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lipoil sintasa

Esta imagen muestra la estructura cristalina de la lipoil sintasa de M. tuberculosis. Las 11 hélices α se muestran en rojo y las 7 láminas β se muestran en azul. El cofactor DTV se muestra en amarillo. Los dos grupos [4Fe-4S] se muestran como estructuras cúbicas dentro de la enzima. Código PBD: 5EXI

La lipoil sintasa es una enzima que pertenece a la familia radical SAM ( S -adenosil metionina ). Dentro de la superfamilia radical SAM, la lipoil sintasa pertenece a una subfamilia de enzimas que catalizan reacciones de inserción de azufre. Las enzimas de esta subfamilia se diferencian de las enzimas SAM radicales generales, ya que contienen dos grupos 4Fe-4S . De estos grupos, las enzimas obtienen los grupos de azufre que serán transferidos a los sustratos correspondientes. [1] Esta enzima en particular participa en el paso final del metabolismo del ácido lipoico , transfiriendo dos átomos de azufre de su grupo 4Fe-4S a la proteína N 6 -(octanoil)lisina mediante la generación de radicales . Esta enzima suele localizarse en las mitocondrias . Dos organismos que han sido ampliamente estudiados con respecto a esta enzima son Escherichia coli y Mycobacterium tuberculosis . Actualmente se está estudiando en otros organismos, incluidos levaduras, plantas y humanos.

Nomenclatura

El nombre sistemático de esta clase de enzimas es proteína N6-(octanoil)lisina:azufre sulfurtransferasa . Otros nombres de uso común incluyen:

Estructura

La longitud de la secuencia de la lipoil sintasa de M. tuberculosis es de aproximadamente 331 aminoácidos. La estructura se compone de 11 hélices α y 7 láminas β, con múltiples estructuras de bucle que conectan los otros componentes. Los dos grupos [4Fe-4S] están ubicados dentro de la estructura y aparecen en forma cúbica tridimensional. Una molécula de DTV ((2S,3S)-1,4-Dimercaptobutano-2,3-diol), más comúnmente conocida como DTT ( ditiotreitol ), también está presente dentro de la estructura. Esta molécula se encarga de proteger los grupos tiol de la oxidación. La molécula también está rodeada de moléculas de agua, que forman enlaces de hidrógeno con residuos laterales para estabilizar la estructura. Se muestra la estructura de la enzima.

Mecanismo de la lipoil sintasa.

Esta imagen muestra el grupo auxiliar [4Fe-4S] agregando azufre a un residuo de lisina que es parte de la proteína. Esto hace que el grupo se convierta en [4Fe-3S] y se forme la lisina modificada (etiquetada como XOK). También se muestra la 5'-desoxiadenosina, junto con los residuos de cisteína coordinados. Código PBD: 5EXK

Como se mencionó anteriormente, la lipoil sintasa es miembro de una subfamilia de la familia de enzimas radicales SAM (S-adenosil metionina), que utiliza un cofactor de grupo [4Fe-4S] . Esta enzima utiliza este cofactor para producir el radical 5'-desoxiadenosil 5' (5'-dA). [2] La propia lipoil sintasa utiliza este radical para extraer hidrógenos de los carbonos 6 y 8 del sustrato de la proteína N 6 (octanoil) lisina. Luego, dos azufres de uno de los dos grupos [4Fe-4S] de la lipoil sintasa, conocidos como grupo auxiliar, se unen a los carbonos 6.º y 8.º en lugar de los hidrógenos extraídos. El sustrato de la proteína N6-(octanoil)lisina se convierte luego en la proteína N 6 -(lipoil)lisina. La figura de la derecha muestra la lisina interactuando con el grupo auxiliar para agregar un azufre, que luego se convierte en un grupo [4Fe-3S]. El otro grupo [4Fe-4S] está coordinado por el motivo radical SAM de la enzima (CxxxCxxC) y participa en la química característica del radical SAM para activar el sustrato para la posterior inserción de azufre. [3] Los tres sustratos de esta enzima son N6-(octanoil)lisina, azufre y S-adenosil-L-metionina . Los tres productos son N6-(lipoil)lisina, L-metionina y 5'-desoxiadenosina . A continuación se muestra la reacción general catalizada por la lipoil sintasa, con las estructuras de cada sustrato y producto.

