  52. ^ ab Erzberger JP, Pirruccello MM, Berger JM (septiembre de 2002). "La estructura del DnaA bacteriano: implicaciones para los mecanismos generales que subyacen al inicio de la replicación del ADN". La Revista EMBO . 21 (18): 4763–73. doi :10.1093/emboj/cdf496. PMC 126292 . PMID  12234917. 
  53. ^ Sutton MD, Kaguni JM (septiembre de 1997). "La treonina 435 de la proteína DnaA de Escherichia coli confiere actividad de unión al ADN específica de secuencia". La Revista de Química Biológica . 272 (37): 23017–24. doi : 10.1074/jbc.272.37.23017 . PMID  9287298.
  54. ^ Bramhill D, Kornberg A (septiembre de 1988). "Un modelo para el inicio en los orígenes de la replicación del ADN". Celúla . 54 (7): 915–8. doi :10.1016/0092-8674(88)90102-x. PMID  2843291. S2CID  1705480.
  55. ^ Rozgaja TA, Grimwade JE, Iqbal M, Czerwonka C, Vora M, Leonard AC (octubre de 2011). "Dos conjuntos de sitios de reconocimiento de baja afinidad orientados de manera opuesta en oriC guían la unión progresiva de DnaA durante el ensamblaje previo a RC de Escherichia coli". Microbiología Molecular . 82 (2): 475–88. doi :10.1111/j.1365-2958.2011.07827.x. PMC 3192301 . PMID  21895796. 
  56. ^ Zawilak-Pawlik A, Kois A, Majka J, Jakimowicz D, Smulczyk-Krawczyszyn A, Messer W, Zakrzewska-Czerwińska J (julio de 2005). "Arquitectura de complejos de iniciación de replicación bacteriana: orisomas de cuatro bacterias no relacionadas". La revista bioquímica . 389 (Parte 2): 471–81. doi :10.1042/BJ20050143. PMC 1175125 . PMID  15790315. 
  57. ^ ab Grimwade JE, Rozgaja TA, Gupta R, Dyson K, Rao P, Leonard AC (julio de 2018). "El reconocimiento del origen es la función predominante del DnaA-ATP en el inicio de la replicación cromosómica". Investigación de ácidos nucleicos . 46 (12): 6140–6151. doi : 10.1093/nar/gky457. PMC 6158602 . PMID  29800247. 
  58. ^ Sakiyama Y, Kasho K, Noguchi Y, Kawakami H, Katayama T (diciembre de 2017). "Dinámica regulatoria en el complejo ternario DnaA para el inicio de la replicación cromosómica en Escherichia coli". Investigación de ácidos nucleicos . 45 (21): 12354–12373. doi :10.1093/nar/gkx914. PMC 5716108 . PMID  29040689. 
  59. ^ Matsui M, Oka A, Takanami M, Yasuda S, Hirota Y (agosto de 1985). "Sitios de unión a la proteína dnaA en el origen de replicación del cromosoma K-12 de Escherichia coli". Revista de biología molecular . 184 (3): 529–33. doi :10.1016/0022-2836(85)90299-2. PMID  2995681.
  60. ^ Margulies C, Kaguni JM (julio de 1996). "Unión ordenada y secuencial de la proteína DnaA a oriC, el origen cromosómico de Escherichia coli". La Revista de Química Biológica . 271 (29): 17035–40. doi : 10.1074/jbc.271.29.17035 . PMID  8663334.
  61. ^ Schaper S, Messer W (julio de 1995). "Interacción de la proteína iniciadora DnaA de Escherichia coli con su ADN diana". La Revista de Química Biológica . 270 (29): 17622–6. doi : 10.1074/jbc.270.29.17622 . PMID  7615570.
  62. ^ Weigel C, Schmidt A, Rückert B, Lurz R, Messer W (noviembre de 1997). "Unión de proteína DnaA a cajas de DnaA individuales en el origen de replicación de Escherichia coli, oriC". La Revista EMBO . 16 (21): 6574–83. doi : 10.1093/emboj/16.21.6574. PMC 1170261 . PMID  9351837. 
  63. ^ Samitt CE, Hansen FG, Miller JF, Schaechter M (marzo de 1989). "Estudios in vivo de la unión de DnaA al origen de replicación de Escherichia coli". La Revista EMBO . 8 (3): 989–93. doi :10.1002/j.1460-2075.1989.tb03462.x. PMC 400901 . PMID  2542031. 
  64. ^ McGarry KC, Ryan VT, Grimwade JE, Leonard AC (marzo de 2004). "Se requieren dos sitios de unión discriminatorios en el origen de replicación de Escherichia coli para que el iniciador DnaA-ATP abra la cadena de ADN". Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 101 (9): 2811–6. Código Bib : 2004PNAS..101.2811M. doi : 10.1073/pnas.0400340101 . PMC 365702 . PMID  14978287. 
  65. ^ Kawakami H, Keyamura K, Katayama T (julio de 2005). "La formación de un complejo de iniciación específico de ATP-DnaA requiere DnaA Arginina 285, un motivo conservado en la familia de proteínas AAA+". La Revista de Química Biológica . 280 (29): 27420–30. doi : 10.1074/jbc.M502764200 . PMID  15901724.
  66. ^ Speck C, Weigel C, Messer W (noviembre de 1999). "Proteína ATP y ADP-dnaA, un interruptor molecular en la regulación genética". La Revista EMBO . 18 (21): 6169–76. doi : 10.1093/emboj/18.21.6169. PMC 1171680 . PMID  10545126. 
  67. ^ Miller DT, Grimwade JE, Betteridge T, Rozgaja T, Torgue JJ, Leonard AC (noviembre de 2009). "Los complejos de reconocimiento del origen bacteriano ensamblan directamente estructuras oligoméricas de ADNA de orden superior". Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 106 (44): 18479–84. Código bibliográfico : 2009PNAS..10618479M. doi : 10.1073/pnas.0909472106 . PMC 2773971 . PMID  19833870. 
  68. ^ abc Erzberger JP, Mott ML, Berger JM (agosto de 2006). "Base estructural para el ensamblaje de ADNA dependiente de ATP y la remodelación del origen de replicación". Naturaleza Biología estructural y molecular . 13 (8): 676–83. doi :10.1038/nsmb1115. PMID  16829961. S2CID  23586302.
  69. ^ Zorman S, Seitz H, Sclavi B, Strick TR (agosto de 2012). "Caracterización topológica del complejo DnaA-oriC mediante nanomanipuación de una sola molécula". Investigación de ácidos nucleicos . 40 (15): 7375–83. doi : 10.1093/nar/gks371. PMC 3424547 . PMID  22581769. 
  70. ^ ab Richardson TT, Harran O, Murray H (junio de 2016). "El elemento de origen de replicación del trío bacteriano DnaA especifica la unión del iniciador de ADN monocatenario". Naturaleza . 534 (7607): 412–6. Código Bib :2016Natur.534..412R. doi : 10.1038/naturaleza17962. PMC 4913881 . PMID  27281207. 
