En los sistemas biológicos, la metilación se logra mediante enzimas. La metilación puede modificar los metales pesados y regular la expresión genética, el procesamiento del ARN y la función de las proteínas. Es un proceso clave que subyace a la epigenética . Las fuentes de grupos metilo incluyen S-metilmetionina, folato de metilo y metilo B12. [1]
Metanogénesis
La metanogénesis , el proceso que genera metano a partir de CO 2 , implica una serie de reacciones de metilación. Estas reacciones son causadas por un conjunto de enzimas albergadas por una familia de microbios anaeróbicos. [2]
Ciclo de metanogénesis, que muestra intermediarios.
En la metanogénesis inversa, el metano es el agente metilante. [3]
Junto con la ubiquitinación y la fosforilación , la metilación es un proceso bioquímico importante para modificar la función de las proteínas. Las metilaciones de proteínas más frecuentes afectan los residuos de arginina y lisina de histonas específicas. De lo contrario, la histidina, el glutamato, la asparagina y la cisteína son susceptibles a la metilación. Algunos de estos productos incluyen S -metilcisteína , dos isómeros de N -metilhistidina y dos isómeros de N -metilarginina. [4]
La metionina sintasa regenera la metionina (Met) a partir de homocisteína (Hcy). La reacción general transforma el 5-metiltetrahidrofolato (N 5 -MeTHF) en tetrahidrofolato (THF) mientras se transfiere un grupo metilo a Hcy para formar Met. La síntesis de metionina puede ser dependiente de cobalamina o independiente de cobalamina: las plantas tienen ambas, los animales dependen de la forma dependiente de metilcobalamina.
En las formas de la enzima dependientes de metilcobalamina, la reacción se desarrolla en dos pasos en una reacción de ping-pong. La enzima se prepara inicialmente en un estado reactivo mediante la transferencia de un grupo metilo de N 5 -MeTHF a Co(I) en cobalamina unida a enzima ((Cob), también conocida como vitamina B12)), formando metilcobalamina( Me-Cob) que ahora contiene Me-Co(III) y activa la enzima. Luego, una Hcy que se ha coordinado con un zinc unido a una enzima para formar un tiolato reactivo reacciona con el Me-Cob. El grupo metilo activado se transfiere de Me-Cob al tiolato de Hcy, que regenera Co(I) en Cob, y Met se libera de la enzima. [5]
Metales pesados: arsénico, mercurio, cadmio.
La biometilación es la vía para convertir algunos elementos pesados en derivados más móviles o más letales que pueden entrar en la cadena alimentaria . La biometilación de los compuestos de arsénico comienza con la formación de metanoarsonatos . Por tanto, los compuestos de arsénico inorgánico trivalente se metilan para dar metanoarsonato. La S-adenosilmetionina es el donante de metilo. Los metanoarsonatos son los precursores de los dimetilarsonatos, nuevamente por el ciclo de reducción (a ácido metilarsonoso) seguido de una segunda metilación. [6] Se encuentran vías relacionadas en la metilación microbiana del mercurio a metilmercurio .
