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Euryarchaeota

Euryarchaeota (del griego antiguo εὐρύς eurús, "ancho, ancho") es un reino de arqueas . [3] Euryarchaeota es muy diversa e incluye metanógenos , que producen metano y se encuentran a menudo en los intestinos; halobacterias , que sobreviven a concentraciones extremas de sal ; y algunos aerobios y anaerobios extremadamente termófilos , que generalmente viven a temperaturas entre 41 y 122 °C. Se separan de las otras arqueas basándose principalmente en secuencias de ARNr y su ADN polimerasa única. [4]

Descripción

Los euryarchaeota son diversos en apariencia y propiedades metabólicas. El filo contiene organismos de una variedad de formas, incluyendo tanto bastones como cocos . Los euryarchaeota pueden parecer grampositivos o gramnegativos dependiendo de si hay pseudomureína presente en la pared celular. [5] Los euryarchaeota también demuestran diversos estilos de vida, incluyendo metanógenos, halófilos, reductores de sulfato y termófilos extremos en cada uno. [5] Otros viven en el océano, suspendidos con plancton y bacterias. Aunque estos euryarchaeota marinos son difíciles de cultivar y estudiar en un laboratorio, la secuenciación genómica sugiere que son heterótrofos móviles . [6]

Aunque anteriormente se pensaba que los euryarchaeota solo vivían en ambientes extremos (en términos de temperatura, contenido de sal y/o pH), un artículo de Korzhenkov et al publicado en enero de 2019 mostró que los euryarchaeota también viven en ambientes moderados, como ambientes ácidos de baja temperatura. En algunos casos, los euryarchaeota superaron en número a las bacterias presentes. [7] También se han encontrado euryarchaeota en otros ambientes moderados como manantiales de agua, pantanos, suelo y rizosferas . [8] Algunos euryarchaeota son muy adaptables; un orden llamado Halobacteriales se encuentra generalmente en ambientes extremadamente salados y ricos en azufre, pero también puede crecer en concentraciones de sal tan bajas como la del agua de mar 2,5%. [8] En las rizosferas, la presencia de euryarchaeota parece depender de la de los hongos micorrízicos ; Una mayor población de hongos se correlacionó con una mayor frecuencia y diversidad de euryarchaeota, mientras que la ausencia de hongos micorrízicos se correlacionó con la ausencia de euryarchaeota. [8]

Reemplazo fallido

En 2022, se introdujo el reino propuesto Methanobacteriati para reemplazar a Euryarchaeota, que se consideraba taxonómicamente inválido. [9]

Filogenia

La taxonomía actualmente aceptada se basa en la Lista de nombres procariotas con posición en la nomenclatura (LPSN) [10] y el Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI) [11].

Otros análisis filogenéticos han sugerido que las arqueas del clado DPANN también pueden pertenecer a Euryarchaeota y que incluso pueden ser un grupo polifilético que ocupa diferentes posiciones filogenéticas dentro de Euryarchaeota. También se debate si el filo Altiarchaeota debe clasificarse en DPANN o Euryarchaeota. [15] A continuación se grafica un cladograma que resume esta propuesta. [16] [17] Los grupos marcados entre comillas son linajes asignados a DPANN, pero filogenéticamente separados del resto.

Una tercera filogenia, 53 proteínas marcadoras basadas en GTDB 08-RS214. [18] [19] [20]