  71. ^ Duderstadt KE, Mott ML, Crisona NJ, Chuang K, Yang H, Berger JM (septiembre de 2010). "La remodelación y apertura del origen en las bacterias dependen de distintos estados de ensamblaje del iniciador DnaA". La Revista de Química Biológica . 285 (36): 28229–39. doi : 10.1074/jbc.M110.147975 . PMC 2934688 . PMID  20595381. 
  72. ^ Ozaki S, Katayama T (febrero de 2012). "Los complejos DnaA-oriC altamente organizados reclutan el ADN monocatenario para el inicio de la replicación". Investigación de ácidos nucleicos . 40 (4): 1648–65. doi : 10.1093/nar/gkr832. PMC 3287180 . PMID  22053082. 
  73. ^ Myllykallio H, López P, López-García P, Heilig R, Saurin W, Zivanovic Y, et al. (junio de 2000). "Modo bacteriano de replicación con maquinaria similar a eucariota en una arqueona hipertermófila". Ciencia . 288 (5474): 2212–5. Código Bib : 2000 Ciencia... 288.2212M. doi : 10.1126/ciencia.288.5474.2212. PMID  10864870.
  74. ^ abc Norais C, Hawkins M, Hartman AL, Eisen JA, Myllykallio H, Allers T (mayo de 2007). "Mapeo genético y físico de los orígenes de la replicación del ADN en Haloferax volcanii". PLOS Genética . 3 (5): e77. doi : 10.1371/journal.pgen.0030077 . PMC 1868953 . PMID  17511521. 
  75. ^ ab Hawkins M, Malla S, Blythe MJ, Nieduszynski CA, Allers T (noviembre de 2013). "Crecimiento acelerado en ausencia de orígenes de replicación del ADN". Naturaleza . 503 (7477): 544–547. Código Bib :2013Natur.503..544H. doi : 10.1038/naturaleza12650. PMC 3843117 . PMID  24185008. 
  76. ^ Wu Z, Liu J, Yang H, Liu H, Xiang H (febrero de 2014). "Múltiples orígenes de replicación con diversos mecanismos de control en Haloarcula hispanica". Investigación de ácidos nucleicos . 42 (4): 2282–94. doi : 10.1093/nar/gkt1214. PMC 3936714 . PMID  24271389. 
  77. ^ Pelve EA, Martens-Habbena W, Stahl DA, Bernander R (noviembre de 2013). "Mapeo de orígenes de replicación activa in vivo en replicones de thaum y euryarchaeal". Microbiología Molecular . 90 (3): 538–50. doi : 10.1111/mmi.12382 . PMID  23991938.
  78. ^ Pelve EA, Lindås AC, Knöppel A, Mira A, Bernander R (septiembre de 2012). "Cuatro orígenes de replicación de cromosomas en el arqueón Pyrobaculum calidifontis". Microbiología Molecular . 85 (5): 986–95. doi : 10.1111/j.1365-2958.2012.08155.x . PMID  22812406.
  79. ^ abcdefghij Robinson NP, Dionne I, Lundgren M, Marsh VL, Bernander R, Bell SD (enero de 2004). "Identificación de dos orígenes de replicación en el cromosoma único del arqueón Sulfolobus solfataricus". Celúla . 116 (1): 25–38. doi : 10.1016/s0092-8674(03)01034-1 . PMID  14718164. S2CID  12777774.
  80. ^ ab Lundgren M, Andersson A, Chen L, Nilsson P, Bernander R (mayo de 2004). "Tres orígenes de replicación en especies de Sulfolobus: inicio sincrónico de la replicación cromosómica y terminación asincrónica". Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 101 (18): 7046–51. Código Bib : 2004PNAS..101.7046L. doi : 10.1073/pnas.0400656101 . PMC 406463 . PMID  15107501. 
  81. ^ Campana SD (2017). "Inicio de la replicación del ADN en Archaea". Replicación del ADN . Avances en Medicina y Biología Experimentales. vol. 1042, págs. 99-115. doi :10.1007/978-981-10-6955-0_5. ISBN 978-981-10-6954-3. PMID  29357055.
  82. ^ Ausiannikava D, Allers T (enero de 2017). "Diversidad de la replicación del ADN en Archaea". Genes . 8 (2): 56. doi : 10.3390/genes8020056 . PMC 5333045 . PMID  28146124. 
  83. ^ Wu Z, Liu J, Yang H, Xiang H (2014). "Orígenes de la replicación del ADN en arqueas". Fronteras en Microbiología . 5 : 179. doi : 10.3389/fmicb.2014.00179 . PMC 4010727 . PMID  24808892. 
  84. ^ Matsunaga F, Forterre P, Ishino Y, Myllykallio H (septiembre de 2001). "Interacciones in vivo de arqueas Cdc6 / Orc1 y proteínas de mantenimiento de minicromosomas con el origen de replicación". Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 98 (20): 11152–7. Código bibliográfico : 2001PNAS...9811152M. doi : 10.1073/pnas.191387498 . PMC 58699 . PMID  11562464. 
  85. ^ Wu Z, Liu H, Liu J, Liu X, Xiang H (septiembre de 2012). "Diversidad y evolución de múltiples orígenes de replicación adyacentes a orcos / cdc6 en haloarchaea". Genómica BMC . 13 : 478. doi : 10.1186/1471-2164-13-478 . PMC 3528665 . PMID  22978470. 
  86. ^ Campana SD (2012). "Proteínas Archaeal Orc1 / Cdc6". El replisoma eucariota: una guía para la estructura y función de las proteínas . Bioquímica subcelular. vol. 62. págs. 59–69. doi :10.1007/978-94-007-4572-8_4. ISBN 978-94-007-4571-1. PMID  22918580.
  87. ^ abcde Samson RY, Xu Y, Gadelha C, Stone TA, Faqiri JN, Li D, et al. (Febrero de 2013). "Especificidad y función de las proteínas iniciadoras de la replicación del ADN de arqueas". Informes celulares . 3 (2): 485–96. doi :10.1016/j.celrep.2013.01.002. PMC 3607249 . PMID  23375370. 
  88. ^ abcd Grainge I, Gaudier M, Schuwirth BS, Westcott SL, Sandall J, Atanassova N, Wigley DB (octubre de 2006). "Análisis bioquímico de un origen de replicación del ADN en el arqueón Aeropyrum pernix". Revista de biología molecular . 363 (2): 355–69. doi :10.1016/j.jmb.2006.07.076. PMID  16978641.
  89. ^ ab Robinson NP, Bell SD (abril de 2007). "Captura de elementos extracromosómicos y evolución de múltiples orígenes de replicación en cromosomas de arqueas". Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 104 (14): 5806–11. Código Bib : 2007PNAS..104.5806R. doi : 10.1073/pnas.0700206104 . PMC 1851573 . PMID  17392430. 
  90. ^ abc Robinson NP, Blood KA, McCallum SA, Edwards PA, Bell SD (febrero de 2007). "Uniones de cromátidas hermanas en el arqueón hipertermófilo Sulfolobus solfataricus". La Revista EMBO . 26 (3): 816–24. doi :10.1038/sj.emboj.7601529. PMC 1794387 . PMID  17255945. 
