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La fase eliminatoria de la Copa de la UEFA 2008-09 comenzó el 18 de febrero de 2009 y concluyó con la final en el Estadio Şükrü Saracoğlu de Estambul el 20 de mayo de 2009. En la fase final participaron los 24 equipos que terminaron entre los tres primeros de cada grupo en la fase de grupos y los ocho equipos que terminaron en tercer lugar en la fase de grupos de la Liga de Campeones de la UEFA .
Cada eliminatoria de la fase final, a excepción de la final, se jugó a ida y vuelta, y cada equipo jugó un partido en casa. El equipo que obtuvo el mayor puntaje total en los 2 partidos avanzó a la siguiente ronda. En caso de que el puntaje total terminara empatado, el equipo que anotó más goles fuera de casa en los 2 partidos avanzó. Si también había un empate en los goles fuera de casa, se jugaba una prórroga de 30 minutos . Si se marcaban goles durante la prórroga y el puntaje total seguía empatado, el equipo visitante se clasificaba en virtud de haber marcado más goles fuera de casa. Si no se marcaban goles durante la prórroga, se jugaba una tanda de penaltis después de la prórroga.
El mecanismo del sorteo para cada ronda es el siguiente:
En la final, la eliminatoria se jugó a un solo partido en un estadio neutral. Si el marcador estaba empatado al final del tiempo reglamentario, se jugaba una prórroga y, si el marcador seguía empatado, se jugaban penales.
El sorteo de los dieciseisavos de final tuvo lugar el 19 de diciembre de 2008, el día después de la ronda final de la fase de grupos de la Copa de la UEFA. [1] Los partidos de ida se jugaron el 18 y el 19 de febrero, y los de vuelta el 26 de febrero de 2009.
El Manchester City fue el único equipo de la primera ronda de clasificación que alcanzó los octavos de final. El Braga fue el único equipo de la Copa Intertoto que alcanzó los octavos de final y, por lo tanto, se adjudicó el título de campeón de la Copa Intertoto. De los ocho equipos que habían sido colocados en el bombo 5 del sorteo de la fase de grupos, solo el Metalist Kharkiv y el Saint-Étienne alcanzaron los octavos de final. De los ocho equipos que entraron en los dieciseisavos de final de la fase de grupos de la UEFA Champions League , dos perdieron: Fiorentina y Burdeos . De los ocho empates entre un equipo tercero y un equipo primero de la fase de grupos de la Copa de la UEFA, dos fueron ganados por el equipo tercero; los ganadores fueron el Braga y el Paris Saint-Germain .
El CSKA de Moscú ganó 3-1 en el global.
Metalist Kharkiv ganó 3-0 en el global.
El Hamburger SV ganó 4-0 en el global.
Marsella 1-1 Twente en el global. Marsella ganó 7-6 en los penaltis.
El Paris Saint-Germain ganó 5-1 en el global.
El Galatasaray ganó 4-3 en el global.
El Zenit de San Petersburgo ganó 4-2 en el global.
Werder Bremen 3-3 Milan en el global. El Werder Bremen ganó por el valor doble de los goles de visitante.
Braga ganó 4-1 en el global.
El Udinese ganó 4-3 en el global.
El Manchester City ganó 4-3 en el global.
El Ajax ganó 2-1 en el global.
Saint-Étienne ganó 5-2 en el global.
El Aalborg BK ganó 6-1 en el global.
El Shakhtar Donetsk ganó 3-1 en el global.
Dinamo de Kiev 3-3 Valencia en el global. Dinamo de Kyiv ganó por el valor doble de los goles marcados fuera de casa.
El sorteo de los octavos de final tuvo lugar el 19 de diciembre de 2008, inmediatamente después del sorteo de los dieciseisavos de final. [1] Los partidos de ida se jugaron el 12 de marzo y los de vuelta el 18 y 19 de marzo de 2009.
El Werder Bremen ganó 3-2 en el global.
El Marsella ganó 4-3 en el global.
Metalist Kharkiv 3–3 Dynamo Kyiv en el global. El Dinamo de Kyiv ganó gracias a los goles a domicilio.
El Shakhtar Donetsk ganó 2-1 en el global.
El Udinese ganó 2-1 en el global.
El Hamburger SV ganó 4-3 en el global.
Manchester City 2-2 Aalborg BK en el global. Manchester City ganó 4-3 en los penaltis.
El Paris Saint-Germain ganó 1-0 en el global.
El sorteo de los cuartos de final tuvo lugar el 20 de marzo de 2009. Los partidos de ida se jugaron el 9 de abril y los de vuelta el 16 de abril.
El Hamburger SV ganó 4-3 en el global.
El Dinamo de Kyiv ganó 3-0 en el global.
Shaktar Donetsk ganó 4-1 en el global.
El Werder Bremen ganó 6-4 en el global.
El sorteo de las semifinales se celebró el 20 de marzo de 2009, inmediatamente después del sorteo de los cuartos de final. Los partidos de ida se jugaron el 30 de abril y los de vuelta el 7 de mayo.
El Shakhtar Donetsk ganó 3-2 en el global.
Werder Bremen 3–3 Hamburger SV en el global. El Werder Bremen ganó por el valor doble de los goles marcados fuera de casa.
La final se jugó el 20 de mayo de 2009 en el estadio Şükrü Saracoğlu de Estambul , Turquía.