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MODELADOR

Modeller , a menudo estilizado como MODELLER , es un programa informático utilizado para el modelado de homología para producir modelos de estructuras terciarias y cuaternarias de proteínas (menos frecuentes). [2] [3] Implementa un método inspirado en la espectroscopia de resonancia magnética nuclear de proteínas (RMN de proteínas), denominado satisfacción de restricciones espaciales , mediante el cual se utiliza un conjunto de criterios geométricos para crear una función de densidad de probabilidad para la ubicación de cada átomo en la proteína. El método se basa en una alineación de secuencia de entrada entre la secuencia de aminoácidos objetivo que se va a modelar y una proteína plantilla cuya estructura se ha resuelto.

El programa también incorpora funciones limitadas para la predicción de la estructura ab initio de las regiones de bucle de las proteínas, que a menudo son muy variables incluso entre proteínas homólogas y, por lo tanto, difíciles de predecir mediante modelos de homología.

Modeller fue escrito originalmente y actualmente es mantenido por Andrej Sali en la Universidad de California, San Francisco . [4] Se ejecuta en los sistemas operativos Unix , Linux , macOS y Windows . Es un software gratuito para uso académico. Las interfaces gráficas de usuario (GUI) y las versiones comerciales son distribuidas por Accelrys . El servidor web de modelado comparativo de la estructura de proteínas ModWeb se basa en Modeller y otras herramientas para el modelado automático de la estructura de proteínas, con una opción para depositar los modelos resultantes en ModBase . Debido a la popularidad de Modeller, hay disponibles varias GUI de terceros para MODELLER:

Véase también

Referencias

  1. ^ "Novedades de MODELLER". salilab.org . Consultado el 2 de noviembre de 2022 .
  2. ^ Fiser A, Sali A (2003). "Modeller: Generación y refinamiento de modelos de estructura de proteínas basados ​​en homología". Cristalografía macromolecular, parte D. Métodos en enzimología. Vol. 374. págs. 461–91. doi :10.1016/S0076-6879(03)74020-8. ISBN 9780121827779. Número PMID  14696385.
  3. ^ Martí-Renom MA, Stuart AC, Fiser A, Sánchez R, Melo F, Sali A (2000). "Modelado comparativo de estructuras proteicas de genes y genomas". Estructura Annu Rev Biophys Biomol . 29 : 291–325. doi :10.1146/annurev.biophys.29.1.291. PMID  10940251.
  4. ^ Sali A, Blundell TL (diciembre de 1993). "Modelado comparativo de proteínas mediante la satisfacción de restricciones espaciales". J. Mol. Biol . 234 (3): 779–815. doi :10.1006/jmbi.1993.1626. PMID  8254673.
  5. ^ Kuntal, BK, Aparoy, P. y Reddanna, P. (2010). EasyModeller: una interfaz gráfica para MODELLER. Notas de investigación de BMC, 3(1), 1.
  6. ^ Janson G, Zhang C, Prado MG, Paiardini A (2017). "PyMod 2.0: mejoras en el análisis de la estructura de la secuencia de proteínas y el modelado de homología dentro de PyMOL". Bioinformática . 33 (3): 444–446. doi : 10.1093/bioinformatics/btw638 . PMID  28158668.
  7. ^ Bramucci E, Paiardini A, Bossa F, Pascarella S (2012). "PyMod: búsquedas de similitud de secuencias, alineaciones múltiples de secuencia-estructura y modelado de homología dentro de PyMOL". BMC Bioinformatics . 13 (Supl 4): S2. doi : 10.1186/1471-2105-13-S4-S2 . PMC 3303726 . PMID  22536966. 
  8. ^ Parida BK, Panda PK, Misra N, Mishra BK (2015). "MaxMod: una nueva interfaz basada en un modelo oculto de Markov para MODELLER para mejorar la predicción de modelos 3D de proteínas". Journal of Molecular Modeling . 21 (2): 1–10. doi :10.1007/s00894-014-2563-3. PMID  25636267. S2CID  30626573.

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