  91. ^ abcdefgh Dueber EL, Corn JE, Bell SD, Berger JM (agosto de 2007). "Reconocimiento y deformación del origen de la replicación por un complejo arqueal Orc1 heterodimérico". Ciencia . 317 (5842): 1210–3. Código Bib : 2007 Ciencia... 317.1210D. doi : 10.1126/ciencia.1143690. PMID  17761879. S2CID  45665434.
  92. ^ abcdefg Gaudier M, Schuwirth BS, Westcott SL, Wigley DB (agosto de 2007). "Base estructural del reconocimiento del origen de la replicación del ADN por una proteína ORC". Ciencia . 317 (5842): 1213–6. Código Bib : 2007 Ciencia... 317.1213G. doi : 10.1126/ciencia.1143664. PMID  17761880. S2CID  1090383.
  93. ^ Capaldi SA, Berger JM (2004). "Caracterización bioquímica de la unión de Cdc6 / Orc1 al origen de replicación del euryarchaeon Methanothermobacter thermoautotrophicus". Investigación de ácidos nucleicos . 32 (16): 4821–32. doi :10.1093/nar/gkh819. PMC 519113 . PMID  15358831. 
  94. ^ Liu J, Smith CL, DeRyckere D, DeAngelis K, Martin GS, Berger JM (septiembre de 2000). "Estructura y función de Cdc6/Cdc18: implicaciones para el reconocimiento de origen y el control de puntos de control". Célula molecular . 6 (3): 637–48. doi : 10.1016/s1097-2765(00)00062-9 . PMID  11030343.
  95. ^ Singleton MR, Morales R, Grainge I, Cook N, Isupov MN, Wigley DB (octubre de 2004). "Cambios conformacionales inducidos por la unión de nucleótidos en Cdc6/ORC de Aeropyrum pernix". Revista de biología molecular . 343 (3): 547–57. doi :10.1016/j.jmb.2004.08.044. PMID  15465044.
  96. ^ Matsunaga F, Norais C, Forterre P, Myllykallio H (febrero de 2003). "Identificación de fragmentos cortos de Okazaki 'eucariotas' sintetizados a partir de un origen de replicación procariota". Informes EMBO . 4 (2): 154–8. doi :10.1038/sj.embor.embor732. PMC 1315830 . PMID  12612604. 
  97. ^ Berquist BR, DasSarma S (octubre de 2003). "Un elemento de secuencia cromosómica de arqueas que se replica de forma autónoma de un halófilo extremo, la cepa NRC-1 de Halobacterium sp.". Revista de Bacteriología . 185 (20): 5959–66. doi :10.1128/jb.185.20.5959-5966.2003. PMC 225043 . PMID  14526006. 
  98. ^ Kasiviswanathan R, Shin JH, Kelman Z (2005). "Las interacciones entre las proteínas arqueales Cdc6 y MCM modulan sus propiedades bioquímicas". Investigación de ácidos nucleicos . 33 (15): 4940–50. doi : 10.1093/nar/gki807. PMC 1201339 . PMID  16150924. 
  99. ^ Samson RY, Abeyrathne PD, Bell SD (enero de 2016). "Mecanismo de reclutamiento de helicasa Archaeal MCM para los orígenes de replicación del ADN". Célula molecular . 61 (2): 287–96. doi :10.1016/j.molcel.2015.12.005. PMC 4724246 . PMID  26725007. 
  100. ^ Dueber EC, Costa A, Corn JE, Bell SD, Berger JM (mayo de 2011). "Determinantes moleculares de la discriminación de origen por iniciadores Orc1 en arqueas". Investigación de ácidos nucleicos . 39 (9): 3621–31. doi : 10.1093/nar/gkq1308. PMC 3089459 . PMID  21227921. 
  101. ^ Matsunaga F, Takemura K, Akita M, Adachi A, Yamagami T, Ishino Y (enero de 2010). "Fusión localizada de ADN dúplex por Cdc6 / Orc1 en el origen de replicación del ADN en la arqueona hipertermófila Pyrococcus furiosus". Extremófilos . 14 (1): 21–31. doi :10.1007/s00792-009-0284-9. PMID  19787415. S2CID  21336802.
  102. ^ Onishi M, Liou GG, Buchberger JR, Walz T, Moazed D (diciembre de 2007). "Papel del dominio Sir3-BAH conservado en la unión de nucleosomas y el ensamblaje de cromatina silenciosa". Célula molecular . 28 (6): 1015–28. doi : 10.1016/j.molcel.2007.12.004 . PMID  18158899.
  103. ^ ab Kuo AJ, Song J, Cheung P, Ishibe-Murakami S, Yamazoe S, Chen JK, et al. (Marzo de 2012). "El dominio BAH de ORC1 vincula H4K20me2 con las licencias de replicación del ADN y el síndrome de Meier-Gorlin". Naturaleza . 484 (7392): 115–9. Código Bib :2012Natur.484..115K. doi : 10.1038/naturaleza10956. PMC 3321094 . PMID  22398447. 
  104. ^ ab Bleichert F, Botchan MR, Berger JM (febrero de 2017). "Mecanismos para iniciar la replicación del ADN celular". Ciencia . 355 (6327): eah6317. doi : 10.1126/ciencia.aah6317 . PMID  28209641.
  105. ^ ab Gambus A, Khoudoli GA, Jones RC, Blow JJ (abril de 2011). "MCM2-7 forma hexámeros dobles en orígenes autorizados en extracto de huevo de Xenopus". La Revista de Química Biológica . 286 (13): 11855–64. doi : 10.1074/jbc.M110.199521 . PMC 3064236 . PMID  21282109. 
  106. ^ ab Remus D, Beuron F, Tolun G, Griffith JD, Morris EP, Diffley JF (noviembre de 2009). "Carga concertada de hexámeros dobles Mcm2-7 alrededor del ADN durante la concesión de licencias de origen de replicación del ADN". Celúla . 139 (4): 719–30. doi :10.1016/j.cell.2009.10.015. PMC 2804858 . PMID  19896182. 
  107. ^ ab Evrin C, Clarke P, Zech J, Lurz R, Sun J, Uhle S, et al. (Diciembre de 2009). "Se carga un complejo MCM2-7 doble hexámero en el ADN de origen durante la concesión de la licencia de replicación del ADN eucariótico". Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 106 (48): 20240–5. Código Bib : 2009PNAS..10620240E. doi : 10.1073/pnas.0911500106 . PMC 2787165 . PMID  19910535. 
  108. ^ Ge XQ, Jackson DA, Blow JJ (diciembre de 2007). "Se requieren orígenes latentes autorizados por el exceso de Mcm2-7 para que las células humanas sobrevivan al estrés replicativo". Genes y desarrollo . 21 (24): 3331–41. doi :10.1101/gad.457807. PMC 2113033 . PMID  18079179. 
