El cambio de pliegue es una medida que describe cuánto cambia una cantidad entre una medición original y una posterior. Se define como la relación entre las dos cantidades; para las cantidades A y B, el cambio de B con respecto a A es B / A . En otras palabras, un cambio de 30 a 60 se define como un cambio de 2 veces. Esto también se conoce como "aumento de una vez". De manera similar, un cambio de 30 a 15 se denomina "disminución de 0,5 veces". El cambio en veces se utiliza a menudo cuando se analizan múltiples mediciones de un sistema biológico tomadas en diferentes momentos, ya que el cambio descrito por la relación entre los puntos temporales es más fácil de interpretar que la diferencia .
El cambio de veces se llama así porque es común describir un aumento de X múltiple como un " aumento de veces X ". Como tal, varios diccionarios, incluido el Diccionario de ingles Oxford [1] y el Diccionario Merriam-Webster, [2] así como el Diccionario de matemáticas de Collins, definen "-fold" para significar "veces", como en "2-fold" = "2 veces" = "doble". Probablemente debido a esta definición, muchos científicos utilizan no sólo "veces", sino también "cambio de veces" como sinónimo de "veces", como en "3 veces más grande" = "3 veces más grande". [3] [4] [5]
El cambio de veces se utiliza a menudo en el análisis de datos de expresión génica de experimentos de microarrays y RNA-Seq para medir el cambio en el nivel de expresión de un gen. [6] Una desventaja y un riesgo grave de utilizar el cambio de veces en este entorno es que está sesgado [7] y puede clasificar erróneamente genes expresados diferencialmente con grandes diferencias ( B − A ) pero proporciones pequeñas ( B / A ), lo que lleva a una identificación deficiente. de cambios en altos niveles de expresión. Además, cuando el denominador está cerca de cero, la relación no es estable y el valor del cambio de veces puede verse afectado desproporcionadamente por el ruido de la medición.
Existe una definición alternativa de cambio de pliegue, [ cita necesaria ] aunque en general ha dejado de usarse. Aquí, el cambio de veces se define como la relación entre la diferencia entre el valor final y el valor inicial dividida por el valor inicial. Para las cantidades A y B , el cambio se da como ( B − A )/ A , o equivalentemente B / A − 1. Esta formulación tiene propiedades atractivas tales como que ningún cambio es igual a cero, un aumento del 100% es igual a 1 , y una disminución del 100% es igual a −1. Sin embargo, referirse verbalmente a una duplicación como un cambio simple y a una triplicación como un cambio doble es contrario a la intuición, por lo que esta formulación rara vez se utiliza.
Esta formulación a veces se denomina cambio relativo .
En el campo de la genómica (y más generalmente en la bioinformática ), el uso moderno es definir el cambio en términos de proporciones, y no mediante la definición alternativa. [8] [9]
Sin embargo, las relaciones logarítmicas se utilizan a menudo para el análisis y la visualización de cambios en los pliegues. El logaritmo en base 2 es el más comúnmente utilizado, [8] [9] ya que es fácil de interpretar, por ejemplo, una duplicación en la escala original es igual a un cambio log 2 veces de 1, una cuadruplicación es igual a un cambio log 2 veces cambio de 2 y así sucesivamente. Por el contrario, la medida es simétrica cuando el cambio disminuye en una cantidad equivalente, por ejemplo, una reducción a la mitad es igual a un cambio log 2 veces de −1, un cuarto es igual a un cambio log 2 veces de −2 y así sucesivamente. Esto conduce a gráficos más agradables desde el punto de vista estético, ya que los cambios exponenciales se muestran como lineales y, por lo tanto, aumenta el rango dinámico. Por ejemplo, en un eje de gráfico que muestra cambios log 2 veces, se mostrará un aumento de 8 veces en un valor de eje de 3 (ya que 2 3 = 8). Sin embargo, no existe ninguna razón matemática para utilizar únicamente logaritmo en base 2 y, debido a muchas discrepancias en la descripción de los cambios log 2 veces en la expresión de genes/proteínas , se ha propuesto un nuevo término "loget". [10]