Metilación epigenética
metilación del ADN
La metilación del ADN es la conversión de la citosina en 5-metilcitosina . La formación de Me-CpG está catalizada por la enzima ADN metiltransferasa . En los vertebrados, la metilación del ADN ocurre típicamente en sitios CpG (sitios citosina-fosfato-guanina, es decir, sitios donde una citosina va seguida directamente de una guanina en la secuencia de ADN). En los mamíferos, la metilación del ADN es común en las células del cuerpo [7] y la metilación de los sitios CpG parece ser la opción predeterminada. [8] [9] El ADN humano tiene alrededor del 80% al 90% de los sitios CpG metilados, pero hay ciertas áreas, conocidas como islas CpG , que son ricas en CG (alto contenido de citosina y guanina, compuestas por aproximadamente un 65% de residuos de CG). ), en el que ninguno está metilado. Estos están asociados con los promotores del 56% de los genes de los mamíferos, incluidos todos los genes expresados de forma ubicua . Del uno al dos por ciento del genoma humano son grupos de CpG y existe una relación inversa entre la metilación de CpG y la actividad transcripcional. La metilación que contribuye a la herencia epigenética puede ocurrir mediante la metilación del ADN o la metilación de proteínas. Las metilaciones inadecuadas de genes humanos pueden provocar el desarrollo de enfermedades, [10] [11] incluido el cáncer. [12] [13]
En las abejas melíferas , la metilación del ADN se asocia con el empalme alternativo y la regulación genética según una investigación genómica funcional publicada en 2013. [14] Además, la metilación del ADN se asocia con cambios de expresión en genes inmunes cuando las abejas melíferas estaban bajo una infección viral letal. [15] Se han publicado varios artículos de revisión sobre los temas de la metilación del ADN en insectos sociales. [16] [17]
metilación del ARN
La metilación del ARN ocurre en diferentes especies de ARN, a saber. ARNt , ARNr , ARNm , ARNtm , ARNsn , ARNsno , miARN y ARN viral. Se emplean diferentes estrategias catalíticas para la metilación del ARN mediante una variedad de ARN-metiltransferasas. Se cree que la metilación del ARN existió antes que la metilación del ADN en las primeras formas de vida que evolucionaron en la Tierra. [18]
La N6-metiladenosina (m6A) es la modificación de metilación más común y abundante en las moléculas de ARN (ARNm) presentes en eucariotas. La 5-metilcitosina (5-mC) también se encuentra comúnmente en varias moléculas de ARN. Datos recientes sugieren fuertemente que la metilación del ARN m6A y 5-mC afecta la regulación de diversos procesos biológicos, como la estabilidad del ARN y la traducción del ARNm, [19] y que la metilación anormal del ARN contribuye a la etiología de las enfermedades humanas. [20]
En insectos sociales como las abejas melíferas, la metilación del ARN se estudia como un posible mecanismo epigenético subyacente a la agresión mediante cruces recíprocos. [21]
Metilación de proteínas
La metilación de proteínas normalmente tiene lugar en los residuos de aminoácidos de arginina o lisina en la secuencia de proteínas. [22] La arginina se puede metilar una vez (arginina monometilada) o dos veces, con ambos grupos metilo en un nitrógeno terminal ( dimetilarginina asimétrica ) o uno en ambos nitrógenos (dimetilarginina simétrica), mediante proteínas arginina metiltransferasas (PRMT). La lisina puede metilarse una, dos o tres veces mediante lisina metiltransferasas. La metilación de proteínas ha sido más estudiada en las histonas . La transferencia de grupos metilo de la S-adenosil metionina a las histonas está catalizada por enzimas conocidas como histonas metiltransferasas . Las histonas que están metiladas en ciertos residuos pueden actuar epigenéticamente para reprimir o activar la expresión genética. [23] [24] La metilación de proteínas es un tipo de modificación postraduccional .
Evolución
El metabolismo del metilo es muy antiguo y se puede encontrar en todos los organismos de la tierra, desde bacterias hasta humanos, lo que indica la importancia del metabolismo del metilo para la fisiología. [25] De hecho, la inhibición farmacológica de la metilación global en especies que van desde humanos, ratones, peces, moscas, lombrices intestinales, plantas, algas y cianobacterias causa los mismos efectos en sus ritmos biológicos, lo que demuestra funciones fisiológicas conservadas de la metilación durante la evolución. [26]
En Quimica
El término metilación en química orgánica se refiere al proceso de alquilación utilizado para describir la liberación de un grupo CH 3 . [27]
El método ofrece la ventaja de que los productos secundarios se eliminan fácilmente de la mezcla de productos. [37]
Metilación nucleofílica
La metilación a veces implica el uso de reactivos de metilo nucleófilos . Los agentes metilantes fuertemente nucleofílicos incluyen metillitio ( CH3Li ) [38] o reactivos de Grignard como el bromuro de metilmagnesio ( CH3MgX ) . [39] Por ejemplo, CH 3 Li agregará grupos metilo al carbonilo (C=O) de cetonas y aldehídos.:
^ Ragsdale, Stephen W. (2008). "Catálisis de transferencias de grupos metilo que implican tetrahidrofolato y B12". Ácido fólico y folatos . Vitaminas y hormonas. vol. 79, págs. 293–324. doi :10.1016/S0083-6729(08)00410-X. ISBN 978-0-12-374232-2. PMC 3037834 . PMID 18804699.
