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Glicómica

La glicómica es el estudio integral de los glicomas [1] (el conjunto completo de azúcares , ya sean libres o presentes en moléculas más complejas de un organismo ), incluidos los aspectos genéticos, fisiológicos, patológicos y otros. [2] [3] La glicómica "es el estudio sistemático de todas las estructuras de glicanos de un tipo de célula u organismo determinado" y es un subconjunto de la glicobiología . [4] El término glicómica se deriva del prefijo químico para dulzura o un azúcar, "glico-", y se formó para seguir la convención de nomenclatura ómica establecida por la genómica (que se ocupa de los genes ) y la proteómica (que se ocupa de las proteínas ).

Desafíos

Esta área de investigación tiene que lidiar con un nivel inherente de complejidad que no se ve en otras áreas de la biología aplicada. [5] 68 bloques de construcción (moléculas para ADN, ARN y proteínas; categorías para lípidos; tipos de enlaces de azúcar para sacáridos) proporcionan la base estructural para la coreografía molecular que constituye toda la vida de una célula. El ADN y el ARN tienen cuatro bloques de construcción cada uno (los nucleósidos o nucleótidos ). Los lípidos se dividen en ocho categorías basadas en cetoacilo e isopreno . Las proteínas tienen 20 (los aminoácidos ). Los sacáridos tienen 32 tipos de enlaces de azúcar. [6] Si bien estos bloques de construcción se pueden unir solo linealmente para proteínas y genes, se pueden organizar en una matriz ramificada para sacáridos, lo que aumenta aún más el grado de complejidad.

A esto se suma la complejidad de las numerosas proteínas implicadas, no sólo como transportadoras de carbohidratos, las glicoproteínas , sino proteínas específicamente implicadas en la unión y reacción con los carbohidratos:

Importancia

Para responder a esta pregunta es necesario conocer las diferentes e importantes funciones de los glicanos. Algunas de ellas son las siguientes:

Existen importantes aplicaciones médicas de aspectos de la glicómica:

La glicómica es particularmente importante en microbiología porque los glicanos desempeñan diversas funciones en la fisiología bacteriana. [7] La ​​investigación en glicómica bacteriana podría conducir al desarrollo de:

Herramientas utilizadas

Los siguientes son ejemplos de las técnicas comúnmente utilizadas en el análisis de glicanos [4] [5]

Espectrometría de masas de alta resolución (MS) y cromatografía líquida de alto rendimiento (HPLC)

Los métodos más comúnmente aplicados son MS y HPLC , en los que la parte de glicano se escinde enzimática o químicamente del objetivo y se somete a análisis. [8] En el caso de los glicolípidos, se pueden analizar directamente sin separación del componente lipídico.

Los N- glicanos de las glicoproteínas se analizan rutinariamente mediante cromatografía líquida de alto rendimiento (HPLC de fase inversa, fase normal y de intercambio iónico) después de marcar el extremo reductor de los azúcares con un compuesto fluorescente (marcado reductor). [9] En los últimos años se han introducido una gran variedad de etiquetas diferentes, donde la 2-aminobenzamida (AB), el ácido antranílico (AA), la 2-aminopiridina (PA), la 2-aminoacridona (AMAC) y la 3-(acetilamino)-6-aminoacridina (AA-Ac) son solo algunas de ellas. [10]

Los O- glicanos generalmente se analizan sin ninguna etiqueta, debido a que las condiciones de liberación química impiden que se etiqueten. [11]

Los glicanos fraccionados de los instrumentos de cromatografía líquida de alta resolución (HPLC) se pueden analizar más a fondo mediante MALDI -TOF-MS(MS) para obtener más información sobre la estructura y la pureza. A veces, los grupos de glicanos se analizan directamente mediante espectrometría de masas sin prefraccionamiento, aunque la discriminación entre las estructuras isobáricas de los glicanos es más difícil o incluso no siempre posible. De todos modos, el análisis directo mediante MALDI -TOF-MS puede conducir a una ilustración rápida y sencilla del grupo de glicanos. [12]