  109. ^ Ibarra A, Schwob E, Méndez J (julio de 2008). "El exceso de proteínas MCM protege las células humanas del estrés replicativo al otorgar licencias de orígenes de replicación de respaldo". Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 105 (26): 8956–61. Código Bib : 2008PNAS..105.8956I. doi : 10.1073/pnas.0803978105 . PMC 2449346 . PMID  18579778. 
  110. ^ Moiseeva TN, Yin Y, Calderón MJ, Qian C, Schamus-Haynes S, Sugitani N, et al. (julio de 2019). "Un mecanismo de señalización de la quinasa ATR y CHK1 que limita la activación del origen durante la replicación del ADN sin perturbaciones". Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 116 (27): 13374–13383. Código Bib : 2019PNAS..11613374M. doi : 10.1073/pnas.1903418116 . PMC 6613105 . PMID  31209037. 
  111. ^ Moiseeva TN, Bakkenist CJ (septiembre de 2019). "Señalización de origen inactivo durante la replicación imperturbada". Reparación del ADN . 81 : 102655. doi : 10.1016/j.dnarep.2019.102655. PMC 6764875 . PMID  31311769. 
  112. ^ Stinchcomb DT, Struhl K, Davis RW (noviembre de 1979). "Aislamiento y caracterización de un replicador cromosómico de levadura". Naturaleza . 282 (5734): 39–43. Código Bib :1979Natur.282...39S. doi :10.1038/282039a0. PMID  388229. S2CID  4326901.
  113. ^ Huberman JA, Spotila LD, Nawotka KA, el-Assouli SM, Davis LR (noviembre de 1987). "El origen de replicación in vivo del plásmido de 2 micras de levadura". Celúla . 51 (3): 473–81. doi :10.1016/0092-8674(87)90643-x. PMID  3311385. S2CID  54385402.
  114. ^ Cervecero BJ, Fangman WL (noviembre de 1987). "La localización de los orígenes de la replicación en plásmidos ARS en S. cerevisiae". Celúla . 51 (3): 463–71. doi :10.1016/0092-8674(87)90642-8. PMID  2822257. S2CID  20152681.
  115. ^ ab Marahrens Y, Stillman B (febrero de 1992). "Un origen cromosómico de replicación del ADN de levadura definido por múltiples elementos funcionales". Ciencia . 255 (5046): 817–23. Código bibliográfico : 1992 Ciencia... 255..817M. doi : 10.1126/ciencia.1536007. PMID  1536007.
  116. ^ Rao H, Marahrens Y, Stillman B (noviembre de 1994). "Conservación funcional de múltiples elementos en replicadores cromosómicos de levadura". Biología Molecular y Celular . 14 (11): 7643–51. doi :10.1128/mcb.14.11.7643. PMC 359300 . PMID  7935478. 
  117. ^ Broach JR, Li YY, Feldman J, Jayaram M, Abraham J, Nasmyth KA, Hicks JB (1983). "Localización y análisis de secuencia de los orígenes de la replicación del ADN en levaduras". Simposios de Cold Spring Harbor sobre biología cuantitativa . 47 parte 2: 1165–73. doi :10.1101/sqb.1983.047.01.132. PMID  6345070.
  118. ^ Celniker SE, Sweder K, Srienc F, Bailey JE, Campbell JL (noviembre de 1984). "Mutaciones por eliminación que afectan la secuencia ARS1 de replicación autónoma de Saccharomyces cerevisiae". Biología Molecular y Celular . 4 (11): 2455–66. doi :10.1128/mcb.4.11.2455. PMC 369077 . PMID  6392851. 
  119. ^ Rao H, Stillman B (marzo de 1995). "El complejo de reconocimiento del origen interactúa con un sitio de unión al ADN bipartito dentro de los replicadores de levadura". Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 92 (6): 2224–8. Código bibliográfico : 1995PNAS...92.2224R. doi : 10.1073/pnas.92.6.2224 . PMC 42456 . PMID  7892251. 
  120. ^ Rowley A, Cocker JH, Harwood J, Diffley JF (junio de 1995). "El ensamblaje del complejo de iniciación en los orígenes de replicación de la levadura en ciernes comienza con el reconocimiento de una secuencia bipartita limitando cantidades del iniciador, ORC". La Revista EMBO . 14 (11): 2631–41. doi :10.1002/j.1460-2075.1995.tb07261.x. PMC 398377 . PMID  7781615. 
  121. ^ Bell SP, Stillman B (mayo de 1992). "Reconocimiento dependiente de ATP de los orígenes eucarióticos de la replicación del ADN por un complejo multiproteico". Naturaleza . 357 (6374): 128–34. Código Bib :1992Natur.357..128B. doi :10.1038/357128a0. PMID  1579162. S2CID  4346767.
  122. ^ abcd Li N, Lam WH, Zhai Y, Cheng J, Cheng E, Zhao Y, et al. (julio de 2018). "Estructura del complejo de reconocimiento del origen unido al origen de replicación del ADN". Naturaleza . 559 (7713): 217–222. Código Bib :2018Natur.559..217L. doi :10.1038/s41586-018-0293-x. PMID  29973722. S2CID  49577101.
  123. ^ Bleichert F, Botchan MR, Berger JM (marzo de 2015). "Estructura cristalina del complejo de reconocimiento del origen eucariota". Naturaleza . 519 (7543): 321–6. Código Bib :2015Natur.519..321B. doi : 10.1038/naturaleza14239. PMC 4368505 . PMID  25762138. 
  124. ^ Sun J, Evrin C, Samel SA, Fernández-Cid A, Riera A, Kawakami H, et al. (Agosto 2013). "Estructura crio-EM de un intermedio de carga de helicasa que contiene ORC-Cdc6-Cdt1-MCM2-7 unido al ADN". Naturaleza Biología estructural y molecular . 20 (8): 944–51. doi :10.1038/nsmb.2629. PMC 3735830 . PMID  23851460. 
  125. ^ Kawakami H, Ohashi E, Kanamoto S, Tsurimoto T, Katayama T (octubre de 2015). "La unión específica de ORC eucariótico a los orígenes de replicación del ADN depende de residuos básicos altamente conservados". Informes científicos . 5 : 14929. Código Bib : 2015NatSR...514929K. doi :10.1038/srep14929. PMC 4601075 . PMID  26456755. 
  126. ^ Palzkill TG, Newlon CS (mayo de 1988). "El origen de replicación de una levadura consta de múltiples copias de una pequeña secuencia conservada". Celúla . 53 (3): 441–50. doi :10.1016/0092-8674(88)90164-x. PMID  3284655. S2CID  7534654.
  127. ^ Wilmes GM, Bell SP (enero de 2002). "El elemento B2 del origen de replicación ARS1 de Saccharomyces cerevisiae requiere secuencias específicas para facilitar la formación previa a RC". Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 99 (1): 101–6. Código Bib : 2002PNAS...99..101W. doi : 10.1073/pnas.012578499 . PMC 117521 . PMID  11756674. 
