Michael Christopher Wendl

Michael Christopher Wendl es un matemático e ingeniero biomédico que ha trabajado en la teoría de secuenciación de ADN , ^[3] cubriendo y emparejando problemas de probabilidad, mecánica de fluidos teórica y coescribió Phred . ^[4] Fue un científico del Proyecto Genoma Humano y ha realizado trabajos de bioinformática y bioestadística en cáncer. Wendl es de ascendencia étnica alemana y es hijo del ingeniero aeroespacial Michael J. Wendl . ^[5]

Trabajo de investigación

Mecánica teórica de fluidos

El problema del flujo de bajo número de Reynolds en el espacio entre dos cilindros infinitos, llamado flujo de Couette , fue resuelto en 1845 por Stokes . ^[6] Wendl informó la generalización de esta solución para cilindros de longitud finita, ^{[2] [7]} que en realidad se puede construir para el trabajo experimental, en 1999, como una serie de funciones de Bessel modificadas y . También examinó una variedad de otros dispositivos rotacionales de bajo número de Reynolds y dispositivos accionados por cizallamiento, incluida una forma general del problema de flujo de disco inestable, para el cual el perfil de velocidad es: ^[8] ${\displaystyle I_{1}}$ ${\displaystyle K_{1}}$

${\displaystyle u(r,z,t)=\Re \left(e^{i\sigma t}\left[{\frac {r\cdot \sinh(1+i)\beta z}{\sinh(1+i)\beta \phi }}\right]+{\frac {2}{\phi }}\sum _{j=1}^{\infty }{\frac {(-1)^{j}\cdot \alpha _{j}^{2}\cdot \sin(\alpha _{j}z)\cdot I_{1}\left({\sqrt {iR\sigma +\alpha _{j}^{2}}}r\right)}{(iR\sigma +\alpha _{j}^{2})\cdot I_{1}\left({\sqrt {iR\sigma +\alpha _{j}^{2}}}\right)}}\right)}$

donde , , , y son parámetros físicos, son valores propios y son coordenadas. Este resultado unificó casos especiales publicados previamente para flujo estable, discos infinitos, etc. ^[8] ${\displaystyle \sigma }$ ${\displaystyle R}$ ${\displaystyle \beta }$ ${\displaystyle \phi }$ ${\displaystyle \alpha _{j}}$ ${\displaystyle (r,z,t)}$

Problemas de cobertura y emparejamiento en probabilidad

Wendl examinó una serie de problemas de coincidencia y cobertura en probabilidad combinatoria, especialmente en la medida en que estos problemas se aplican a la biología molecular. Determinó la distribución de los recuentos de coincidencias de pares de multiconjuntos enteros en términos de polinomios de Bell , ^[9] un problema directamente relevante para el mapeo físico del ADN . Antes de esto, los investigadores habían utilizado una serie de cuantificadores ad hoc, como la puntuación de Sulston , que idealizaba los ensayos de coincidencia como independientes. Su resultado para la proposición de cumpleaños de múltiples grupos ^[10] resuelve varios "problemas de colisión" relacionados, por ejemplo, algunos tipos de búsqueda P2P . ^[11] También ha examinado una variedad de problemas de cobertura unidimensionales (ver la revisión de Cyril Domb ^[12] ), generalizando la configuración básica a formas relevantes para la biología molecular. ^{[13] [14]} Su investigación de cobertura de variantes raras de ADN con Richard K. Wilson ^[15] jugó un papel en el diseño del Proyecto 1000 Genomas . ^[16]

Bioinformática y Bioestadística

Wendl coescribió Phred , un analizador de trazas de ADN ampliamente utilizado que convertía el flujo de salida sin procesar de las primeras máquinas de secuenciación de ADN en cadenas de secuencias. ^{[17] [18]} Ha contribuido ampliamente al análisis bioestadístico de estudios sobre el cáncer ^{[19] [20]} y a la base de herramientas de bioinformática, ^[21] colaborando frecuentemente con Li Ding , Elaine Mardis y Richard K. Wilson .

Vida personal

La ascendencia de Wendl es étnicamente alemana, originaria de la región del Banat del antiguo Imperio Austrohúngaro y es hijo del ingeniero aeroespacial Michael J. Wendl . ^[5] Está casado con Pamela Bjerkness, de Chicago ^[22].

