En 2016 São Bento disputa el Campeonato Brasileño de Serie D donde llegó a semifinales, donde fue eliminado por el CSA de Alagoas, logrando igualmente el ascenso a la Serie C. Al año siguiente accede a semifinales del Campeonato Brasileño de Serie C 2017, siendo nuevamente derrotado por el CSA, en su calidad de semifinalista logra el ascenso a la Serie B 2018.Al año siguiente, 2019, comienza la temporada perdiendo la categoría en el Campeonato Paulista tras terminar último en la clasificación general.Posteriormente, pierde la categoría en la Serie B, tras terminar en el puesto 18, teniendo así dos descensos (estatal y nacional) en un mismo año.[5] En la temporada 2020, logró ser subcampeón del Campeonato Paulista Serie A2, regresando a la primera división estatal para el año siguiente.[9] El equipo disputa sus partidos en el Estadio Municipal Walter Ribeiro construido en 1978 y remodelado totalmente en 2013, el recinto posee una capacidad para 14.000 personas.
