En 1548, cuando sólo tenía 15 años, se sospechó que Isabel había aceptado de manera ilegal casarse con Thomas Seymour.
La casa y los criados fueron encerrados por el agente del rey Eduardo VI, Robert Tyrwhit, e Isabel fue interrogada allí.
Tras haber pasado dos meses encerrada en la torre de Londres por su hermana, la reina María I, Isabel volvió a Hatfield.
Cecil derribó tres de las alas del palacio en 1608 y usó los ladrillos para construir la edificación actual.
En la biblioteca se muestra un pergamino en el que aparece la genealogía de la reina Isabel con sus antepasados hasta Adán y Eva.