En los últimos años, la cromatografía líquida de alto rendimiento en línea acoplada a la espectrometría de masas se ha vuelto muy popular. Al elegir carbón grafítico poroso como fase estacionaria para la cromatografía líquida, se pueden analizar incluso glicanos no derivatizados. La ionización por electrospray ( ESI ) se utiliza con frecuencia para esta aplicación. [13] [14] [15]

Monitoreo de reacciones múltiples (MRM)

Aunque la MRM se ha utilizado ampliamente en metabolómica y proteómica, su alta sensibilidad y respuesta lineal en un amplio rango dinámico la hacen especialmente adecuada para la investigación y el descubrimiento de biomarcadores de glucanos. La MRM se realiza en un instrumento de triple cuadrupolo (QqQ), que está configurado para detectar un ion precursor predeterminado en el primer cuadrupolo, un ion fragmentado en el cuadrupolo de colisión y un ion fragmento predeterminado en el tercer cuadrupolo. Es una técnica sin escaneo, en la que cada transición se detecta individualmente y la detección de múltiples transiciones ocurre simultáneamente en ciclos de trabajo. Esta técnica se está utilizando para caracterizar el glicoma inmunitario. [16] [17] [18]

Tabla 1 : Ventajas y desventajas de la espectrometría de masas en el análisis de glicanos

Matrices

Las matrices de lectinas y anticuerpos permiten realizar un cribado de alto rendimiento de muchas muestras que contienen glicanos. Este método utiliza lectinas naturales o anticuerpos monoclonales artificiales , ambos inmovilizados en un chip determinado e incubados con una muestra de glicoproteína fluorescente.

Las matrices de glicanos, como la que ofrecen el Consorcio para la Glicómica Funcional y Z Biotech LLC, contienen compuestos de carbohidratos que pueden analizarse con lectinas o anticuerpos para definir la especificidad de los carbohidratos e identificar ligandos.

Marcaje metabólico y covalente de glicanos

El marcaje metabólico de los glicanos se puede utilizar como una forma de detectar las estructuras de los glicanos. Una estrategia bien conocida implica el uso de azúcares marcados con azida que se pueden hacer reaccionar mediante la ligación de Staudinger . Este método se ha utilizado para la obtención de imágenes in vitro e in vivo de los glicanos.

Herramientas para glicoproteínas

La cristalografía de rayos X y la espectroscopia de resonancia magnética nuclear (RMN) para el análisis estructural completo de glicanos complejos es un campo difícil y complejo. Sin embargo, la estructura del sitio de unión de numerosas lectinas , enzimas y otras proteínas que se unen a los carbohidratos ha revelado una amplia variedad de la base estructural para la función de los glicanos. La pureza de las muestras de prueba se ha obtenido mediante cromatografía ( cromatografía de afinidad, etc.) y electroforesis analítica ( PAGE (electroforesis de poliacrilamida) , electroforesis capilar , electroforesis de afinidad , etc.).

Software y bases de datos

Existen varios programas y bases de datos en línea disponibles para la investigación glicómica, entre ellos:

