Esta lista de software de predicción de estructuras de proteínas resume las herramientas de software utilizadas notables en la predicción de estructuras de proteínas , incluido el modelado de homología , el enhebrado de proteínas , los métodos ab initio , la predicción de estructuras secundarias y la predicción de hélices transmembrana y péptidos señal.
A continuación se muestra una lista que separa los programas según el método utilizado para la predicción de estructuras.
La lista detallada de programas se puede encontrar en Lista de programas de predicción de estructuras secundarias de proteínas.