  128. ^ Coster G, Diffley JF (julio de 2017). "La replicación bidireccional del ADN eucariótico se establece mediante una carga de helicasa casi simétrica". Ciencia . 357 (6348): 314–318. Código Bib : 2017 Ciencia... 357.. 314C. doi : 10.1126/ciencia.aan0063. PMC 5608077 . PMID  28729513. 
  129. ^ Zou L, Stillman B (mayo de 2000). "Ensamblaje de un complejo que contiene Cdc45p, proteína A de replicación y Mcm2p en orígenes de replicación controlados por quinasas dependientes de ciclina de fase S y quinasa Cdc7p-Dbf4p". Biología Molecular y Celular . 20 (9): 3086–96. doi :10.1128/mcb.20.9.3086-3096.2000. PMC 85601 . PMID  10757793. 
  130. ^ Lipford JR, Bell SP (enero de 2001). "Los nucleosomas colocados por ORC facilitan el inicio de la replicación del ADN". Célula molecular . 7 (1): 21–30. doi : 10.1016/s1097-2765(01)00151-4 . PMID  11172708.
  131. ^ Diffley JF, Cocker JH (mayo de 1992). "Interacciones proteína-ADN en el origen de replicación de una levadura". Naturaleza . 357 (6374): 169–72. Código Bib :1992Natur.357..169D. doi :10.1038/357169a0. PMID  1579168. S2CID  4354585.
  132. ^ Diffley JF, Stillman B (abril de 1988). "Purificación de una proteína de levadura que se une a los orígenes de replicación del ADN y un silenciador transcripcional". Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 85 (7): 2120–4. Código bibliográfico : 1988PNAS...85.2120D. doi : 10.1073/pnas.85.7.2120 . PMC 279940 . PMID  3281162. 
  133. ^ Miotto B, Ji Z, Struhl K (agosto de 2016). "Selectividad de los sitios de unión de ORC y la relación con el tiempo de replicación, los sitios frágiles y las eliminaciones en los cánceres". Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 113 (33): E4810-9. Código Bib : 2016PNAS..113E4810M. doi : 10.1073/pnas.1609060113 . PMC 4995967 . PMID  27436900. 
  134. ^ ab MacAlpine HK, Gordân R, Powell SK, Hartemink AJ, MacAlpine DM (febrero de 2010). "Drosophila ORC se localiza para abrir la cromatina y marca los sitios de carga del complejo cohesina". Investigación del genoma . 20 (2): 201–11. doi :10.1101/gr.097873.109. PMC 2813476 . PMID  19996087. 
  135. ^ ab Eaton ML, Prinz JA, MacAlpine HK, Tretyakov G, Kharchenko PV, MacAlpine DM (febrero de 2011). "Firmas de cromatina del programa de replicación de Drosophila". Investigación del genoma . 21 (2): 164–74. doi :10.1101/gr.116038.110. PMC 3032920 . PMID  21177973. 
  136. ^ ab Dellino GI, Cittaro D, Piccioni R, Luzi L, Banfi S, Segalla S, et al. (Enero 2013). "Mapeo de todo el genoma de los orígenes de la replicación del ADN humano: los niveles de transcripción en los sitios ORC1 regulan la selección del origen y el tiempo de replicación". Investigación del genoma . 23 (1): 1–11. doi :10.1101/gr.142331.112. PMC 3530669 . PMID  23187890. 
  137. ^ Cayrou C, Ballester B, Peiffer I, Fenouil R, Coulombe P, Andrau JC, et al. (Diciembre de 2015). "El entorno de la cromatina da forma a la organización del origen de la replicación del ADN y define las clases de origen". Investigación del genoma . 25 (12): 1873–85. doi :10.1101/gr.192799.115. PMC 4665008 . PMID  26560631. 
  138. ^ abcd Cayrou C, Coulombe P, Vigneron A, Stanojcic S, Ganier O, Peiffer I, et al. (Septiembre de 2011). "El análisis a escala del genoma de los orígenes de la replicación de los metazoos revela su organización en sitios específicos pero flexibles definidos por características conservadas". Investigación del genoma . 21 (9): 1438–49. doi :10.1101/gr.121830.111. PMC 3166829 . PMID  21750104. 
  139. ^ ab Lubelsky Y, Sasaki T, Kuipers MA, Lucas I, Le Beau MM, Carignon S, et al. (Abril de 2011). "Las proteínas del complejo previo a la replicación se ensamblan en regiones de baja ocupación de nucleosomas dentro de la zona de iniciación de la dihidrofolato reductasa del hámster chino". Investigación de ácidos nucleicos . 39 (8): 3141–55. doi : 10.1093/nar/gkq1276. PMC 3082903 . PMID  21148149. 
  140. ^ Hayashi M, Katou Y, Itoh T, Tazumi A, Tazumi M, Yamada Y, et al. (Marzo de 2007). "Localización de todo el genoma de sitios anteriores a RC e identificación de orígenes de replicación en levaduras de fisión". La Revista EMBO . 26 (5): 1327–39. doi :10.1038/sj.emboj.7601585. PMC 1817633 . PMID  17304213. 
  141. ^ ab Martin MM, Ryan M, Kim R, Zakas AL, Fu H, Lin CM y otros. (noviembre de 2011). "Agotamiento de todo el genoma de los eventos de iniciación de la replicación en regiones altamente transcritas". Investigación del genoma . 21 (11): 1822–32. doi :10.1101/gr.124644.111. PMC 3205567 . PMID  21813623. 
  142. ^ Pourkarimi E, Bellush JM, Whitehouse I (diciembre de 2016). "C. elegans". eVida . 5 . doi : 10.7554/eLife.21728 . PMC 5222557 . PMID  28009254. 
  143. ^ ab Rodríguez-Martínez M, Pinzón N, Ghommidh C, Beyne E, Seitz H, Cayrou C, Méchali M (marzo de 2017). "La transición de la gástrula reorganiza la selección del origen de la replicación en Caenorhabditis elegans". Naturaleza Biología estructural y molecular . 24 (3): 290–299. doi :10.1038/nsmb.3363. PMID  28112731. S2CID  7445974.
  144. ^ ab Besnard E, Babled A, Lapasset L, Milhavet O, Parrinello H, Dantec C, et al. (Agosto 2012). "Desentrañar firmas de origen de replicación humana reprogramables y específicas de tipo celular asociadas con motivos de consenso G-quadruplex". Naturaleza Biología estructural y molecular . 19 (8): 837–44. doi :10.1038/nsmb.2339. PMID  22751019. S2CID  20710237.
  145. ^ Delgado S, Gómez M, Bird A, Antequera F (abril de 1998). "Inicio de la replicación del ADN en islas CpG en cromosomas de mamíferos". La Revista EMBO . 17 (8): 2426–35. doi :10.1093/emboj/17.8.2426. PMC 1170585 . PMID  9545253. 
  146. ^ Sequeira-Mendes J, Díaz-Uriarte R, Apedaile A, Huntley D, Brockdorff N, Gómez M (abril de 2009). "La actividad de iniciación de la transcripción establece la eficiencia del origen de la replicación en células de mamíferos". PLOS Genética . 5 (4): e1000446. doi : 10.1371/journal.pgen.1000446 . PMC 2661365 . PMID  19360092. 