^ Thauer, RK, "Bioquímica de la metanogénesis: un tributo a Marjory Stephenson", Microbiología, 1998, volumen 144, páginas 2377-2406.
^ Timmers, compañero HA; Welte, Cornelia U.; Koehorst, Jasper J.; Plugge, Caroline M.; Jetten, Mike SM; Stams, Alfons JM (2017). "Metanogénesis inversa y respiración en arqueas metanotróficas". Arqueas . 2017 : 1–22. doi : 10.1155/2017/1654237 . hdl : 1822/47121 .
^ Clarke, Steven G. (2018). "El ribosoma: un punto caliente para la identificación de nuevos tipos de proteínas metiltransferasas". Revista de Química Biológica . 293 (27): 10438–10446. doi : 10.1074/jbc.AW118.003235 . PMC 6036201 . PMID 29743234.
^ Matthews, RG; Smith, AE; Zhou, ZS; Taurog, RE; Bandariano, V.; Evans, JC; Ludwig, M. (2003). "Metionina sintasas dependientes e independientes de cobalamina: ¿hay dos soluciones para el mismo problema químico?". Helvetica Chimica Acta . 86 (12): 3939–3954. doi :10.1002/hlca.200390329.
^ Styblo, M.; Del Razo, LM; Vega, L.; Germolec, DR; LeCluyse, EL; Hamilton, Georgia; Reed, W.; Wang, C.; Cullen, WR; Thomas, DJ (2000). "Toxicidad comparativa de arsenicales inorgánicos y metilados trivalentes y pentavalentes en células humanas y de rata". Archivos de Toxicología . 74 (6): 289–299. doi :10.1007/s002040000134. PMID 11005674. S2CID 1025140.
^ Tost J (2010). "Metilación del ADN: una introducción a la biología y los cambios asociados a enfermedades de un biomarcador prometedor". Mol Biotecnología . 44 (1): 71–81. doi :10.1007/s12033-009-9216-2. PMID 19842073. S2CID 20307488.
^ Lister R, Pelizzola M, Dowen RH, Hawkins RD, Hon G, Tonti-Filippini J, Nery JR, Lee L, Ye Z, Ngo QM, Edsall L, Antosiewicz-Bourget J, Stewart R, Ruotti V, Millar AH, Thomson JA, Ren B, Ecker JR (noviembre de 2009). "Los metilomas del ADN humano con resolución básica muestran diferencias epigenómicas generalizadas". Naturaleza . 462 (7271): 315–22. Código Bib :2009Natur.462..315L. doi : 10.1038/naturaleza08514. PMC 2857523 . PMID 19829295.
^ Stadler MB, Murr R, Burger L, Ivanek R, Lienert F, Schöler A, van Nimwegen E, Wirbelauer C, Oakeley EJ, Gaidatzis D, Tiwari VK, Schübeler D (diciembre de 2011). "Los factores de unión al ADN dan forma al metiloma del ratón en las regiones reguladoras distales". Naturaleza . 480 (7378): 490–5. doi : 10.1038/naturaleza11086 . PMID 22170606.
