El virus de la microbacteria MuffinTheCat es una especie de bacteriófago de la familia Tectiviridae . Fue recolectado e identificado por Darcy Reimer el 1 de octubre de 2019. [1] [2] Es parte de la cadena viral Microbacterium testaceum NRRL B-24232 y del grupo viral GE. Las microbacterias de la especie Microbacterium testaceum sirven como huéspedes naturales . El virus de la microbacteria MuffinTheCat es morfológicamente casi indistinguible de sus especies hermanas en la familia Tectiviridae, [2] pero junto con sus especies hermanas en el grupo GE son lo suficientemente diferentes de otros miembros de Tectiviridae como para que el grupo GE pronto pueda identificarse como un nuevo género . [3] El virus de la microbacteria MuffinTheCat se identifica de otros miembros del grupo GE por sus diferencias en el genoma . [2] [4]
El virus de la microbacteria MuffinTheCat muestra similitud morfológica con otros Tectiviridae. No tienen envoltura , son icosaédricos y tienen simetría T=25 ( véase [5] cómo están dispuestas las proteínas en su superficie ). Tienen un tamaño de virión de aproximadamente 66 nm y espigas apicales de aproximadamente 20 nm. Los Tectiviridae tienen un genoma de aproximadamente 15 kb. [6]
Sin embargo, el virus Microbacterium MuffinTheCat tiene un tamaño de genoma de exactamente 15494 pb (15,494 kb) que codifica 32 genes y 30 ORFs . Este genoma de dsADN está flanqueado por repeticiones invertidas y la replicación del ADN está cebada por proteínas. [2] El contenido de GC del genoma del virus Microbacterium MuffinTheCat es del 55,1%. [2] El contenido de GC se relaciona con la fuerza del ADN de una entidad , ya que un mayor contenido de GC significa más enlaces de hidrógeno y un genoma estructuralmente más fuerte. [7] Comparativamente, la mayoría de sus especies hermanas, como el virus Microbacterium Badulia, tienen tamaños de genoma similares, pero un contenido de GC ligeramente mayor, con el virus Microbacterium Badulia con un contenido de GC del 54,6% y el virus Microbacterium Franklin22 (grupo EB) con un 66,1%. [8]
El 12 de diciembre de 2019, el Instituto de Bacteriófagos de Pittsburgh realizó la secuenciación genómica del virus Microbacterium MuffinTheCat. Se realizó mediante la secuenciación shotgun de Illumina con una cobertura total de shotgun (cantidad de material de secuenciación) de 824. Fue durante este proceso que se descubrió información como el tamaño del genoma y el contenido de GC. [2]
El virus de la microbacteria MuffinTheCat fue descubierto por Darcy Reimer en 2019 en Nyack, Nueva York , Estados Unidos, a partir de una muestra de suelo enriquecido de un área húmeda del lecho de un río casi seco. Fue descubierto a través del programa Science Education Alliance-Phage Hunters Advancing Genomics and Evolutionary Science Program en Nyack College . [2]
Su especie hospedadora Microbacterium testaceum (cepa, NRRL B-24232) infecta plantas como las patatas o el arroz, [9] esta relación interespecífica es relativamente comensal . Por lo tanto, se presume que el virus Microbacterium MuffinTheCat infecta hebras o incluso subespecies aisladas reproductivamente de Microbacterium testaceum que albergan vida vegetal de agua dulce o plantas de ribera de raíces profundas. [10] Sin embargo, esto es relativamente especulativo ya que solo se ha tomado una muestra conocida de esta especie de bacteriófago. [2]
El virus de la microbacteria MuffinTheCat se llamó originalmente virus de la microbacteria Jeffery. Un miembro del proyecto de descubrimiento afirmó que "Jeffrey es un buen nombre para un fago, elegido al azar". [2] Sin embargo, este nombre se cambió a MuffinTheCat. Es evidente a partir de clasificaciones científicas como el fago Streptomyces Forthebois, que fue un nombre que surgió del mismo proyecto de identificación, que los estudiantes universitarios que formaban parte de este programa naturalmente pudieron nombrar las especies que descubrieron. [1] Muffin el gato es probablemente el identificador del gato de Darcy Reimer o un gato doméstico cercano a ellos. Esta afirmación está respaldada por el nombre del fago Mycobacterium DaisytheDog también identificado por Nyack College con las notas del nombre que indican: "El perro de mi amigo que se parece mucho a Air Bud es la razón del nombre". [11] Esto demuestra que el nombre del virus de la microbacteria MuffinTheCat probablemente no fue al azar y recibió el nombre de un gato llamado Muffin. Sin tener en cuenta la especie Pellonula leonensis , cuyo nombre común es Muffin sprat, el virus de la bacteria MuffinTheCat es una de las dos especies que tienen "Muffin" en su clasificación científica. La otra es un molusco de la familia Buccinidae , Muffin buccinum catherinae . [12]
El virus Microbacterium MuffinTheCat pertenece a la familia Tectiviridae y al reino Bamfordvirae . La identidad nucleotídica media (ANI), que se midió en cada una de las especies del grupo GE, muestra que los miembros del grupo GE son <60% similares a otros miembros de la familia Tectiviridae. Una puntuación ANI tan baja indica una clara divergencia taxonómica con respecto a los otros géneros Tectiviridae . Esto, junto con el hecho de que los miembros del grupo GE son distintos de otros géneros Tectiviridae descubiertos hasta ahora, muestra que el grupo GE debería ser un nuevo género. [3] Una diferencia genética tan clara indica que el virus Microbacterium MuffinTheCat y sus especies hermanas divergieron taxonómicamente de otros Tectiviridae hace mucho tiempo. Al utilizar un cálculo crudo (diferencia genética sobre tasa de mutación ), podemos lograr una cronología taxonómica aproximada. Los bacteriófagos tienen un ciclo de vida de aproximadamente 30 minutos. [13] La mayoría de los virus tienen una tasa de mutación de aproximadamente una mutación cada varios cientos a muchos miles de generaciones, un valor de 500 es una elección segura. [14] Aquí la tasa de mutación se puede identificar en aproximadamente 1 mutación cada 11 días. Esto está respaldado por las afirmaciones del virólogo Louis Mansky, quien afirma que la tasa de mutación de virus como COVID-19 es de aproximadamente una vez cada 11 días, las tasas de mutación entre especies de virus no difieren en gran medida. [15] Considerando un virus para comparar como el virus Bacillus AP50 de la familia Tectiviridae, que tiene un genoma de 14kb. [16] Con una similitud del 60% como se indicó anteriormente, se obtiene una diferencia genética de 5600 mutaciones, 5600 * 11 días = ~169 años. Este es un tiempo muy largo para la divergencia taxonómica en el reino de los virus . Como los virus se reproducen de manera tan efectiva con poca consideración por la conservación genética . Aunque estos cálculos son muy rudimentarios y están llenos de suposiciones, muestran que el grupo de genes que contiene el virus Microbacterium MuffinTheCat es un género claro que se ha separado de otras especies hace mucho tiempo. [ cita requerida ]
Género parental:
Familia de padres:
Reino:
Especies hermanas de la cadena:
Clúster de GE:
Clúster EB:
Clúster indefinido: (no secuenciado)
Especies hermanas y primas y sus géneros (bajo Tectiviridae ):
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