Véase también

Referencias

  1. ^ Rudd, Pauline; Karlsson, Niclas G.; Khoo, Kay-Hooi; Packer, Nicolle H. (2017). "Capítulo 51: Glicómica y glicoproteómica". En Varki, Ajit (ed.). Fundamentos de glicobiología (tercera edición). Cold Spring Harbor, Nueva York. ISBN 9781621821328.{{cite book}}: Mantenimiento de CS1: falta la ubicación del editor ( enlace )
  2. ^ Aoki-Kinoshita KF; Lewitter, Fran (mayo de 2008). Lewitter, Fran (ed.). "Introducción a la bioinformática para la investigación en glicómica". PLOS Comput. Biol . 4 (5): e1000075. Bibcode :2008PLSCB...4E0075A. doi : 10.1371/journal.pcbi.1000075 . PMC 2398734 . PMID  18516240. 
  3. ^ Srivastava S (mayo de 2008). "Hazte a un lado, proteómica; aquí viene la glicómica". J. Proteome Res . 7 (5): 1799. doi :10.1021/pr083696k. PMID  18509903.
  4. ^ Fundamentos de glicobiología (2.ª ed.). Cold Spring Harbor Laboratory Press. 2009. ISBN 978-087969770-9.
  5. ^ ab Aizpurua-Olaizola, O.; Toraño, J. Sastre; Falcon-Perez, JM; Williams, C.; Reichardt, N.; Boons, G.-J. (2018). "Espectrometría de masas para el descubrimiento de biomarcadores de glicanos". TrAC Trends in Analytical Chemistry . 100 : 7–14. doi :10.1016/j.trac.2017.12.015. hdl : 1874/364403 .
  6. ^ Artículo de noticias de la UCSD: ¿68 moléculas son la clave para comprender las enfermedades?, publicado el 3 de septiembre de 2008
  7. ^ Reid, Christopher W. (2012). Glicómica bacteriana: investigación, tecnología y aplicaciones actuales . Norfolk, Reino Unido: Caister Academic Press . ISBN 978-1-904455-95-0.
  8. ^ Wada Y, Azadi P, Costello CE, et al. (abril de 2007). "Comparación de los métodos para la elaboración de perfiles de glicanos de glicoproteína: estudio multiinstitucional HUPO Human Disease Glycomics/Proteome Initiative". Glycobiology . 17 (4): 411–22. doi : 10.1093/glycob/cwl086 . PMID  17223647.
  9. ^ Hase S, Ikenaka T, Matsushima Y (noviembre de 1978). "Análisis de la estructura de oligosacáridos mediante el marcado de los azúcares del extremo reductor con un compuesto fluorescente". Biochem. Biophys. Res. Commun . 85 (1): 257–63. doi :10.1016/S0006-291X(78)80037-0. PMID  743278.
  10. ^ Pabst M, Kolarich D, Pöltl G, et al. (enero de 2009). "Comparación de marcadores fluorescentes para oligosacáridos e introducción de un nuevo método de purificación posterior al marcado". Anal. Biochem . 384 (2): 263–73. doi :10.1016/j.ab.2008.09.041. PMID  18940176.
  11. ^ Karlsson, Niclas G.; Jin, Chunsheng; Rojas-Macías, Miguel A.; Adamczyk, Bárbara (2017). "Glicómicos ligados a O de próxima generación". Tendencias en Glicociencia y Glicotecnología . 299 (166): E35-E46. doi : 10.4052/tigg.1602.1E .
  12. ^ Harvey DJ, Bateman RH, Bordoli RS, Tyldesley R (2000). "Ionización y fragmentación de glicanos complejos con un espectrómetro de masas de tiempo de vuelo cuadrupolo equipado con una fuente de iones de ionización/desorción láser asistida por matriz". Rapid Commun. Mass Spectrom . 14 (22): 2135–42. Bibcode :2000RCMS...14.2135H. doi :10.1002/1097-0231(20001130)14:22<2135::AID-RCM143>3.0.CO;2-#. PMID  11114021.
  13. ^ Schulz, BL; Packer NH, NH; Karlsson, NG (diciembre de 2002). "Análisis a pequeña escala de oligosacáridos O-ligados de glicoproteínas y mucinas separadas por electroforesis en gel". Anal. Chem . 74 (23): 6088–97. doi :10.1021/ac025890a. PMID  12498206.
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  16. ^ Flowers, SA; Lane, CS; Karlsson, NG (11 de julio de 2019). "Descifrado de isómeros con un método de monitoreo de reacción múltiple para el repertorio completo de o -glicanos detectables del candidato terapéutico, lubricina". Química analítica . 91 (15): 9819–9827. doi :10.1021/acs.analchem.9b01485. PMID  31246420. S2CID  195759019.
  17. ^ Maverakis E, Kim K, Shimoda M, Gershwin M, Patel F, Wilken R, Raychaudhuri S, Ruhaak LR, Lebrilla CB (2015). "Glicanos en el sistema inmunológico y la teoría de los glicanos alterados de la autoinmunidad". J Autoimmun . 57 (6): 1–13. doi :10.1016/j.jaut.2014.12.002. PMC 4340844 . PMID  25578468. 
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