  147. ^ abc Kelly T, Callegari AJ (marzo de 2019). "Dinámica de la replicación del ADN en una célula eucariota". Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 116 (11): 4973–4982. Código Bib : 2019PNAS..116.4973K. doi : 10.1073/pnas.1818680116 . PMC 6421431 . PMID  30718387. 
  148. ^ Austin RJ, Orr-Weaver TL, Bell SP (octubre de 1999). "Drosophila ORC se une específicamente a ACE3, un elemento de control de la replicación del origen del ADN". Genes y desarrollo . 13 (20): 2639–49. doi :10.1101/gad.13.20.2639. PMC 317108 . PMID  10541550. 
  149. ^ Beall EL, Manak JR, Zhou S, Bell M, Lipsick JS, Botchan MR (2002). "Papel de un complejo proteico que contiene Drosophila Myb en la replicación del ADN de un sitio específico". Naturaleza . 420 (6917): 833–7. Código Bib :2002Natur.420..833B. doi : 10.1038/naturaleza01228. PMID  12490953. S2CID  4425307.
  150. ^ Beall EL, Bell M, Georlette D, Botchan MR (julio de 2004). "La letalidad del mutante Dm-myb en Drosophila depende de mip130: regulación positiva y negativa de la replicación del ADN". Genes y desarrollo . 18 (14): 1667–80. doi :10.1101/gad.1206604. PMC 478189 . PMID  15256498. 
  151. ^ Lewis PW, Beall EL, Fleischer TC, Georlette D, Link AJ, Botchan MR (diciembre de 2004). "Identificación de un complejo represor transcripcional Myb-E2F2 / RBF de Drosophila". Genes y desarrollo . 18 (23): 2929–40. doi :10.1101/gad.1255204. PMC 534653 . PMID  15545624. 
  152. ^ Bosco G, Du W, Orr-Weaver TL (marzo de 2001). "Control de la replicación del ADN mediante la interacción de E2F-RB y el complejo de reconocimiento de origen". Biología celular de la naturaleza . 3 (3): 289–95. doi :10.1038/35060086. PMID  11231579. S2CID  24942902.
  153. ^ Chuang RY, Kelly TJ (marzo de 1999). "El homólogo de levadura de fisión de Orc4p se une al ADN del origen de la replicación a través de múltiples ganchos AT". Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 96 (6): 2656–61. Código bibliográfico : 1999PNAS...96.2656C. doi : 10.1073/pnas.96.6.2656 . PMC 15824 . PMID  10077566. 
  154. ^ Balasov M, Huijbregts RP, Chesnokov I (abril de 2007). "Papel de la proteína Orc6 en la unión y replicación del ADN dependiente del complejo de reconocimiento del origen en Drosophila melanogaster". Biología Molecular y Celular . 27 (8): 3143–53. doi :10.1128/MCB.02382-06. PMC 1899928 . PMID  17283052. 
  155. ^ Tardat M, Brustel J, Kirsh O, Lefevbre C, Callanan M, Sardet C, Julien E (noviembre de 2010). "La histona H4 Lys 20 metiltransferasa PR-Set7 regula los orígenes de la replicación en células de mamíferos". Biología celular de la naturaleza . 12 (11): 1086–93. doi :10.1038/ncb2113. PMID  20953199. S2CID  6710289.
  156. ^ Beck DB, Burton A, Oda H, Ziegler-Birling C, Torres-Padilla ME, Reinberg D (diciembre de 2012). "El papel de PR-Set7 en las licencias de replicación depende del Suv4-20h". Genes y desarrollo . 26 (23): 2580–9. doi :10.1101/gad.195636.112. PMC 3521623 . PMID  23152447. 
  157. ^ Brustel J, Kirstein N, Izard F, Grimaud C, Prorok P, Cayrou C, et al. (septiembre de 2017). "La trimetilación de la histona H4K20 en orígenes de activación tardía garantiza la replicación oportuna de la heterocromatina". La Revista EMBO . 36 (18): 2726–2741. doi :10.15252/embj.201796541. PMC 5599798 . PMID  28778956. 
  158. ^ Shoaib M, Walter D, Gillespie PJ, Izard F, Fahrenkrog B, Lleres D, et al. (septiembre de 2018). "El umbral de compactación de la cromatina mediado por la metilación de la histona H4K20 garantiza la integridad del genoma al limitar las licencias de replicación del ADN". Comunicaciones de la naturaleza . 9 (1): 3704. Código bibliográfico : 2018NatCo...9.3704S. doi :10.1038/s41467-018-06066-8. PMC 6135857 . PMID  30209253. 
  159. ^ Noguchi K, Vassilev A, Ghosh S, Yates JL, DePamphilis ML (noviembre de 2006). "El dominio BAH facilita la capacidad de la proteína Orc1 humana para activar los orígenes de replicación in vivo". La Revista EMBO . 25 (22): 5372–82. doi :10.1038/sj.emboj.7601396. PMC 1636626 . PMID  17066079. 
  160. ^ Shen Z, Chakraborty A, Jain A, Giri S, Ha T, Prasanth KV, Prasanth SG (agosto de 2012). "La asociación dinámica de ORCA con componentes complejos prereplicativos regula el inicio de la replicación del ADN". Biología Molecular y Celular . 32 (15): 3107–20. doi :10.1128/MCB.00362-12. PMC 3434513 . PMID  22645314. 
  161. ^ Wang Y, Khan A, Marks AB, Smith OK, Giri S, Lin YC y col. (Marzo de 2017). "La asociación temporal de ORCA / LRWD1 con orígenes de activación tardía durante G1 dicta la replicación y organización de la heterocromatina". Investigación de ácidos nucleicos . 45 (5): 2490–2502. doi :10.1093/nar/gkw1211. PMC 5389698 . PMID  27924004. 
  162. ^ Bartke T, Vermeulen M, Xhemalce B, Robson SC, Mann M, Kouzarides T (octubre de 2010). "Proteínas que interactúan con nucleosomas reguladas por el ADN y la metilación de histonas". Celúla . 143 (3): 470–84. doi : 10.1016/j.cell.2010.10.012. PMC 3640253 . PMID  21029866. 
  163. ^ Vermeulen M, Eberl HC, Matarese F, Marks H, Denissov S, Butter F, et al. (Septiembre de 2010). "Proteómica de interacción cuantitativa y perfiles de todo el genoma de marcas de histonas epigenéticas y sus lectores". Celúla . 142 (6): 967–80. doi : 10.1016/j.cell.2010.08.020 . hdl : 2066/84114 . PMID  20850016. S2CID  7926456.
  164. ^ Hein MY, Hubner NC, Poser I, Cox J, Nagaraj N, Toyoda Y, et al. (octubre de 2015). "Un interactoma humano en tres dimensiones cuantitativas organizadas por estequiometrías y abundancias". Celúla . 163 (3): 712–23. doi : 10.1016/j.cell.2015.09.053 . PMID  26496610.