^ Rotondo JC, Selvatici R, Di Domenico M, Marci R, Vesce F, Tognon M, Martini F (septiembre de 2013). "La pérdida de metilación en el gen impreso H19 se correlaciona con la hipermetilación del promotor del gen de la metilentetrahidrofolato reductasa en muestras de semen de varones infértiles". Epigenética . 8 (9): 990–7. doi :10.4161/epi.25798. PMC 3883776 . PMID 23975186.
^ Rotondo JC, Bosi S, Bazzan E, Di Domenico M, De Mattei M, Selvatici R, Patella A, Marci R, Tognon M, Martini F (diciembre de 2012). "La hipermetilación del promotor del gen de la metilentetrahidrofolato reductasa en muestras de semen de parejas infértiles se correlaciona con el aborto espontáneo recurrente". Reproducción Humana . 27 (12): 3632–8. doi : 10.1093/humrep/des319 . hdl : 11392/1689715 . PMID 23010533.
^ Rotondo JC, Borghi A, Selvatici R, Magri E, Bianchini E, Montinari E, Corazza M, Virgili A, Tognon M, Martini F (2016). "Inactivación del gen IRF6 inducida por hipermetilación como posible evento temprano en la progresión del carcinoma de células escamosas de vulva asociado con liquen escleroso". JAMA Dermatología . 152 (8): 928–33. doi :10.1001/jamadermatol.2016.1336. PMID 27223861.
^ Rotondo JC, Borghi A, Selvatici R, Mazzoni E, Bononi I, Corazza M, Kussini J, Montinari E, Gafà R, Tognon M, Martini F (2018). "Asociación del gen β del receptor de ácido retinoico con la aparición y progresión del carcinoma de células escamosas de vulva asociado al liquen escleroso". JAMA Dermatología . 154 (7): 819–823. doi :10.1001/jamadermatol.2018.1373. PMC 6128494 . PMID 29898214.
^ Li-Byarlay, Hongmei; Li, Yang; Stroud, Hume; Feng, Suhua; Newman, Thomas C.; Kaneda, Megan; Hou, Kirk K.; Worley, Kim C.; Elsik, Christine G.; Wickline, Samuel A.; Jacobsen, Steven E.; Mamá, Jian; Robinson, Gene E. (30 de julio de 2013). "La eliminación de la interferencia de ARN de la ADN metiltransferasa 3 afecta el empalme alternativo de genes en la abeja". Procedimientos de la Academia Nacional de Ciencias . 110 (31): 12750–12755. Código Bib : 2013PNAS..11012750L. doi : 10.1073/pnas.1310735110 . PMC 3732956 . PMID 23852726.
^ Li-Byarlay, Hongmei; Boncristiani, Humberto; Howell, Gary; Herman, Jake; Clark, Lindsay; Strand, Micheline K.; Tarpy, David; Rueppell, Olav (24 de septiembre de 2020). "Dinámica transcriptómica y epigenómica de las abejas melíferas en respuesta a una infección viral letal". Fronteras en genética . 11 . doi : 10.3389/fgene.2020.566320 . PMC 7546774 . PMID 33101388.
^ Li-Byarlay, Hongmei (19 de mayo de 2016). "La función de las marcas de metilación del ADN en insectos sociales". Fronteras en ecología y evolución . 4 . doi : 10.3389/fevo.2016.00057 .
^ Wang, Ying; Li-Byarlay, Hongmei (2015). Mecanismos fisiológicos y moleculares de nutrición en las abejas melíferas . Avances en fisiología de insectos. vol. 49, págs. 25–58. doi :10.1016/bs.aiip.2015.06.002. ISBN978-0-12-802586-4.
^ Rana, Ajay K.; Ankri, Serge (6 de junio de 2016). "Reviviendo el mundo del ARN: una visión de la aparición de las ARN metiltransferasas". Fronteras en genética . 7 : 99. doi : 10.3389/fgene.2016.00099 . PMC 4893491 . PMID 27375676.
