Esta página detalla el proceso de clasificación para la Copa Africana de Naciones de 2000 .
Nota: ambos partidos se jugaron en Kenia.
Gambia se retiró y Senegal avanzó automáticamente.
Mauritania se retiró, Sierra Leona avanzó automáticamente.
Etiopía se retiró debido a la guerra entre Eritrea y Etiopía y Eritrea avanzó automáticamente.
La ronda de grupos tuvo lugar entre el 2 de octubre de 1998 y el 20 de junio de 1999.
Ghana se clasificó como anfitrión el 15 de marzo de 1999, pero sus resultados fueron anulados. Eritrea se clasificó para la eliminatoria.
Sierra Leona se retiró debido a la Guerra Civil de Sierra Leona el 22 de marzo de 1999, su resultado fue anulado.
Nigeria se clasificó como anfitriona el 15 de marzo de 1999, pero sus resultados fueron anulados. Senegal se clasificó para la eliminatoria.
Eritrea (subcampeón del grupo 1) y Senegal (subcampeón del grupo 5) se unirán a Zimbabwe en un playoff por un lugar en el torneo final.