  165. ^ Thomae AW, Pich D, Brocher J, Spindler MP, Berens C, Hock R, et al. (febrero de 2008). "La interacción entre HMGA1a y el complejo de reconocimiento de origen crea orígenes de replicación específicos del sitio". Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 105 (5): 1692–7. Código Bib : 2008PNAS..105.1692T. doi : 10.1073/pnas.0707260105 . PMC 2234206 . PMID  18234858. 
  166. ^ Zhang Y, Huang L, Fu H, Smith OK, Lin CM, Utani K y otros. (junio de 2016). "Una proteína de unión específica del replicador esencial para el inicio de la replicación del ADN en un sitio específico en células de mamíferos". Comunicaciones de la naturaleza . 7 : 11748. Código Bib : 2016NatCo...711748Z. doi : 10.1038/ncomms11748. PMC 4899857 . PMID  27272143. 
  167. ^ Bleichert F, Leitner A, Aebersold R, Botchan MR, Berger JM (junio de 2018). "Control conformacional y mecanismo de unión al ADN del complejo de reconocimiento del origen de los metazoos". Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 115 (26): E5906–E5915. Código Bib : 2018PNAS..115E5906B. doi : 10.1073/pnas.1806315115 . PMC 6042147 . PMID  29899147. 
  168. ^ Clarey MG, Botchan M, Nogales E (diciembre de 2008). "Estudios EM de partículas individuales del complejo de reconocimiento del origen de Drosophila melanogaster y evidencia de la envoltura del ADN". Revista de biología estructural . 164 (3): 241–9. doi :10.1016/j.jsb.2008.08.006. PMC 2640233 . PMID  18824234. 
  169. ^ Lee DG, Bell SP (diciembre de 1997). "Arquitectura del complejo de reconocimiento del origen de la levadura unido a los orígenes de la replicación del ADN". Biología Molecular y Celular . 17 (12): 7159–68. doi :10.1128/mcb.17.12.7159. PMC 232573 . PMID  9372948. 
  170. ^ Riera A, Barbon M, Noguchi Y, Reuter LM, Schneider S, Speck C (junio de 2017). "De la estructura al inicio de la replicación del ADN: comprensión del mecanismo". Genes y desarrollo . 31 (11): 1073–1088. doi :10.1101/gad.298232.117. PMC 5538431 . PMID  28717046. 
  171. ^ Tognetti S, Riera A, Speck C (marzo de 2015). "Encender el motor: cómo se activa la helicasa replicativa eucariota MCM2-7". Cromosoma . 124 (1): 13–26. doi :10.1007/s00412-014-0489-2. hdl : 10044/1/27085 . PMID  25308420. S2CID  175510.
  172. ^ Berbenetz NM, Nislow C, Brown GW (septiembre de 2010). "Diversidad de los orígenes de replicación del ADN eucariótico revelados por el análisis de la estructura de la cromatina de todo el genoma". PLOS Genética . 6 (9): e1001092. doi : 10.1371/journal.pgen.1001092 . PMC 2932696 . PMID  20824081. 
  173. ^ Eaton ML, Galani K, Kang S, Bell SP, MacAlpine DM (abril de 2010). "El posicionamiento conservado de los nucleosomas define los orígenes de la replicación". Genes y desarrollo . 24 (8): 748–53. doi :10.1101/gad.1913210. PMC 2854390 . PMID  20351051. 
  174. ^ ab Azmi IF, Watanabe S, Maloney MF, Kang S, Belsky JA, MacAlpine DM y col. (Marzo de 2017). "Los nucleosomas influyen en múltiples pasos durante el inicio de la replicación". eVida . 6 . doi : 10.7554/eLife.22512 . PMC 5400510 . PMID  28322723. 
  175. ^ Miotto B, Struhl K (enero de 2010). "La actividad de la histona acetilasa HBO1 es esencial para la concesión de licencias de replicación del ADN y la inhibe Geminin". Célula molecular . 37 (1): 57–66. doi :10.1016/j.molcel.2009.12.012. PMC 2818871 . PMID  20129055. 
  176. ^ Liu J, Zimmer K, Rusch DB, Paranjape N, Podicheti R, Tang H, Calvi BR (octubre de 2015). "Plantillas de secuencia de ADN nucleosoma adyacente y sitios ORC en los orígenes de amplificación de genes en Drosophila". Investigación de ácidos nucleicos . 43 (18): 8746–61. doi : 10.1093/nar/gkv766. PMC 4605296 . PMID  26227968. 
  177. ^ Zhao PA, Rivera-Mulia JC, Gilbert DM (2017). "Dominios de replicación: compartimentación del genoma en unidades de replicación funcionales". Replicación del ADN . Avances en Medicina y Biología Experimentales. vol. 1042, págs. 229–257. doi :10.1007/978-981-10-6955-0_11. ISBN 978-981-10-6954-3. PMID  29357061.
  178. ^ Sugimoto N, Fujita M (2017). "Mecanismo molecular para la regulación de la cromatina durante la carga de MCM en células de mamíferos". Replicación del ADN . Avances en Medicina y Biología Experimentales. vol. 1042, págs. 61–78. doi :10.1007/978-981-10-6955-0_3. ISBN 978-981-10-6954-3. PMID  29357053.
  179. ^ MacAlpine DM, Almouzni G (agosto de 2013). "Cromatina y replicación del ADN". Perspectivas de Cold Spring Harbor en biología . 5 (8): a010207. doi : 10.1101/cshperspect.a010207. PMC 3721285 . PMID  23751185. 
  180. ^ Sima J, Chakraborty A, Dileep V, Michalski M, Klein KN, Holcomb NP, et al. (febrero de 2019). "Identificación de elementos cis para el control espaciotemporal de la replicación del ADN de mamíferos". Celúla . 176 (4): 816–830.e18. doi :10.1016/j.cell.2018.11.036. PMC 6546437 . PMID  30595451. 
  181. ^ Cadoret JC, Meisch F, Hassan-Zadeh V, Luyten I, Guillet C, Duret L, et al. (octubre de 2008). "Los estudios de todo el genoma destacan vínculos indirectos entre los orígenes de la replicación humana y la regulación genética". Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 105 (41): 15837–42. Código bibliográfico : 2008PNAS..10515837C. doi : 10.1073/pnas.0805208105 . PMC 2572913 . PMID  18838675. 
  182. ^ Azvolinsky A, Giresi PG, Lieb JD, Zakian VA (junio de 2009). "Los genes de la ARN polimerasa II altamente transcritos son impedimentos para la progresión de la horquilla de replicación en Saccharomyces cerevisiae". Célula molecular . 34 (6): 722–34. doi :10.1016/j.molcel.2009.05.022. PMC 2728070 . PMID  19560424. 
  183. ^ Gros J, Kumar C, Lynch G, Yadav T, Whitehouse I, Remus D (diciembre de 2015). "Especificación posterior a la licencia de los orígenes de la replicación eucariota mediante el deslizamiento facilitado de Mcm2-7 a lo largo del ADN". Célula molecular . 60 (5): 797–807. doi :10.1016/j.molcel.2015.10.022. PMC 4680849 . PMID  26656162. 