Véase también

Referencias

  1. ^ Woese CR, Kandler O, Wheelis ML (junio de 1990). "Hacia un sistema natural de organismos: propuesta para los dominios Archaea, Bacteria y Eucarya". Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 87 (12): 4576–9. Bibcode :1990PNAS...87.4576W. doi : 10.1073/pnas.87.12.4576 . PMC  54159 . PMID  2112744.
  2. ^ Castelle CJ, Banfield JF (2018). "Nuevos grupos microbianos importantes amplían la diversidad y alteran nuestra comprensión del árbol de la vida". Cell . 172 (6): 1181–1197. doi : 10.1016/j.cell.2018.02.016 . PMID  29522741.
  3. ^ Hogan CM (2010). E. Monosson, C. Cleveland (eds.). "Archaea". Enciclopedia de la Tierra . Consejo Nacional para la Ciencia y el Medio Ambiente . Consultado el 18 de agosto de 2017 .
  4. ^ Lincoln SA, Wai B, Eppley JM, Church MJ, Summons RE, DeLong EF (julio de 2014). "Los euryarchaeota planctónicos son una fuente significativa de lípidos tetraeterizados de arqueas en el océano". Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 111 (27): 9858–63. Bibcode :2014PNAS..111.9858L. doi : 10.1073/pnas.1409439111 . PMC 4103328 . PMID  24946804. 
  5. ^ ab Garrity GM, Holt JG (2015). "Euryarchaeota phy. nov." En Whitman WB (ed.). Manual de sistemática de arqueas y bacterias de Bergey . John Wiley & Sons . doi :10.1002/9781118960608. ISBN 9781118960608.
  6. ^ Iverson V, Morris RM, Frazar CD, Berthiaume CT, Morales RL, Armbrust EV (febrero de 2012). "Desenredando genomas de metagenomas: revelando una clase no cultivada de Euryarchaeota marina". Science . 335 (6068): 587–90. Bibcode :2012Sci...335..587I. doi :10.1126/science.1212665. PMID  22301318. S2CID  31381073.
  7. ^ Korzhenkov AA, Toshchakov SV, Bargiela R, Gibbard H, Ferrer M, Teplyuk AV, Jones DL, Kublanov IV, Golyshin PN, Golyshina OV (enero de 2019). "Las arqueas dominan la comunidad microbiana en un ecosistema con temperatura baja a moderada y acidez extrema". Microbioma . 7 (1): 11. doi : 10.1186/s40168-019-0623-8 . PMC 6350386 . PMID  30691532. 
  8. ^ abc Bomberg M, Timonen S (octubre de 2007). "Distribución de cren- y euryarchaeota en micorrizosferas de pino silvestre y humus de bosque boreal". Microbial Ecology . 54 (3): 406–16. Bibcode :2007MicEc..54..406B. doi :10.1007/s00248-007-9232-3. PMID  17334967. S2CID  19425171.
  9. ^ Göker, Markus; Oren, Aharon (22 de enero de 2024). "Publicación válida de nombres de dos dominios y siete reinos de procariotas". Revista internacional de microbiología sistemática y evolutiva . 74 (1). doi :10.1099/ijsem.0.006242. ISSN  1466-5026.
  10. ^ Euzéby JP. "Euryarchaeota". Lista de nombres procariotas con clasificación en la nomenclatura (LPSN). Archivado desde el original el 2017-08-09 . Consultado el 2017-08-09 .
  11. ^ Sayers; et al. "Euryarchaeota". Navegador de taxonomía . Base de datos de taxonomía del Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI) . Consultado el 9 de agosto de 2017 .
  12. ^ "El LTP" . Consultado el 23 de febrero de 2021 .
  13. ^ "Árbol LTP_all en formato newick" . Consultado el 23 de febrero de 2021 .
  14. ^ "Notas de la versión LTP_12_2021" (PDF) . Consultado el 23 de febrero de 2021 .
  15. ^ por Nina Dombrowski, Jun-Hoe Lee, Tom A Williams, Pierre Offre, Anja Spang (2019). Diversidad genómica, estilos de vida y orígenes evolutivos de las arqueas DPANN. Nature.
  16. ^ ab Jordan T. Bird, Brett J. Baker, Alexander J. Probst, Mircea Podar, Karen G. Lloyd (2017). Comparaciones genómicas independientes de la cultura revelan adaptaciones ambientales para Altiarchaeales. Frontiers.
  17. ^ ab Cavalier-Smith, Thomas; Chao, Ema E-Yung (2020). "Árboles proteicos ribosomales multidominio y el origen planctobacteriano de neomura (eucariotas, arqueobacterias)". Protoplasma . 257 (3): 621–753. doi :10.1007/s00709-019-01442-7. PMC 7203096 . PMID  31900730. 
  18. ^ "GTDB release 08-RS214". Base de datos de taxonomía del genoma . Consultado el 6 de diciembre de 2021 .
  19. ^ "ar53_r214.sp_label". Base de datos de taxonomía del genoma . Consultado el 10 de mayo de 2023 .
  20. ^ "Historia del taxón". Base de datos de taxonomía del genoma . Consultado el 6 de diciembre de 2021 .
  21. ^ Anja Spang, Eva F. Caceres, Thijs JG Ettema: Exploración genómica de la diversidad, ecología y evolución del dominio arqueológico de la vida. En: Science Volumen 357 Número 6351, eaaf3883, 11 de agosto de 2017, doi:10.1126/science.aaf3883
  22. ^ A veces se escribe incorrectamente como Theinoarchaea: Catherine Badel, Gaël Erauso, Annika L. Gomez, Ryan Catchpole, Mathieu Gonnet, Jacques Oberto, Patrick Forterre, Violette Da Cunha: La distribución global y la historia evolutiva de la familia de plásmidos arqueales pT26-2. En: environmental microbiology. sfam 10 de septiembre de 2019. doi:10.1111/1462-2920.14800
  23. ^ NCBI: Candidatus Poseidoniia (clase)

Lectura adicional

Enlaces externos

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