Esta imagen muestra la reacción catalizada por enzima que involucra a la lipoil sintasa. La lisina es un residuo que forma parte de la columna vertebral polipeptídica de la proteína. Las moléculas de azufre provienen del grupo auxiliar [4Fe-4S].

Importancia de la lipoil sintasa

Esta enzima participa en el metabolismo del ácido lipoico , donde realiza el paso final en la biosíntesis del ácido lipoico. El ácido lipoico es un cofactor que tiene diferentes funciones dentro de diferentes organismos. [4] La generación de ácido lipoico en las células de levadura aumenta el número de divisiones en las células y también las protege del peróxido de hidrógeno. [5] El ácido lipoico es un cofactor importante en muchos sistemas enzimáticos, y uno de ellos es el complejo piruvato deshidrogenasa . [6] Los estudios que reprimieron la función de la lipoil sintasa en las semillas de Arabidopsis thaliana demostraron que esto no tuvo efectos adversos sobre el crecimiento y el peso de las semillas, pero acortó el tiempo de generación y el tiempo de floración de las plantas. La represión dio como resultado tiempos de floración más tempranos y disminuyó los tiempos de generación entre semillas en casi un 10%. [7]

Posibles efectos secundarios de la lipoil sintasa en plantas.

Se ha descubierto que la sobreexpresión de esta enzima en plantas de girasol eventualmente secuestra la cantidad de SAM presente en plantas transgénicas de Arabidopsis . SAM es una molécula que también se requiere en otros complejos enzimáticos que se encuentran en esta planta, así como en la estructura general de la planta, por lo que este secuestro puede causar una reducción en la biosíntesis de ácidos grasos en las semillas de Arabidopsis . [8]

Referencias

  1. ^ McLaughlin MI, Lanz ND, Goldman PJ, Lee KH, Booker SJ, Drennan CL (agosto de 2016). "Instantáneas cristalográficas de la inserción de azufre por lipoil sintasa". Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 113 (34): 9446–50. doi : 10.1073/pnas.1602486113 . PMC  5003258 . PMID  27506792.
  2. ^ Banco, datos de proteínas RCSB. "RCSB PDB - 5EXI: Estructura cristalina de la lipoil sintasa de M. tuberculosis con una resolución de 2,28 A". www.rcsb.org . Consultado el 10 de mayo de 2023 .
  3. ^ Jarrett JT (febrero de 2015). "La biosíntesis de cofactores y metabolitos secundarios que contienen tiol y tioéter catalizada por enzimas radicales S-adenosilmetionina". La Revista de Química Biológica . 290 (7): 3972–9. doi : 10.1074/jbc.R114.599308 . PMC 4326807 . PMID  25477512. 
  4. ^ "InterPro". www.ebi.ac.uk. ​Consultado el 20 de abril de 2020 .
  5. ^ Della Croce C, Bronzetti G, Cini M, Caltavuturo L, Poi G (1 de octubre de 2003). "Efecto protector del ácido lipoico contra el peróxido de hidrógeno en células de levadura". Toxicología in Vitro . Duodécimo Taller Internacional sobre Toxicología In Vitro. 17 (5–6): 753–9. doi :10.1016/j.tiv.2003.06.001. PMID  14599473.
  6. ^ "Ácido lipoico". Instituto Linus Pauling . 28 de abril de 2014 . Consultado el 20 de abril de 2020 .
  7. ^ Zou J, Qi Q, Katavic V, Marillia EF, Taylor DC (diciembre de 1999). "Efectos de la represión antisentido de un ADNc de piruvato deshidrogenasa quinasa de Arabidopsis thaliana en el desarrollo de la planta". Biología Molecular Vegetal . 41 (6): 837–49. doi :10.1023/a:1006393726018. OCLC  672002645. PMID  10737148. S2CID  8099883.
  8. ^ Martins-Noguerol R, Moreno-Pérez AJ, Sebastien A, Troncoso-Ponce MA, Garcés R, Thomasset B, et al. (febrero de 2020). "Impacto de la expresión de genes de lipoil sintasas plastidiales de girasol (Helianthus annuus L.) en la composición de glicerolípidos de plantas transgénicas de Arabidopsis". Informes científicos . 10 (1): 3749. Código bibliográfico : 2020NatSR..10.3749M. doi :10.1038/s41598-020-60686-z. PMC 7048873 . PMID  32111914.