  184. ^ Letessier A, Millot GA, Koundrioukoff S, Lachagès AM, Vogt N, Hansen RS, et al. (febrero de 2011). "Los programas de iniciación de replicación específicos de cada tipo de célula establecen la fragilidad del sitio frágil FRA3B". Naturaleza . 470 (7332): 120–3. Código Bib :2011Natur.470..120L. doi : 10.1038/naturaleza09745. PMID  21258320. S2CID  4302940.
  185. ^ ab Smith OK, Kim R, Fu H, Martin MM, Lin CM, Utani K, et al. (2016). "Características epigenéticas distintas de los orígenes de replicación regulados por diferenciación". Epigenética y cromatina . 9 : 18. doi : 10.1186/s13072-016-0067-3 . PMC 4862150 . PMID  27168766. 
  186. ^ Sher N, Bell GW, Li S, Nordman J, Eng T, Eaton ML y col. (Enero de 2012). "Control del desarrollo del número de copias de genes mediante la represión del inicio de la replicación y la progresión de la bifurcación". Investigación del genoma . 22 (1): 64–75. doi :10.1101/gr.126003.111. PMC 3246207 . PMID  22090375. 
  187. ^ Comoglio F, Schlumpf T, Schmid V, Rohs R, Beisel C, Paro R (mayo de 2015). "El perfil de alta resolución de los sitios de inicio de replicación de Drosophila revela una forma de ADN y una firma de cromatina de orígenes metazoarios". Informes celulares . 11 (5): 821–34. doi :10.1016/j.celrep.2015.03.070. PMC 4562395 . PMID  25921534. 
  188. ^ Calvi BR, Lilly MA, Spradling AC (marzo de 1998). "Control del ciclo celular de la amplificación del gen corion". Genes y desarrollo . 12 (5): 734–44. doi :10.1101/gad.12.5.734. PMC 316579 . PMID  9499407. 
  189. ^ Mosig G (1998). "Recombinación y replicación del ADN dependiente de recombinación en el bacteriófago T4". Revista Anual de Genética . 32 : 379–413. doi :10.1146/annurev.genet.32.1.379. PMID  9928485.
  190. ^ Ravoitytė B, Wellinger RE (enero de 2017). "Iniciación de replicación no canónica: ¡Estás despedido!". Genes . 8 (2): 54. doi : 10.3390/genes8020054 . PMC 5333043 . PMID  28134821. 
  191. ^ Asai T, Sommer S, Bailone A, Kogoma T (agosto de 1993). "Inicio de la replicación del ADN dependiente de la recombinación homóloga a partir de orígenes inducibles por daño del ADN en Escherichia coli". La Revista EMBO . 12 (8): 3287–95. doi :10.1002/j.1460-2075.1993.tb05998.x. PMC 413596 . PMID  8344265. 
  192. ^ Lydeard JR, Jain S, Yamaguchi M, Haber JE (agosto de 2007). "La replicación inducida por rotura y el mantenimiento de los telómeros independiente de la telomerasa requieren Pol32". Naturaleza . 448 (7155): 820–3. Código Bib :2007Natur.448..820L. doi : 10.1038/naturaleza06047. PMID  17671506. S2CID  4373857.
  193. ^ Dasgupta S, Masukata H, Tomizawa J (diciembre de 1987). "Múltiples mecanismos para el inicio de la replicación del ADN ColE1: síntesis de ADN en presencia y ausencia de ribonucleasa H". Celúla . 51 (6): 1113–22. doi :10.1016/0092-8674(87)90597-6. PMID  2446774. S2CID  22858038.
  194. ^ Stuckey R, García-Rodríguez N, Aguilera A, Wellinger RE (mayo de 2015). "Papel de los híbridos de ARN: ADN en el cebado de la replicación independiente del origen en un sistema eucariótico". Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 112 (18): 5779–84. Código Bib : 2015PNAS..112.5779S. doi : 10.1073/pnas.1501769112 . PMC 4426422 . PMID  25902524. 
  195. ^ Burki F (mayo de 2014). "El árbol de la vida eucariota desde una perspectiva filogenómica global". Perspectivas de Cold Spring Harbor en biología . 6 (5): a016147. doi : 10.1101/cshperspect.a016147. PMC 3996474 . PMID  24789819. 
  196. ^ Lee PH, Meng X, Kapler GM (enero de 2015). "Regulación del desarrollo del complejo de reconocimiento del origen de Tetrahymena thermophila". PLOS Genética . 11 (1): e1004875. doi : 10.1371/journal.pgen.1004875 . PMC 4287346 . PMID  25569357. 
  197. ^ Mohammad MM, Donti TR, Sebastian Yakisich J, Smith AG, Kapler GM (diciembre de 2007). "Tetrahymena ORC contiene un fragmento de ARN ribosómico que participa en el reconocimiento del origen del ADNr". La Revista EMBO . 26 (24): 5048–60. doi :10.1038/sj.emboj.7601919. PMC 2140106 . PMID  18007594. 
  198. ^ Donti TR, Datta S, Sandoval PY, Kapler GM (febrero de 2009). "Dirección diferencial de Tetrahymena ORC a orígenes de replicación de ADN ribosómico y no ADNr". La Revista EMBO . 28 (3): 223–33. doi :10.1038/emboj.2008.282. PMC 2637336 . PMID  19153611. 
  199. ^ Marques CA, McCulloch R (febrero de 2018). "Conservación y variación de estrategias para la replicación del ADN de genomas nucleares de cinetoplastidos". Genómica actual . 19 (2): 98-109. doi :10.2174/1389202918666170815144627. PMC 5814967 . PMID  29491738. 
  200. ^ Marques CA, Tiengwe C, Lemgruber L, Damasceno JD, Scott A, Paape D, et al. (junio de 2016). "Composición divergente y regulación del complejo de reconocimiento del origen de Trypanosoma brucei que media en el inicio de la replicación del ADN". Investigación de ácidos nucleicos . 44 (10): 4763–84. doi :10.1093/nar/gkw147. PMC 4889932 . PMID  26951375. 
  201. ^ Tiengwe C, Marcello L, Farr H, Gadelha C, Burchmore R, Barry JD y col. (2012). "La identificación de factores que interactúan con ORC1/CDC6 en Trypanosoma brucei revela características críticas de la arquitectura compleja de reconocimiento de origen". MÁS UNO . 7 (3): e32674. Código Bib : 2012PLoSO...732674T. doi : 10.1371/journal.pone.0032674 . PMC 3297607 . PMID  22412905. 
  202. ^ Marques CA, Dickens NJ, Paape D, Campbell SJ, McCulloch R (octubre de 2015). "El mapeo de todo el genoma revela la replicación de cromosomas de origen único en Leishmania, un microbio eucariota". Biología del genoma . 16 : 230. doi : 10.1186/s13059-015-0788-9 . PMC 4612428 . PMID  26481451. 

Otras lecturas

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