^ Choi, Junhong; Ieong, Ka-Weng; Demirci, Hasan; Chen, Jin; Petrov, Alexéi; Prabhakar, Arjun; O'Leary, Seán E; Dominissini, Dan; Rechavi, Gedeón; Soltis, S Michael; Ehrenberg, Mans; Puglisi, Joseph D (febrero de 2016). "La N6-metiladenosina en el ARNm altera la selección del ARNt y la dinámica de alargamiento de la traducción". Naturaleza Biología estructural y molecular . 23 (2): 110-115. doi :10.1038/nsmb.3148. PMC 4826618 . PMID 26751643.
^ Stewart, Kendal (15 de septiembre de 2017). "Prueba de metilación (MTHFR) y deficiencia de folato". Archivado desde el original el 12 de octubre de 2017 . Consultado el 11 de octubre de 2017 .
^ Bresnahan, Sean T.; Lee, Elena; Clark, Lindsay; Mamá, Rong; Rangel, Juliana; Grozinger, Cristina M.; Li-Byarlay, Hongmei (12 de junio de 2023). "Examen de los efectos de los padres de origen sobre la transcripción y la metilación del ARN en la mediación del comportamiento agresivo en las abejas melíferas (Apis mellifera)". Genómica BMC . 24 (1): 315. doi : 10.1186/s12864-023-09411-4 . PMC 10258952 . PMID 37308882.
^ Walsh, Christopher (2006). "Metilación de proteínas". Modificación postraduccional de proteínas: ampliación del inventario de la naturaleza . Editores de Roberts y compañía. págs. 121-149. ISBN978-0-9747077-3-0.
^ Grewal, Shiv ES; Rice, Judd C (junio de 2004). "Regulación de la heterocromatina por metilación de histonas y ARN pequeños". Opinión actual en biología celular . 16 (3): 230–238. doi :10.1016/j.ceb.2004.04.002. PMID 15145346.
^ Nakayama, Jun-ichi; Arroz, Judd C.; Strahl, Brian D.; Allis, C. David; Grewal, Shiv IS (6 de abril de 2001). "Papel de la metilación de la histona H3 lisina 9 en el control epigenético del ensamblaje de heterocromatina". Ciencia . 292 (5514): 110-113. Código Bib : 2001 Ciencia... 292.. 110N. doi :10.1126/ciencia.1060118. PMID 11283354.
^ Kozbial, Piotr Z; Mushegian, Arcady R (diciembre de 2005). "Historia natural de las proteínas de unión a S-adenosilmetionina". Biología estructural BMC . 5 (1): 19. doi : 10.1186/1472-6807-5-19 . PMC 1282579 . PMID 16225687.
^ Fustin, Jean-Michel; Sí, Shiqi; Rakers, Christin; Kaneko, Kensuke; Fukumoto, Kazuki; Yamano, Mayu; Versteven, Marijke; Grünewald, Ellen; Cargill, Samantha J.; Tamai, T. Katherine; Xu, Yao; Jabbur, María Luisa; Kojima, Rika; Lamberti, Melisa L.; Yoshioka-Kobayashi, Kumiko; Whitmore, David; Tamman, Stephanie; Howell, P. Lynne; Kageyama, Ryoichiro; Matsuo, Takuya; Stanewsky, Ralf; Golombek, Diego A.; Johnson, Carl Hirschie; Kakeya, Hideaki; van Ooijen, Gerben; Okamura, Hitoshi (6 de mayo de 2020). "La deficiencia de metilación altera los ritmos biológicos de las bacterias a los humanos". Biología de las Comunicaciones . 3 (1): 211. doi : 10.1038/s42003-020-0942-0 . PMC 7203018 . PMID 32376902.
^ "Sustitución aromática, nucleófila y organometálica". Química Orgánica Avanzada de marzo . 2006, págs. 853–933. doi :10.1002/9780470084960.ch13. ISBN978-0-471-72091-1.