Enlaces externos

• Michael Christopher Wendl en el Proyecto de Genealogía Matemática
• Publicaciones de Michael Christopher Wendl indexadas en Google Scholar
• Michael Wendl en la base de datos de Engineering Tree

Referencias

1. "Michael Wendl - El Proyecto de Genealogía Matemática".
2. Bordag LA et al. (2005) Interacción de un movimiento rotacional y un flujo axial en geometrías pequeñas para un problema de Taylor-Couette , J. Fluids and Structures 20 (5), 621–641. Los autores comentan directamente sobre la solución de Wendl que apareció tanto tiempo después del problema clásico discutido por Stokes en 1845: "También es un poco sorprendente que la solución analítica exacta para el componente azimutal del perfil de flujo de Taylor-Couette con condiciones de contorno en tapas de cilindros se haya obtenido recientemente en el trabajo de Wendl (1999). Sus resultados exponen la fuerte influencia de las tapas en los perfiles de flujo".
3. Dorman, N (2006) En resumen , BioTechniques 41 (4), pp 367.
4. Ewing, B., Hillier, L. , Wendl, MC y Green, P. (1998) Base-calling of automated sequencer traces using phred. I. Evaluación de precisión. Genome Research 8 (3), 175–185. PMID  9521921 artículo completo
5. P Hummel y N Fuhry: "Sackelhausen im Banat" Volumen 3, publicado por Heimatsortsgemeinschaft Sackelhausen, Reutlingen FRG, 2007, páginas 2236-2237.
6. GG Stokes (1845) ``Sobre las teorías de la fricción interna de fluidos en movimiento y del equilibrio y movimiento de sólidos elásticos, en Mathematical and Physical Papers, págs. 102-104, Cambridge, Reino Unido: Cambridge University Press, 1880.
7. Wendl MC (1999) Solución general para el perfil de flujo de Couette , Physical Review E 60 (5), 6192–6194.
8. Wendl MC (2001) Análisis matemático de dispositivos de carga de corte celular de disco coaxial, Revisión de instrumentos científicos 72(11), 4212-4217.
9. Wendl MC (2005) Evaluación probabilística de superposiciones de clones en el mapeo de huellas dactilares de ADN a través de modelos a priori, J. Comp. Biol. 12(3), 283-297.
10. Wendl MC (2003) Probabilidad de colisión entre conjuntos de variables aleatorias , Stat. Prob. Lett. 64 (3), 249–254.
11. Hautakorpi, J y Schultz, G (2010) Un estudio de viabilidad de una búsqueda arbitraria en redes estructuradas peer-to-peer , IEEE Computer Communications and Networks, Proc ICCCN, págs. 1–8.
12. Cyril Domb (1989) Cobertura por intervalos aleatorios y percolación continua unidimensional , J. Stat. Phys. 55, 441-460.
13. Wendl MC (2008) Cobertura aleatoria de múltiples dominios finitos unidimensionales con una aplicación a la secuenciación de ADN, SIAM J. Appl. Math. 68(3), 890-905.
14. Wendl MC, Kota K, Weinstock GM y Mitreva M (2013) Teorías de cobertura para la secuenciación de ADN metagenómico basadas en una generalización del teorema de Stevens, J. Math. Biol. 67(5), 1141-1161.
15. Wendl MC y Wilson RK (2009) La teoría del descubrimiento de variantes raras a través de la secuenciación de ADN, BMC Genomics 10 art. 485.
16. Altshuler DM et al. (2010) Un mapa de la variación del genoma humano a partir de la secuenciación a escala poblacional, Nature 467(7319), 1061-1073.
17. Koboldt, DC y Miller, RD (2011) Identificación de marcadores polimórficos para el mapeo genético , capítulo 2 en "Genómica: métodos esenciales", John Wiley and Sons.
18. Highsmith, WE (2006) Métodos electroforéticos para la detección de mutaciones y secuenciación de ADN , capítulo 9 en "Diagnóstico molecular para el laboratorista clínico", Humana Press
19. Lu C, Xie M, Wendl MC et al. (2015) Patrones e implicaciones funcionales de variantes raras de la línea germinal en 12 tipos de cáncer, Nature Comm. 6 art. 10086.
20. Chen, F, Wendl MC, Wyczalkowski MA, Bailey MH, Li Y y Ding, L (2015) Trasladar los estudios sobre todo tipo de cáncer desde la investigación básica a la clínica, Nature Cancer 2(9), 879-890.
21. Wendl MC et al. (2011) PathScan: una herramienta para discernir la importancia mutacional en grupos de posibles genes de cáncer, Bioinformática 27(12), 1595-1602.
22. Hochzeitsglocken lauteten fur Pamela Marie y Michael Christopher Wendl, Eintracht 74 (13), página 6.