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Base de datos UniCarb

UniCarb-DB [1] es una base de datos estructural y espectrométrica de masas utilizada en glicomics . UniCarb-DB proporciona más de 1000 espectros LC-MS/MS para glicanos N y O liberados de glicoproteínas que fueron anotados manualmente. Cada entrada contiene referencias a trabajos publicados, información sobre la estructura, número de acceso de GlyToucan, fragmentación MS/MS con listas de picos completas, contextos biológicos y metadatos experimentales. [ 2] La base de datos fue creada por una colaboración entre la Universidad de Gotemburgo y la Universidad Macquarie [3] [4] y desde noviembre de 2016 está alojada por el Instituto Suizo de Bioinformática . La base de datos es la primera en implementar el estándar de información mínima MIRAGE ( Información mínima requerida sobre un experimento de glicomics ) para el envío de datos de MS/MS de glicomics a la base de datos. [5]

Referencias

  1. ^ "UniCarb-DB". unicarb-db.expasy.org . Consultado el 14 de noviembre de 2016 .
  2. ^ Lisacek, Frederique; Mariethoz, Julien; Alocci, Davide; Rudd, Pauline M.; Abrahams, Jodie L.; Campbell, Matthew P.; Packer, Nicolle H.; Ståhle, Jonas; Widmalm, Göran (1 de enero de 2017). "Bases de datos y herramientas asociadas para la glicómica y la glicoproteómica". En Lauc, Gordan; Wuhrer, Manfred (eds.). Glicómica y glicoproteómica de alto rendimiento . Métodos en biología molecular. Vol. 1503. Springer Nueva York. págs. 235–264. doi :10.1007/978-1-4939-6493-2_18. ISBN 9781493964918. Número de identificación personal  27743371.
  3. ^ Campbell, Matthew P.; Nguyen-Khuong, Terry; Hayes, Catherine A.; Flowers, Sarah A.; Alagesan, Kathirvel; Kolarich, Daniel; Packer, Nicolle H.; Karlsson, Niclas G. (1 de enero de 2014). "Validación del proceso de curación de UniCarb-DB: creación de un repositorio MS/MS de referencia global de glicanos". Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Proteínas y proteómica . 1844 (1 Pt A): 108–116. doi :10.1016/j.bbapap.2013.04.018. ISSN  0006-3002. PMID  23624262.
  4. ^ Hayes, Catherine A.; Karlsson, Niclas G.; Struwe, Weston B.; Lisacek, Frederique; Rudd, Pauline M.; Packer, Nicolle H.; Campbell, Matthew P. (1 de mayo de 2011). "UniCarb-DB: un recurso de base de datos para el descubrimiento glicómico". Bioinformática . 27 (9): 1343–1344. doi : 10.1093/bioinformatics/btr137 . ISSN  1367-4811. PMID  21398669.
  5. ^ Rojas-Macías, Miguel A.; Mariethoz, Julien; Andersson, Pedro; Jin, Chunsheng; Venkatakrishnan, Vignesh; Aoki, Nobuyuki P.; Shinmachi, Daisuke; Ashwood, Christopher; Madunic, Katarina (27 de agosto de 2018). "Flujo de trabajo electrónico para el registro de datos espectrométricos de masas glucómicas de conformidad con las directrices de presentación de informes". bioRxiv . doi : 10.1101/401141 .

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