^ Vyas, GN; Shah, Nuevo México (1951). "Éter monometílico de quininacetofenona". Síntesis orgánicas . 31 : 90. doi : 10.15227/orgsyn.031.0090.
^ Icke, Roland N.; Redemann, Ernst; Wisegarver, Burnett B.; Todos, Gordon A. (1949). "m-metoxibenzaldehído". Síntesis orgánicas . 29 : 63. doi : 10.15227/orgsyn.029.0063.
^ Tundo, Pietro; Selva, Mauricio; Bombén, Andrea (1999). "Mono-C-metilatión de arilacetonitrilos y arilacetatos de metilo por carbonato de dimetilo: un método general para la síntesis de ácidos 2-arilpropiónicos puros. Ácido 2-fenilpropiónico". Síntesis orgánicas . 76 : 169. doi : 10.15227/orgsyn.076.0169.
^ Nenad, Maraš; Polanc, Slovenko; Kočevar, Marijan (2008). "Metilación de fenoles asistida por microondas con cloruro de tetrametilamonio en presencia de K 2 CO 3 o Cs 2 CO 3 ". Tetraedro . 64 (51): 11618–11624. doi :10.1016/j.tet.2008.10.024.
^ Poon, Kevin WC; Albiniak, Philip A.; Dudley, Gregory B. (2007). "Protección de alcoholes mediante trifluorometanosulfanonato de 2-benciloxi-1-metilpiridinio: (R) - (-) -3-benciloxi-2-metilpropanoato de metilo". Síntesis orgánicas . 84 : 295. doi : 10.15227/orgsyn.084.0295.
^ Neeman, M.; Johnson, William S. (1961). "Colestanil metil éter". Síntesis orgánicas . 41 : 9. doi : 10.15227/orgsyn.041.0009.
^ Purdie, T.; Irvine, JC (1903). "C.? La alquilación de azúcares". Revista de la Sociedad Química, Transacciones . 83 : 1021-1037. doi :10.1039/CT9038301021.
^ Icke, Roland N.; Wisegarver, Burnett B.; Todos, Gordon A. (1945). "β-feniletildimetilamina". Síntesis orgánicas . 25 : 89. doi : 10.15227/orgsyn.025.0089.
^ Shioiri T, Aoyama T, Snowden T (2001). "Trimetilsilildiazometano". Enciclopedia de Reactivos para Síntesis Orgánica . Enciclopedia e-EROS de reactivos para síntesis orgánica . doi : 10.1002/047084289X.rt298.pub2. ISBN978-0-471-93623-7.
^ Lipsky, Sharon D.; Salón, Stan S. (1976). "Hidrocarburos aromáticos de cetonas y aldehídos aromáticos: 1,1-difeniletano". Síntesis orgánicas . 55 : 7. doi : 10.15227/orgsyn.055.0007.
^ Grummitt, Oliver; Becker, Ernesto I. (1950). "trans-1-fenil-1,3-butadieno". Síntesis orgánicas . 30 : 75. doi : 10.15227/orgsyn.030.0075.
^ Negishi, Eiichi; Matsushita, Hajime (1984). "Síntesis catalizada por paladio de 1,4-dienos mediante alilación de alquenialano: α-farneseno". Síntesis orgánicas . 62 : 31. doi : 10.15227/orgsyn.062.0031.
^ Wienken CJ, Baaske P, Duhr S, Braun D (2011). "Las curvas de fusión termoforética cuantifican la conformación y estabilidad del ARN y el ADN". Investigación de ácidos nucleicos . 39 (8): e52. doi : 10.1093/nar/gkr035. PMC 3082908 . PMID 21297115.
enlaces externos
Wikimedia Commons tiene medios relacionados con la metilación .
Busque metilación en Wikcionario, el diccionario gratuito.
deltaMasses Detección de metilaciones después de espectrometría de masas