Una base de datos taxonómica es una base de datos creada para almacenar información sobre taxones biológicos (por ejemplo, grupos de organismos organizados por nombre de especie u otro identificador taxonómico) para una gestión eficiente de los datos y la recuperación de información . Las bases de datos taxonómicas se utilizan rutinariamente para la construcción automatizada de listas de verificación biológicas, como floras y faunas , tanto para publicación impresa como en línea; para respaldar el funcionamiento de sistemas de información de especies basados en la web; como parte de la gestión de colecciones biológicas (por ejemplo, en museos y herbarios ); así como para proporcionar, en algunos casos, el componente de gestión de taxones de sistemas de información científica o biológica más amplios. También son una contribución fundamental a la disciplina de la informática de la biodiversidad .
Las bases de datos taxonómicas digitalizan datos científicos sobre biodiversidad y brindan acceso a datos taxonómicos para la investigación. [1] Las bases de datos taxonómicas varían en la amplitud de los grupos de taxones y el espacio geográfico que buscan incluir, por ejemplo: escarabajos en una región definida, mamíferos a nivel mundial o todos los taxones descritos en el árbol de la vida. [2] Una base de datos taxonómica puede incorporar identificadores de organismos (nombre científico, autor y, para taxones zoológicos, año de publicación original), sinónimos, opiniones taxonómicas, fuentes bibliográficas o citas, ilustraciones o fotografías y atributos biológicos para cada taxón (como distribución geográfica, ecología, información descriptiva, estado amenazado o vulnerable, etc.). [2] [3] [4] [5] Algunas bases de datos, como la base de datos del Global Biodiversity Information Facility (GBIF) y el Barcode of Life Data System , almacenan el código de barras de ADN de un taxón si existe (también llamado Número de índice de código de barras (BIN) que puede ser asignado, por ejemplo, por el proyecto International Barcode of Life (iBOL) o UNITE, una base de datos para códigos de barras de ADN de hongos ). [6] [7]
Una base de datos taxonómica tiene como objetivo modelar con precisión las características de interés que son relevantes para los organismos que están dentro del alcance de la cobertura y el uso previstos del sistema. [8] Por ejemplo, las bases de datos de hongos , algas , briofitas y plantas vasculares ("plantas superiores") codifican convenciones del Código Internacional de Nomenclatura Botánica, mientras que sus contrapartes para animales y la mayoría de los protistos codifican reglas equivalentes del Código Internacional de Nomenclatura Zoológica . Modelar la jerarquía taxonómica relevante para cualquier taxón es un ajuste natural con el modelo relacional empleado en casi todos los sistemas de bases de datos. [ cita requerida ] No se alcanza un consenso científico para todos los grupos de taxones, y se siguen describiendo nuevas especies; por lo tanto, otro objetivo de las bases de datos taxonómicas es ayudar a resolver conflictos de opinión científica y unificar la taxonomía. [2]
Posiblemente, el primer sistema de gestión de información taxonómica documentado en formato informático fue el sistema de codificación taxonómica desarrollado por Richard Swartz et al. en el Instituto de Ciencias Marinas de Virginia para la biota de la bahía de Chesapeake y descrito en un informe publicado en 1972. [9] Este trabajo condujo directa o indirectamente a otros proyectos de mayor perfil, incluido el sistema de código taxonómico NODC [10], que pasó por ocho versiones antes de ser descontinuado en 1996, para ser absorbido y transformado en el todavía actual Sistema Integrado de Información Taxonómica (ITIS). Varias otras bases de datos taxonómicas especializadas en grupos particulares de organismos que aparecieron en la década de 1970 hasta la actualidad contribuyen conjuntamente al proyecto Species 2000, que desde 2001 se ha asociado con ITIS para producir un producto combinado, el Catálogo de la Vida . Mientras que el Catálogo de la Vida actualmente se concentra en reunir información básica sobre nombres como una lista de verificación global de especies, muchos otros proyectos de bases de datos taxonómicas como Fauna Europaea , el Directorio de Fauna Australiana [11] y más proporcionan información auxiliar enriquecida que incluye descripciones, ilustraciones, mapas y más. Muchos proyectos de bases de datos taxonómicas están actualmente listados en el sitio "Proyectos de Información sobre Biodiversidad del Mundo" del TDWG. [12]
La representación de información taxonómica en forma codificable por máquina plantea una serie de problemas que no se encuentran en otros dominios, como formas variantes de citar la misma especie u otro nombre de taxón, el mismo nombre utilizado para múltiples taxones ( homónimos ), múltiples nombres no actuales para el mismo taxón ( sinónimos ), cambios en el nombre y la definición del concepto de taxón a través del tiempo, y más. [8] [2] [1] Las categorías y metadatos no estandarizados en las bases de datos taxonómicas obstaculizan la capacidad de los investigadores para analizar los datos. [3] Un foro que ha promovido la discusión y las posibles soluciones a estos y otros problemas relacionados desde 1985 es el Biodiversity Information Standards (TDWG) , originalmente llamado Taxonomy Database Working Group.
Si bien las bases de datos en línea tienen grandes beneficios (por ejemplo, mayor acceso a la información taxonómica), también presentan problemas como riesgos de integridad de los datos debido a las versiones en línea y fuera de línea y las actualizaciones continuas, problemas de acceso técnico debido a cortes del servidor o de Internet y diferentes capacidades para consultas complejas para extraer datos taxonómicos en listas. [2] A medida que la cantidad de información en las bases de datos taxonómicas en línea se expande rápidamente, la agregación de datos y la integración y alineación de datos no estandarizados en las bases de datos es un gran desafío en la taxonomía y la informática de la biodiversidad. [1]